pymol-cursor-mcp

通过 模型上下文协议 (MCP) 从 Cursor 控制 PyMOL。用通俗语言描述结构和样式；助手通过 XML‑RPC (run_command, run_python, pymol_get) 调用 PyMOL。

本项目封装并记录了一个 以 Cursor 为中心 的工作流。如果你更喜欢 CLI，同一个 MCP 服务器也适用于 Claude Code。

上游灵感： nagarh/pymol-claude-code (用于 Claude Code 的 PyMOL + MCP)。本仓库通过便携式 Cursor 配置、检查、脚本和安装文档扩展了该理念。

架构 (动画)

与 上游 flow.svg 相同的图表样式，针对 Cursor (青色节点) 进行了更新。使用 SVG/CSS 动画 (animateMotion, keyframes)。如果你的 Markdown 预览看起来是静态的，请直接在 GitHub 上打开 flow.svg 查看完整动画。

Related MCP server: vmd-mcp

你将获得

快速安装

git clone https://github.com/truong128/pymol-cursor-mcp.git
cd pymol-cursor-mcp

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate          # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt
deactivate

安装 PyMOL (推荐使用 conda‑forge)，然后启动 RPC：

conda activate pymol_mcp          # your env with pymol-open-source
pymol -R

或者：./scripts/start_pymol_for_mcp.sh (执行 chmod +x 后)。

在 Cursor 中：打开文件夹 → 本仓库 → 设置 → MCP → 确认 pymol 已连接 → 如有必要，重启 Cursor。

python3 verify_stack.py

应该打印：OK: MCP import + PyMOL RPC at http://localhost:9123

完整分步指南： INSTALL.md

日常使用

1. 终端： pymol -R 或 VS Code/Cursor 任务： “PyMOL: start with XML-RPC”。

2. Cursor： 在打开此文件夹的情况下使用聊天 / 智能体。

3. 提示词： 例如 “Fetch 1hvr, cartoon on protein, sticks on ligand.”

与“仅限 Claude Code”上游相比的变更摘要

故障排除

• MCP 已断开： 查看 Cursor 输出 → MCP 日志；重新创建 venv；将仓库根目录重新打开为工作区。

• PyMOL 错误 / 缺少 .dylib： 将 PyMOL 从 conda-forge 安装到专用环境中 (参见 INSTALL.md)。

• 远程/HPC： 在编辑器运行的地方运行 MCP；隧道转发 RPC (PYMOL_RPC_URL, SSH -R) — 详情见 INSTALL.md。

致谢

• PyMOL MCP 构思及原始服务器：pymol-claude-code — Hemant Nagar。

• 封装及以 Cursor 为中心的文档：truong128。

许可证

MIT — 参见 LICENSE。