pymol-cursor-mcp

Controla PyMOL desde Cursor mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP). Describe estructuras y estilos en lenguaje sencillo; el asistente llama a PyMOL a través de XML‑RPC (run_command, run_python, pymol_get).

Este proyecto empaqueta y documenta un flujo de trabajo centrado en Cursor. El mismo servidor MCP funciona con Claude Code si prefieres esa CLI.

Inspiración original: nagarh/pymol-claude-code (PyMOL + MCP para Claude Code). Este repositorio amplía esa idea con configuración, comprobaciones, scripts y documentación de instalación portátiles para Cursor.

Arquitectura (animada)

El mismo estilo de diagrama que el original flow.svg, actualizado para Cursor (nodo cian). Utiliza animación SVG/CSS (animateMotion, keyframes). Si tu vista previa de Markdown parece estática, abre flow.svg directamente en GitHub para ver el movimiento completo.

Related MCP server: vmd-mcp

Qué obtienes

Instalación rápida

git clone https://github.com/truong128/pymol-cursor-mcp.git
cd pymol-cursor-mcp

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate          # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt
deactivate

Instala PyMOL (se recomienda conda‑forge), luego inicia RPC:

conda activate pymol_mcp          # your env with pymol-open-source
pymol -R

O bien: ./scripts/start_pymol_for_mcp.sh (después de chmod +x).

En Cursor: Abrir carpeta → este repositorio → Configuración → MCP → confirma que pymol está conectado → reinicia Cursor si es necesario.

python3 verify_stack.py

Debería imprimir: OK: MCP import + PyMOL RPC at http://localhost:9123

Paso a paso completo: INSTALL.md

Uso diario

1. Terminal: pymol -R o Tarea de VS Code/Cursor: “PyMOL: start with XML-RPC”.

2. Cursor: Chat / Agente con esta carpeta abierta.

3. Prompt: ej. “Fetch 1hvr, cartoon on protein, sticks on ligand.”

Resumen de cambios respecto al original “solo para Claude Code”

Solución de problemas

• MCP desconectado: consulta Salida → Registros MCP en Cursor; recrea venv; vuelve a abrir la raíz del repositorio como espacio de trabajo.

• Errores de PyMOL / .dylib faltante: instala PyMOL desde conda-forge en un entorno dedicado (consulta INSTALL.md).

• Remoto/HPC: ejecuta MCP donde se ejecuta tu editor; túnel RPC (PYMOL_RPC_URL, SSH -R) — detalles en INSTALL.md.

Créditos

• Idea de PyMOL MCP y servidor original: pymol-claude-code — Hemant Nagar.

• Empaquetado y documentación centrada en Cursor: truong128.

Licencia

MIT — consulta LICENSE.