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rdkit-tools-mcp

by mtx-auto
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Python
Remote

RDKit 工具 MCP 服务器

一个基于模型上下文协议（Model Context Protocol, MCP）的服务器，将核心 RDKit 化学信息学操作作为工具暴露出来，供 AI 代理（例如 DIAL 工具集）使用。

它补充了其他化学 MCP（SMILES 可视化、ChEMBL 数据库访问）所覆盖不了的进程内化学信息学操作：描述符/指纹计算、相似性和子结构搜索、反应枚举、标准化，以及 3D 构象生成。

工具

工具

描述

canonicalize_smiles

解析一个 SMILES 字符串，返回其规范化形式及基本身份信息

standardize_molecule

清理分子：去除盐/溶剂，保留最大片段，中和电荷

calculate_descriptors

为单个 SMILES 计算描述符（MolWt、LogP、TPSA、HBD/HBA、环数、QED 等）

batch_calculate_descriptors

与上相同，但用于一批 SMILES

calculate_fingerprint

计算指纹（morgan、rdkit 或 maccs）并返回其开启位索引

tanimoto_similarity

两个分子之间的 Tanimoto 相似度

similarity_search

按与查询分子的相似度对候选 SMILES 进行排序

substructure_search

检查哪些候选分子匹配 SMARTS 子结构模式

enumerate_reaction

将反应 SMARTS/SMIRKS 模板应用于反应物，返回不同产物

generate_3d_conformer

生成（可选力场优化后的）3D 构象，以 MOL 块形式输出

Related MCP server: cmxflow

本地运行

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

Docker

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

该服务器通过 HTTP Streamable 传输在 /mcp 端点使用 MCP 协议进行通信。

This server cannot be deployed

One endpoint for every MCP toolRayrun runs every MCP server behind one URL and holds the credentials. Each call is decided per client, tool, and argument, then recorded.ray.runAd

Maintenance

ActivityStale
ResponsivenessNo issues

Resources

Related MCP Connectors

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