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rdkit-tools-mcp

by mtx-auto
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Python
Remote

RDKit Tools MCP Server

Ein Model Context Protocol (MCP)-Server, der zentrale RDKit-Cheminformatik-Operationen als Werkzeuge für KI-Agenten (z. B. DIAL-Toolsets) bereitstellt.

Ergänzt andere Chemie-MCPs (SMILES-Visualisierung, ChEMBL-Datenbankzugriff), indem er die prozessinternen Cheminformatik-Operationen abdeckt, die diese nicht bieten: Deskriptor-/Fingerprint-Berechnung, Ähnlichkeits- und Substruktursuche, Reaktionsenumeration, Standardisierung und 3D-Konformergenerierung.

Werkzeuge

Werkzeug

Beschreibung

canonicalize_smiles

Eine SMILES-Zeichenfolge parsen und ihre kanonische Form sowie grundlegende Identitätsinformationen zurückgeben

standardize_molecule

Ein Molekül aufbereiten: Salze/Lösungsmittel entfernen, das größte Fragment behalten, Ladungen neutralisieren

calculate_descriptors

Deskriptoren (MolWt, LogP, TPSA, HBD/HBA, Ringzahlen, QED, ...) für eine SMILES berechnen

batch_calculate_descriptors

Dasselbe für einen Batch von SMILES

calculate_fingerprint

Einen Fingerprint (morgan, rdkit oder maccs) berechnen und seine On-Bit-Indizes zurückgeben

tanimoto_similarity

Tanimoto-Ähnlichkeit zwischen zwei Molekülen

similarity_search

Kandidaten-SMILES nach Ähnlichkeit zu einem Abfragemolekül einordnen

substructure_search

Prüfen, welche Kandidaten einem SMARTS-Substrukturmuster entsprechen

enumerate_reaction

Eine Reaktions-SMARTS/SMIRKS-Vorlage auf Reaktanten anwenden und unterschiedliche Produkte zurückgeben

generate_3d_conformer

3D-Konformere (optional kraftfeldoptimiert) als MOL-Blöcke erzeugen

Related MCP server: cmxflow

Lokal ausführen

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

Docker

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

Der Server spricht MCP über HTTP-Streamable-Transport unter /mcp.

This server cannot be deployed

One endpoint for every MCP toolRayrun runs every MCP server behind one URL and holds the credentials. Each call is decided per client, tool, and argument, then recorded.ray.runAd

Maintenance

ActivitySlowing
ResponsivenessNo issues

Resources

Related MCP Connectors

Related MCP Servers

  • Mol-MCP

    lukasmki
    F
    license
    B
    quality
    D
    maintenance
    Provides computational chemistry tools for LLMs, enabling molecular operations like SMILES processing and geometry manipulation via a modular agent and tool system.
    9
    -

  • cmxflow

    b-shields
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    Enables building, running, and optimizing cheminformatics pipelines via composable blocks, with an MCP agent interface for natural language interaction.
    2
    MIT

  • chemdraw-mcp

    jurimaxam-dotcom
    A
    license
    Not graded
    quality
    A
    maintenance
    Enables generation of chemical structures, reactions, spectra, titration curves, 3D models, and more from natural language or SMILES, using RDKit for offline rendering and supporting formats like PNG, SVG, CDXML, and Anki decks.
    292 PyPI
    22
    Apache 2.0

  • dsh-mol

    Yijian-quiet
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    Provides a local-first chemistry workbench for AI agents, enabling SMILES validation with human-readable diagnostics, molecule drawing, property calculation, format conversion, standardization, and batch cleaning via MCP.
    137 PyPI
    2
    MIT