rdkit-tools-mcp

Name: rdkit-tools-mcp
Author: mtx-auto

RDKit 工具 MCP 服务器

一个基于模型上下文协议（Model Context Protocol, MCP）的服务器，将核心 RDKit 化学信息学操作作为工具暴露出来，供 AI 代理（例如 DIAL 工具集）使用。

它补充了其他化学 MCP（SMILES 可视化、ChEMBL 数据库访问）所覆盖不了的进程内化学信息学操作：描述符/指纹计算、相似性和子结构搜索、反应枚举、标准化，以及 3D 构象生成。

工具	描述
`canonicalize_smiles`	解析一个 SMILES 字符串，返回其规范化形式及基本身份信息
`standardize_molecule`	清理分子：去除盐/溶剂，保留最大片段，中和电荷
`calculate_descriptors`	为单个 SMILES 计算描述符（MolWt、LogP、TPSA、HBD/HBA、环数、QED 等）
`batch_calculate_descriptors`	与上相同，但用于一批 SMILES
`calculate_fingerprint`	计算指纹（`morgan`、`rdkit` 或 `maccs`）并返回其开启位索引
`tanimoto_similarity`	两个分子之间的 Tanimoto 相似度
`similarity_search`	按与查询分子的相似度对候选 SMILES 进行排序
`substructure_search`	检查哪些候选分子匹配 SMARTS 子结构模式
`enumerate_reaction`	将反应 SMARTS/SMIRKS 模板应用于反应物，返回不同产物
`generate_3d_conformer`	生成（可选力场优化后的）3D 构象，以 MOL 块形式输出

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

该服务器通过 HTTP Streamable 传输在 /mcp 端点使用 MCP 协议进行通信。

license - not tested

Not graded

quality - not tested

maintenance

–Maintainers

–Response time

–Release cycle

–Releases (12mo)

Commit activity

Unclaimed servers have limited discoverability.

If you are the server author, to access and configure the admin panel.

Agent Bits
Machine-readable utilities and datasets for AI agents.
security-intel-mcp
CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.
Security Intel MCP
CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.

We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/mtx-auto/rdkit-tools-mcp'

If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server