pymol-cursor-mcp

Управляйте PyMOL из Cursor с помощью Model Context Protocol (MCP). Описывайте структуры и стили простым языком; ассистент вызывает PyMOL через XML‑RPC (run_command, run_python, pymol_get).

Этот проект содержит документацию и инструменты для рабочего процесса, ориентированного на Cursor. Тот же MCP-сервер работает с Claude Code, если вы предпочитаете этот CLI.

Вдохновение: nagarh/pymol-claude-code (PyMOL + MCP для Claude Code). Этот репозиторий расширяет данную идею портативной конфигурацией Cursor, проверками, скриптами и инструкциями по установке.

Архитектура (анимированная)

Тот же стиль диаграммы, что и в исходном flow.svg, обновленный для Cursor (голубой узел). Использует анимацию SVG/CSS (animateMotion, keyframes). Если ваш предварительный просмотр Markdown выглядит статичным, откройте flow.svg напрямую на GitHub для просмотра анимации.

Что вы получаете

Быстрая установка

git clone https://github.com/truong128/pymol-cursor-mcp.git
cd pymol-cursor-mcp

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate          # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt
deactivate

Установите PyMOL (рекомендуется conda‑forge), затем запустите RPC:

conda activate pymol_mcp          # your env with pymol-open-source
pymol -R

Или: ./scripts/start_pymol_for_mcp.sh (после chmod +x).

В Cursor: Open Folder → этот репозиторий → Settings → MCP → подтвердите, что pymol подключен → при необходимости перезапустите Cursor.

python3 verify_stack.py

Должно вывести: OK: MCP import + PyMOL RPC at http://localhost:9123

Полная пошаговая инструкция: INSTALL.md

Ежедневное использование

1. Терминал: pymol -R или задача VS Code/Cursor: “PyMOL: start with XML-RPC”.

2. Cursor: Чат / Агент с открытой папкой.

3. Запрос: например, “Fetch 1hvr, cartoon on protein, sticks on ligand.”

Сводка изменений по сравнению с исходным “Claude Code only”

Устранение неполадок

• MCP отключен: см. Output → MCP Logs в Cursor; пересоздайте venv; откройте корень репозитория как рабочую область.

• Ошибки PyMOL / отсутствие .dylib: установите PyMOL из conda-forge в выделенное окружение (см. INSTALL.md).

• Удаленно/HPC: запускайте MCP там, где работает ваш редактор; используйте туннелирование RPC (PYMOL_RPC_URL, SSH -R) — подробности в INSTALL.md.

Авторы

• Идея PyMOL MCP и оригинальный сервер: pymol-claude-code — Hemant Nagar.

• Упаковка и документация для Cursor: truong128.

Лицензия

MIT — см. LICENSE.