rdkit-tools-mcp

Name: rdkit-tools-mcp
Author: mtx-auto

RDKit Tools MCP Server

핵심 RDKit 화학정보학 작업을 도구로 노출하는 Model Context Protocol(MCP) 서버로, AI 에이전트(예: DIAL 도구 세트)가 사용할 수 있게 합니다.

다른 화학 MCP(SMILES 시각화, ChEMBL 데이터베이스 접근)를 보완하여, 이들이 제공하지 않는 인프로세스 화학정보학 작업을 다룹니다: 설명자/지문 계산, 유사도 및 부분 구조 검색, 반응 열거, 표준화, 3D 컨포머 생성.

도구	설명
`canonicalize_smiles`	SMILES 문자열을 파싱하여 정규 형식과 기본 식별 정보를 반환합니다.
`standardize_molecule`	분자를 정리합니다: 염/용매 제거, 가장 큰 조각 유지, 전하 중화
`calculate_descriptors`	하나의 SMILES에 대한 설명자(MolWt, LogP, TPSA, HBD/HBA, 고리 수, QED, ...) 계산
`batch_calculate_descriptors`	SMILES 배치에 대해 동일한 작업 수행
`calculate_fingerprint`	지문(`morgan`, `rdkit`, 또는 `maccs`)을 계산하고 on-bit 인덱스를 반환합니다
`tanimoto_similarity`	두 분자 사이의 Tanimoto 유사도
`similarity_search`	쿼리 분자에 대한 유사도로 후보 SMILES를 순위 매김
`substructure_search`	어떤 후보가 SMARTS 부분 구조 패턴과 일치하는지 확인
`enumerate_reaction`	반응 SMARTS/SMIRKS 템플릿을 반응물에 적용하여 고유한 생성물을 반환
`generate_3d_conformer`	(선택적으로 힘장 최적화된) 3D 컨포머를 MOL 블록으로 생성

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

서버는 /mcp에서 HTTP Streamable 전송을 통해 MCP를 사용합니다.

license - not tested

Not graded

quality - not tested

maintenance

–Maintainers

–Response time

–Release cycle

–Releases (12mo)

Commit activity

Unclaimed servers have limited discoverability.

If you are the server author, to access and configure the admin panel.

Agent Bits
Machine-readable utilities and datasets for AI agents.
security-intel-mcp
CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.
Security Intel MCP
CVE lookups (NVD) and dependency-manifest audits (OSV) for AI agents. No API keys.

We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/mtx-auto/rdkit-tools-mcp'

If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server