pymol-cursor-mcp

Steuern Sie PyMOL aus Cursor über das Model Context Protocol (MCP). Beschreiben Sie Strukturen und Stile in einfacher Sprache; der Assistent ruft PyMOL über XML‑RPC auf (run_command, run_python, pymol_get).

Dieses Projekt bündelt und dokumentiert einen Cursor-First-Workflow. Der gleiche MCP-Server funktioniert auch mit Claude Code, falls Sie dieses CLI bevorzugen.

Inspiration durch das Original: nagarh/pymol-claude-code (PyMOL + MCP für Claude Code). Dieses Repository erweitert diesen Ansatz um eine portable Cursor-Konfiguration, Prüfungen, Skripte und Installationsanleitungen.

Architektur (animiert)

Der gleiche Diagrammstil wie beim ursprünglichen flow.svg, aktualisiert für Cursor (cyanfarbener Knoten). Verwendet SVG/CSS-Animation (animateMotion, Keyframes). Falls Ihre Markdown-Vorschau statisch aussieht, öffnen Sie flow.svg direkt auf GitHub, um die vollständige Animation zu sehen.

Related MCP server: vmd-mcp

Was Sie erhalten

Schnellinstallation

git clone https://github.com/truong128/pymol-cursor-mcp.git
cd pymol-cursor-mcp

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate          # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt
deactivate

Installieren Sie PyMOL (conda‑forge empfohlen) und starten Sie dann RPC:

conda activate pymol_mcp          # your env with pymol-open-source
pymol -R

Oder: ./scripts/start_pymol_for_mcp.sh (nach chmod +x).

In Cursor: Ordner öffnen → dieses Repository → Einstellungen → MCP → bestätigen, dass pymol verbunden ist → Cursor bei Bedarf neu starten.

python3 verify_stack.py

Sollte Folgendes ausgeben: OK: MCP import + PyMOL RPC at http://localhost:9123

Vollständige Schritt-für-Schritt-Anleitung: INSTALL.md

Tägliche Nutzung

1. Terminal: pymol -R oder VS Code/Cursor Task: „PyMOL: start with XML-RPC“.

2. Cursor: Chat / Agent mit geöffnetem Ordner verwenden.

3. Prompt: z. B. „Fetch 1hvr, cartoon on protein, sticks on ligand.“

Zusammenfassung der Änderungen gegenüber dem „Claude Code only“-Original

Fehlerbehebung

• MCP getrennt: Siehe Cursor Ausgabe → MCP-Protokolle; venv neu erstellen; Repository-Wurzel als Arbeitsbereich erneut öffnen.

• PyMOL-Fehler / fehlende .dylib: Installieren Sie PyMOL von conda-forge in eine dedizierte Umgebung (siehe INSTALL.md).

• Remote/HPC: Führen Sie MCP dort aus, wo Ihr Editor läuft; tunneln Sie RPC (PYMOL_RPC_URL, SSH -R) — Details in INSTALL.md.

Credits

• PyMOL MCP-Idee und ursprünglicher Server: pymol-claude-code — Hemant Nagar.

• Paketierung und Cursor-fokussierte Dokumentation: truong128.

Lizenz

MIT — siehe LICENSE.