Skip to main content
Glama
mtx-auto

rdkit-tools-mcp

by mtx-auto

Сервер RDKit Tools MCP

Сервер Model Context Protocol (MCP), предоставляющий основные хемоинформатические операции RDKit в качестве инструментов для использования AI-агентами (например, наборами инструментов DIAL).

Дополняет другие химические MCP (визуализация SMILES, доступ к базе данных ChEMBL), охватывая внутрипроцессные хемоинформатические операции, которые они не предоставляют: вычисление дескрипторов/отпечатков, поиск по сходству и подструктурам, перечисление реакций, стандартизация и генерация 3D-конформеров.

Инструменты

Инструмент

Описание

canonicalize_smiles

Разобрать строку SMILES, вернуть ее каноническую форму и базовую информацию об идентичности

standardize_molecule

Очистить молекулу: удалить соли/растворители, оставить наибольший фрагмент, нейтрализовать заряды

calculate_descriptors

Вычислить дескрипторы (MolWt, LogP, TPSA, HBD/HBA, количество колец, QED, ...) для одного SMILES

batch_calculate_descriptors

То же самое для пакета SMILES

calculate_fingerprint

Вычислить отпечаток (morgan, rdkit или maccs) и вернуть индексы установленных битов

tanimoto_similarity

Сходство Танимото между двумя молекулами

similarity_search

Ранжировать кандидатов SMILES по сходству с запрашиваемой молекулой

substructure_search

Проверить, какие кандидаты соответствуют паттерну подструктуры SMARTS

enumerate_reaction

Применить шаблон реакции SMARTS/SMIRKS к реагентам, вернуть уникальные продукты

generate_3d_conformer

Сгенерировать (опционально оптимизированные силовым полем) 3D-конформеры в виде MOL-блоков

"Running locally" header → "Запуск локально"

"Last paragraph": "Сервер использует MCP через HTTP Streamable транспорт по адресу /mcp."

Actually, better: "Сервер говорит на MCP по HTTP Streamable транспорту по адресу /mcp." Hmm, that's too literal. "Сервер работает через MCP по HTTP Streamable транспорту и доступен по адресу /mcp."

Or more natural: "Сервер использует протокол MCP через HTTP Streamable транспорт по адресу /mcp."

I think a clean translation: "Сервер общается по MCP через HTTP Streamable транспорт по адресу /mcp."

Let me go with: "Сервер использует транспорт HTTP Streamable для MCP и доступен по адресу /mcp."

Actually, simpler: "Сервер работает через MCP по HTTP Streamable транспорту на /mcp."

Let me finalize the full translation. Also "GXP1" and "GXP2" look like they might be placeholders for content. Since instructions say preserve them verbatim, I'll keep them as standalone lines.

-
license - not tested
Not graded
quality - not tested
C
maintenance

Maintenance

Maintainers
Response time
Release cycle
Releases (12mo)
Commit activity

Resources

Unclaimed servers have limited discoverability.

Looking for Admin?

If you are the server author, to access and configure the admin panel.

Related MCP Connectors

  • Machine-readable utilities and datasets for AI agents.

  • CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.

  • CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.

View all MCP Connectors

Latest Blog Posts

MCP directory API

We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/mtx-auto/rdkit-tools-mcp'

If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server