pymol-cursor-mcp

**MCP(Model Context Protocol)**를 통해 **Cursor**에서 **PyMOL**을 제어하세요. 구조와 스타일을 평문으로 설명하면, 어시스턴트가 XML‑RPC(run_command, run_python, pymol_get)를 통해 PyMOL을 호출합니다.

이 프로젝트는 Cursor 우선 워크플로우를 패키징하고 문서화합니다. 동일한 MCP 서버를 선호하는 경우 Claude Code CLI와도 함께 사용할 수 있습니다.

업스트림 영감: nagarh/pymol-claude-code (Claude Code용 PyMOL + MCP). 이 저장소는 휴대용 Cursor 설정, 검사, 스크립트 및 설치 문서를 추가하여 해당 아이디어를 확장합니다.

아키텍처 (애니메이션)

업스트림 flow.svg와 동일한 다이어그램 스타일이며, Cursor(청록색 노드)에 맞게 업데이트되었습니다. SVG/CSS 애니메이션(animateMotion, keyframes)을 사용합니다. Markdown 미리보기가 정적으로 보인다면, 전체 동작을 확인하기 위해 GitHub에서 flow.svg를 직접 여세요.

제공 기능

빠른 설치

git clone https://github.com/truong128/pymol-cursor-mcp.git
cd pymol-cursor-mcp

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate          # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt
deactivate

PyMOL을 설치하고(conda‑forge 권장), RPC를 시작하세요:

conda activate pymol_mcp          # your env with pymol-open-source
pymol -R

또는: ./scripts/start_pymol_for_mcp.sh (chmod +x 실행 후).

Cursor에서: 폴더 열기 → 이 저장소 → 설정 → MCP → pymol 연결 확인 → 필요시 Cursor 재시작.

python3 verify_stack.py

다음과 같이 출력되어야 합니다: OK: MCP import + PyMOL RPC at http://localhost:9123

전체 단계별 가이드: INSTALL.md

일상적인 사용

1. 터미널: pymol -R 또는 VS Code/Cursor 작업: “PyMOL: start with XML-RPC”.

2. Cursor: 이 폴더를 열고 채팅 / 에이전트 사용.

3. 프롬프트: 예: “1hvr을 가져와서, 단백질은 카툰으로, 리간드는 스틱으로 표시해줘.”

업스트림(“Claude Code 전용”) 대비 변경 사항 요약

문제 해결

• MCP 연결 끊김: Cursor 출력 → MCP 로그 확인; venv 재생성; 저장소 루트를 작업 공간으로 다시 열기.

• PyMOL 오류 / .dylib 누락: conda-forge에서 전용 환경으로 PyMOL 설치 (INSTALL.md 참조).

• 원격/HPC: 에디터가 실행되는 곳에서 MCP 실행; RPC 터널링 (PYMOL_RPC_URL, SSH -R) — 자세한 내용은 INSTALL.md 참조.

크레딧

• PyMOL MCP 아이디어 및 원본 서버: pymol-claude-code — Hemant Nagar.

• 패키징 및 Cursor 중심 문서: truong128.

라이선스

MIT — LICENSE 참조.