methods-mcp

Adaptadores de métodos de Bioconductor para el sustrato md-lab. Cada adaptador envuelve un método (limma, fgsea, DESeq2, …) como una herramienta MCP respaldada por un pequeño contenedor FastAPI-in-Docker que ejecuta R a través de rpy2.

Reemplaza al playbase-mcp planeado originalmente. OmicsPlayground tiene licencia CC BY-NC-ND (no apta para uso comercial); envolvemos Bioconductor directamente. Ver md-lab/NOTES.md §3.

Estado

Esqueleto v0.1.0. Solo limma está estructurado, y su contenedor aún no existe; las llamadas a la herramienta devuelven status: "container_unavailable" hasta que el contenedor esté disponible. Este repositorio existe para probar el patrón de adaptador de extremo a extremo.

Arquitectura

Cowork / Codex / Jupyter
    ↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
    ↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
    ↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
    ↑ result parquet
methods-mcp
    ↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller

Cada adaptador tiene cuatro archivos: manifest.yaml, adapter.py, Dockerfile, README.md. Ver src/methods_mcp/adapters/limma/ para conocer la estructura de referencia.

Lista de envío principal (S2–S3)

La célula única (Seurat, monocle3, Azimuth) también está en el alcance de la v0.1 según las respuestas de la entrevista §Q4.

Instalación

pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py            # stdio transport
python mcp_server_http.py       # HTTP transport, port 7102

Registro de la comunidad

Una vez que el patrón se consolide, cualquier colaborador puede enviar un paquete de adaptador: manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md. md-lab methods install <name> realiza la obtención desde el índice YAML central en webwebb56/md-methods-registry. Instalación mediante obtención al estilo Homebrew, no resolución automática al estilo npm.