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rdkit-tools-mcp

by mtx-auto
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Python
Remote

RDKit Tools MCP Server

Un servidor del Model Context Protocol (MCP) que expone operaciones fundamentales de quimioinformática de RDKit como herramientas, para que las utilicen agentes de IA (p. ej., conjuntos de herramientas DIAL).

Complementa otros MCP de química (visualización de SMILES, acceso a la base de datos ChEMBL) al cubrir las operaciones de quimioinformática en proceso que ellos no incluyen: cálculo de descriptores/huellas digitales, búsqueda por similitud y subestructura, enumeración de reacciones, estandarización y generación de confórmeros 3D.

Herramientas

Herramienta

Descripción

canonicalize_smiles

Analiza una cadena SMILES y devuelve su forma canónica e información básica de identidad

standardize_molecule

Limpia una molécula: elimina sales/disolventes, conserva el fragmento más grande y neutraliza las cargas

calculate_descriptors

Calcula descriptores (MolWt, LogP, TPSA, HBD/HBA, número de anillos, QED, ...) para una SMILES

batch_calculate_descriptors

Igual, para un lote de SMILES

calculate_fingerprint

Calcula una huella digital (morgan, rdkit o maccs) y devuelve los índices de sus bits activados

tanimoto_similarity

Similitud de Tanimoto entre dos moléculas

similarity_search

Clasifica SMILES candidatas según su similitud con una molécula de consulta

substructure_search

Comprueba qué candidatas coinciden con un patrón de subestructura SMARTS

enumerate_reaction

Aplica una plantilla de reacción SMARTS/SMIRKS a los reactivos y devuelve los productos distintos

generate_3d_conformer

Genera confórmeros 3D (opcionalmente optimizados con campo de fuerzas) como bloques MOL

Related MCP server: cmxflow

Ejecución local

pip install -r requirements.txt
python server.py --host 127.0.0.1 --port 8080

Docker

docker build -t rdkit-tools-mcp .
docker run -p 8080:8080 rdkit-tools-mcp

El servidor habla MCP a través del transporte HTTP Streamable en /mcp.

This server cannot be deployed

One endpoint for every MCP toolRayrun runs every MCP server behind one URL and holds the credentials. Each call is decided per client, tool, and argument, then recorded.ray.runAd

Maintenance

ActivitySlowing
ResponsivenessNo issues

Resources

Related MCP Connectors

Related MCP Servers

  • Mol-MCP

    lukasmki
    F
    license
    B
    quality
    D
    maintenance
    Provides computational chemistry tools for LLMs, enabling molecular operations like SMILES processing and geometry manipulation via a modular agent and tool system.
    9
    -

  • cmxflow

    b-shields
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    Enables building, running, and optimizing cheminformatics pipelines via composable blocks, with an MCP agent interface for natural language interaction.
    2
    MIT

  • chemdraw-mcp

    jurimaxam-dotcom
    A
    license
    Not graded
    quality
    A
    maintenance
    Enables generation of chemical structures, reactions, spectra, titration curves, 3D models, and more from natural language or SMILES, using RDKit for offline rendering and supporting formats like PNG, SVG, CDXML, and Anki decks.
    292 PyPI
    19
    Apache 2.0

  • dsh-mol

    Yijian-quiet
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    Provides a local-first chemistry workbench for AI agents, enabling SMILES validation with human-readable diagnostics, molecule drawing, property calculation, format conversion, standardization, and batch cleaning via MCP.
    137 PyPI
    2
    MIT