md-lab基盤のためのBioconductorメソッドアダプターです。各アダプターは、rpy2を介してRを実行する小さなFastAPI-in-DockerコンテナによってバックアップされたMCPツールとして、1つのメソッド（limma、fgsea、DESeq2など）をラップします。
当初計画されていたplaybase-mcpに代わるものです。OmicsPlaygroundはCC BY-NC-ND（商用利用不可）であるため、Bioconductorを直接ラップします。md-lab/NOTES.mdの§3を参照してください。
v0.1.0 スケルトン。 limmaのみがスキャフォールドされており、そのコンテナはまだ存在しません。コンテナが出荷されるまで、ツール呼び出しはstatus: "container_unavailable"を返します。このリポジトリは、アダプターパターンをエンドツーエンドで証明するために存在します。
Related MCP server: dynamic-mcp
Cowork / Codex / Jupyter
↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
↑ result parquet
methods-mcp
↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller各アダプターには、manifest.yaml、adapter.py、Dockerfile、README.mdの4つのファイルがあります。リファレンス形状については、src/methods_mcp/adapters/limma/を参照してください。
メソッド | ステータス | コンテナ |
limma | スケルトン | 未構築 |
fgsea | — | — |
fisher_ora | — | — |
DESeq2 | — | — |
WGCNA | — | — |
glmnet + RF | — | — |
survival (coxph) | — | — |
sva + ComBat | — | — |
シングルセル（Seurat、monocle3、Azimuth）も、インタビュー回答 §Q4に従い、v0.1のスコープに含まれています。
pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py # stdio transport
python mcp_server_http.py # HTTP transport, port 7102パターンが確立されれば、誰でもアダプターパッケージ（manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md）を出荷できます。md-lab methods install <name>は、webwebb56/md-methods-registryの中央YAMLインデックスからフェッチします。npmスタイルの自動解決ではなく、Homebrewスタイルのフェッチによるインストールです。
This server cannot be deployed
MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.
Hosted MCP tools for FFmpeg-style video and audio processing through FFMPEG API.
MCP server for progressive tool usage at any scale (see https://klavis.ai)
Remote MCP server for 4chems hosted IUCLID, CHESAR and QSAR Toolbox: onboarding, inquiries, admin.