methods-mcp

用于 md-lab 底层的 Bioconductor 方法适配器。每个适配器都将一种方法（limma、fgsea、DESeq2 等）封装为 MCP 工具，并由一个通过 rpy2 运行 R 的小型 FastAPI-in-Docker 容器提供支持。

取代了原计划的 playbase-mcp。OmicsPlayground 采用 CC BY-NC-ND 协议（商业使用不安全）；我们直接封装 Bioconductor。参见 md-lab/NOTES.md 第 3 节。

状态

v0.1.0 骨架。 目前仅搭建了 limma 的框架，且其容器尚未构建——在容器发布之前，工具调用将返回 status: "container_unavailable"。此仓库旨在端到端验证适配器模式。

架构

Cowork / Codex / Jupyter
    ↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
    ↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
    ↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
    ↑ result parquet
methods-mcp
    ↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller

每个适配器包含四个文件：manifest.yaml、adapter.py、Dockerfile、README.md。参考形状请参见 src/methods_mcp/adapters/limma/。

核心发布列表 (W2–W3)

根据 面试回答 §Q4，单细胞分析（Seurat、monocle3、Azimuth）也在 v0.1 的范围内。

安装

pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py            # stdio transport
python mcp_server_http.py       # HTTP transport, port 7102

社区注册表

一旦该模式稳定，任何贡献者都可以发布适配器包：manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md。md-lab methods install <name> 将从 webwebb56/md-methods-registry 中的中央 YAML 索引获取。采用类似 Homebrew 的获取式安装，而非 npm 式的自动解析。