rdkit-tools-mcp

Name: rdkit-tools-mcp
Author: mtx-auto

RDKit Tools MCP Server

Model Context Protocol (MCP)サーバーで、コアとなるRDKitケモインフォマティクス操作をツールとして公開し、AIエージェント(例: DIALツールセット)が使用できるようにします。

他の化学系MCP(SMILES可視化、ChEMBLデータベースアクセス)を補完し、それらがカバーしないプロセス内ケモインフォマティクス操作(記述子/フィンガープリント計算、類似性および部分構造検索、反応列挙、標準化、3D配座生成)を提供します。

ツール	説明
`canonicalize_smiles`	SMILES文字列を解析し、その正準形と基本的な識別情報を返します
`standardize_molecule`	分子をクリーンアップします: 塩/溶媒を除去し、最大のフラグメントを保持し、電荷を中和します
`calculate_descriptors`	1つのSMILESについて記述子(MolWt、LogP、TPSA、HBD/HBA、環の数、QED、...)を計算します
`batch_calculate_descriptors`	SMILESのバッチについて同様に計算します
`calculate_fingerprint`	フィンガープリント(`morgan`、`rdkit`、または`maccs`)を計算し、そのオンビットインデックスを返します
`tanimoto_similarity`	2つの分子間のタニモト類似度
`similarity_search`	クエリ分子に対する類似度で候補SMILESをランク付けします
`substructure_search`	どの候補がSMARTS部分構造パターンに一致するかを確認します
`enumerate_reaction`	反応SMARTS/SMIRKSテンプレートを反応物に適用し、異なる生成物を返します
`generate_3d_conformer`	(オプションで力場最適化された)3D配座をMOLブロックとして生成します

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

サーバーは/mcpにおいてHTTP Streamable transport経由でMCPを提供します。

license - not tested

Not graded

quality - not tested

maintenance

–Maintainers

–Response time

–Release cycle

–Releases (12mo)

Commit activity

Unclaimed servers have limited discoverability.

If you are the server author, to access and configure the admin panel.

Agent Bits
Machine-readable utilities and datasets for AI agents.
security-intel-mcp
CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.
Security Intel MCP
CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.

We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/mtx-auto/rdkit-tools-mcp'

If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server