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rdkit-tools-mcp

by mtx-auto
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RDKit Tools MCP Server

핵심 RDKit 화학정보학 작업을 도구로 노출하는 Model Context Protocol(MCP) 서버로, AI 에이전트(예: DIAL 도구 세트)가 사용할 수 있게 합니다.

다른 화학 MCP(SMILES 시각화, ChEMBL 데이터베이스 접근)를 보완하여, 이들이 제공하지 않는 인프로세스 화학정보학 작업을 다룹니다: 설명자/지문 계산, 유사도 및 부분 구조 검색, 반응 열거, 표준화, 3D 컨포머 생성.

도구

도구

설명

canonicalize_smiles

SMILES 문자열을 파싱하여 정규 형식과 기본 식별 정보를 반환합니다.

standardize_molecule

분자를 정리합니다: 염/용매 제거, 가장 큰 조각 유지, 전하 중화

calculate_descriptors

하나의 SMILES에 대한 설명자(MolWt, LogP, TPSA, HBD/HBA, 고리 수, QED, ...) 계산

batch_calculate_descriptors

SMILES 배치에 대해 동일한 작업 수행

calculate_fingerprint

지문(morgan, rdkit, 또는 maccs)을 계산하고 on-bit 인덱스를 반환합니다

tanimoto_similarity

두 분자 사이의 Tanimoto 유사도

similarity_search

쿼리 분자에 대한 유사도로 후보 SMILES를 순위 매김

substructure_search

어떤 후보가 SMARTS 부분 구조 패턴과 일치하는지 확인

enumerate_reaction

반응 SMARTS/SMIRKS 템플릿을 반응물에 적용하여 고유한 생성물을 반환

generate_3d_conformer

(선택적으로 힘장 최적화된) 3D 컨포머를 MOL 블록으로 생성

Related MCP server: cmxflow

로컬 실행

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

Docker

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

서버는 /mcp에서 HTTP Streamable 전송을 통해 MCP를 사용합니다.

This server cannot be deployed

One endpoint for every MCP toolRayrun runs every MCP server behind one URL and holds the credentials. Each call is decided per client, tool, and argument, then recorded.ray.runAd

Maintenance

ActivityStale
ResponsivenessNo issues

Resources

Related MCP Connectors

Related MCP Servers

  • Mol-MCP

    lukasmki
    F
    license
    B
    quality
    D
    maintenance
    Provides computational chemistry tools for LLMs, enabling molecular operations like SMILES processing and geometry manipulation via a modular agent and tool system.
    9
    -

  • cmxflow

    b-shields
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    Enables building, running, and optimizing cheminformatics pipelines via composable blocks, with an MCP agent interface for natural language interaction.
    2
    MIT

  • dsh-mol

    Yijian-quiet
    A
    license
    Not graded
    quality
    A
    maintenance
    Provides a local-first chemistry workbench for AI agents, enabling SMILES validation with human-readable diagnostics, molecule drawing, property calculation, format conversion, standardization, and batch cleaning via MCP.
    53 PyPI
    2
    MIT