methods-mcp

md-lab基盤のためのBioconductorメソッドアダプターです。各アダプターは、rpy2を介してRを実行する小さなFastAPI-in-DockerコンテナによってバックアップされたMCPツールとして、1つのメソッド（limma、fgsea、DESeq2など）をラップします。

当初計画されていたplaybase-mcpに代わるものです。OmicsPlaygroundはCC BY-NC-ND（商用利用不可）であるため、Bioconductorを直接ラップします。md-lab/NOTES.mdの§3を参照してください。

ステータス

v0.1.0 スケルトン。 limmaのみがスキャフォールドされており、そのコンテナはまだ存在しません。コンテナが出荷されるまで、ツール呼び出しはstatus: "container_unavailable"を返します。このリポジトリは、アダプターパターンをエンドツーエンドで証明するために存在します。

アーキテクチャ

Cowork / Codex / Jupyter
    ↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
    ↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
    ↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
    ↑ result parquet
methods-mcp
    ↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller

各アダプターには、manifest.yaml、adapter.py、Dockerfile、README.mdの4つのファイルがあります。リファレンス形状については、src/methods_mcp/adapters/limma/を参照してください。

主要な実装リスト (W2–W3)

シングルセル（Seurat、monocle3、Azimuth）も、インタビュー回答 §Q4に従い、v0.1のスコープに含まれています。

インストール

pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py            # stdio transport
python mcp_server_http.py       # HTTP transport, port 7102

コミュニティレジストリ

パターンが確立されれば、誰でもアダプターパッケージ（manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md）を出荷できます。md-lab methods install <name>は、webwebb56/md-methods-registryの中央YAMLインデックスからフェッチします。npmスタイルの自動解決ではなく、Homebrewスタイルのフェッチによるインストールです。