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rdkit-tools-mcp

by mtx-auto
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RDKit Tools MCP Server

Model Context Protocol (MCP)サーバーで、コアとなるRDKitケモインフォマティクス操作をツールとして公開し、AIエージェント(例: DIALツールセット)が使用できるようにします。

他の化学系MCP(SMILES可視化、ChEMBLデータベースアクセス)を補完し、それらがカバーしないプロセス内ケモインフォマティクス操作(記述子/フィンガープリント計算、類似性および部分構造検索、反応列挙、標準化、3D配座生成)を提供します。

ツール

ツール

説明

canonicalize_smiles

SMILES文字列を解析し、その正準形と基本的な識別情報を返します

standardize_molecule

分子をクリーンアップします: 塩/溶媒を除去し、最大のフラグメントを保持し、電荷を中和します

calculate_descriptors

1つのSMILESについて記述子(MolWt、LogP、TPSA、HBD/HBA、環の数、QED、...)を計算します

batch_calculate_descriptors

SMILESのバッチについて同様に計算します

calculate_fingerprint

フィンガープリント(morgan、rdkit、またはmaccs)を計算し、そのオンビットインデックスを返します

tanimoto_similarity

2つの分子間のタニモト類似度

similarity_search

クエリ分子に対する類似度で候補SMILESをランク付けします

substructure_search

どの候補がSMARTS部分構造パターンに一致するかを確認します

enumerate_reaction

反応SMARTS/SMIRKSテンプレートを反応物に適用し、異なる生成物を返します

generate_3d_conformer

(オプションで力場最適化された)3D配座をMOLブロックとして生成します

Related MCP server: cmxflow

ローカルでの実行

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

Docker

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

サーバーは/mcpにおいてHTTP Streamable transport経由でMCPを提供します。

This server cannot be deployed

One endpoint for every MCP toolRayrun runs every MCP server behind one URL and holds the credentials. Each call is decided per client, tool, and argument, then recorded.ray.runAd

Maintenance

ActivitySlowing
ResponsivenessNo issues

Resources

Related MCP Connectors

Related MCP Servers

  • Mol-MCP

    lukasmki
    F
    license
    B
    quality
    D
    maintenance
    Provides computational chemistry tools for LLMs, enabling molecular operations like SMILES processing and geometry manipulation via a modular agent and tool system.
    9
    -

  • cmxflow

    b-shields
    A
    license
    Not graded
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    B
    maintenance
    Enables building, running, and optimizing cheminformatics pipelines via composable blocks, with an MCP agent interface for natural language interaction.
    2
    MIT

  • chemdraw-mcp

    jurimaxam-dotcom
    A
    license
    Not graded
    quality
    A
    maintenance
    Enables generation of chemical structures, reactions, spectra, titration curves, 3D models, and more from natural language or SMILES, using RDKit for offline rendering and supporting formats like PNG, SVG, CDXML, and Anki decks.
    292 PyPI
    19
    Apache 2.0

  • dsh-mol

    Yijian-quiet
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    Provides a local-first chemistry workbench for AI agents, enabling SMILES validation with human-readable diagnostics, molecule drawing, property calculation, format conversion, standardization, and batch cleaning via MCP.
    137 PyPI
    2
    MIT