pymol-cursor-mcp

Model Context Protocol (MCP) を介して、Cursor から PyMOL を制御します。構造やスタイルを平易な言葉で記述すると、アシスタントがXML‑RPC (run_command, run_python, pymol_get) を通じてPyMOLを呼び出します。

このプロジェクトは、Cursorファーストなワークフローをパッケージ化し、ドキュメント化したものです。同じMCPサーバーは、CLIを好む場合は Claude Code でも動作します。

アップストリームの着想: nagarh/pymol-claude-code (Claude Code用PyMOL + MCP)。このリポジトリは、そのアイデアを拡張し、ポータブルなCursor設定、チェック機能、スクリプト、インストール手順を追加したものです。

アーキテクチャ (アニメーション)

アップストリームの flow.svg と同じ図のスタイルで、Cursor (シアン色のノード) 用に更新しました。SVG/CSSアニメーション (animateMotion, keyframes) を使用しています。Markdownプレビューが静止画に見える場合は、GitHub上で flow.svg を直接開くと完全な動きを確認できます。

Related MCP server: vmd-mcp

含まれるもの

クイックインストール

git clone https://github.com/truong128/pymol-cursor-mcp.git
cd pymol-cursor-mcp

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate          # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt
deactivate

PyMOL をインストールし (conda‑forgeを推奨)、RPCを開始します:

conda activate pymol_mcp          # your env with pymol-open-source
pymol -R

または: ./scripts/start_pymol_for_mcp.sh (chmod +x 実行後)。

Cursor で: フォルダーを開く → このリポジトリ → 設定 → MCP → pymol が接続されていることを確認 → 必要に応じてCursorを再起動。

python3 verify_stack.py

以下のように表示されれば成功です: OK: MCP import + PyMOL RPC at http://localhost:9123

詳細なステップバイステップ: INSTALL.md

日常的な使用方法

1. ターミナル: pymol -R または VS Code/Cursorタスク: “PyMOL: start with XML-RPC”。

2. Cursor: このフォルダーを開いた状態でチャット / エージェントを使用。

3. プロンプト: 例: “1hvrを取得して、タンパク質をカートゥーン表示、リガンドをスティック表示にして。”

アップストリーム（Claude Code専用）からの変更点まとめ

トラブルシューティング

• MCPが切断される: Cursorの 出力 → MCPログ を確認してください。venv を再作成し、リポジトリのルートをワークスペースとして再度開いてください。

• PyMOLエラー / .dylib が見つからない: conda-forge から専用の環境にPyMOLをインストールしてください (INSTALL.mdを参照)。

• リモート/HPC: エディタが実行されている場所でMCPを実行してください。RPCをトンネル接続 (PYMOL_RPC_URL, SSH -R) する必要があります — 詳細はINSTALL.mdを参照。

クレジット

• PyMOL MCPのアイデアとオリジナルのサーバー: pymol-claude-code — Hemant Nagar氏。

• パッケージングとCursor向けドキュメント: truong128。

ライセンス

MIT — LICENSE を参照。