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rdkit-tools-mcp

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RDKit Tools MCP Server

Ein Model Context Protocol (MCP)-Server, der zentrale RDKit-Cheminformatik-Operationen als Werkzeuge für KI-Agenten (z. B. DIAL-Toolsets) bereitstellt.

Ergänzt andere Chemie-MCPs (SMILES-Visualisierung, ChEMBL-Datenbankzugriff), indem er die prozessinternen Cheminformatik-Operationen abdeckt, die diese nicht bieten: Deskriptor-/Fingerprint-Berechnung, Ähnlichkeits- und Substruktursuche, Reaktionsenumeration, Standardisierung und 3D-Konformergenerierung.

Werkzeuge

Werkzeug

Beschreibung

canonicalize_smiles

Eine SMILES-Zeichenfolge parsen und ihre kanonische Form sowie grundlegende Identitätsinformationen zurückgeben

standardize_molecule

Ein Molekül aufbereiten: Salze/Lösungsmittel entfernen, das größte Fragment behalten, Ladungen neutralisieren

calculate_descriptors

Deskriptoren (MolWt, LogP, TPSA, HBD/HBA, Ringzahlen, QED, ...) für eine SMILES berechnen

batch_calculate_descriptors

Dasselbe für einen Batch von SMILES

calculate_fingerprint

Einen Fingerprint (morgan, rdkit oder maccs) berechnen und seine On-Bit-Indizes zurückgeben

tanimoto_similarity

Tanimoto-Ähnlichkeit zwischen zwei Molekülen

similarity_search

Kandidaten-SMILES nach Ähnlichkeit zu einem Abfragemolekül einordnen

substructure_search

Prüfen, welche Kandidaten einem SMARTS-Substrukturmuster entsprechen

enumerate_reaction

Eine Reaktions-SMARTS/SMIRKS-Vorlage auf Reaktanten anwenden und unterschiedliche Produkte zurückgeben

generate_3d_conformer

3D-Konformere (optional kraftfeldoptimiert) als MOL-Blöcke erzeugen

Lokal ausführen

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

Docker

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

Der Server spricht MCP über HTTP-Streamable-Transport unter /mcp.

This server cannot be installed

-
license - not tested
Not graded
quality - not tested
C
maintenance

How are these scores calculated?

Maintenance

–Maintainers
–Response time
–Release cycle
–Releases (12mo)
Commit activity

Resources

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