MCP Bio-Modelling Servers

Этот пакет предоставляет три сервера Model Context Protocol с сохранением состояния для механистического и системно-биологического моделирования:

Все три сервера используют MCP через stdio и распространяются вместе как mcp-biomodelling-servers.

Публикация

Для получения дополнительных сведений ознакомьтесь с соответствующей статьёй:

«Интеллектуальная оркестрация инструментов для быстрого прототипирования механистических моделей: MCP-серверы как интерфейсы ИИ-биологии» Marco Ruscone, Miguel Vazquez & Alfonso Valencia, npj Systems Biology and Applications (2026) https://doi.org/10.1038/s41540-026-00767-3

Related MCP server: STRING-db MCP Server

Требования

• Python 3.10–3.14.

• MCP Python SDK 2.x, устанавливается автоматически вместе с этим пакетом.

• Зависимости пакетов моделирования, объявленные в pyproject.toml, устанавливаются автоматически с помощью pip или uvx.

• Системная среда выполнения Graphviz для диаграмм истории NeKo. Пакет Python graphviz не заменяет внешний рендерер dot.

Проверьте наличие Graphviz с помощью:

dot -V

Если эта команда отсутствует, установите Graphviz с помощью менеджера пакетов вашей операционной системы или окружения. См. руководство по установке Graphviz для инструкций, специфичных для вашей платформы.

Установка

Установка с помощью pip

python -m pip install mcp-biomodelling-servers

Установка предоставляет три консольные точки входа:

mcp-neko-server
mcp-maboss-server
mcp-physicell-server

Запуск в изолированной среде с помощью uvx

uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-maboss-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-physicell-server

Conda необязательна. Она остаётся полезной, когда вам нужно явно управляемое окружение для локальной разработки или дополнительного нативного научного ПО, но она не требуется для упакованных точек входа.

Настройка MCP-клиента

Следующий пример использует uvx и работает с клиентами, которые принимают стандартную конфигурацию stdio mcp.json:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-neko-server"
      ]
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-maboss-server"
      ]
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-physicell-server"
      ]
    }
  }
}

Если пакет уже установлен в окружении клиента, каждая точка входа может вместо этого использовать свой консольный скрипт напрямую:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-neko-server"
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-maboss-server"
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-physicell-server"
    }
  }
}

Обратитесь к документации вашего MCP-клиента, чтобы узнать расположение файла конфигурации и процедуру перезагрузки. Для Visual Studio Code см. Использование MCP-серверов в VS Code.

Сеансы, артефакты и ошибки

Каждый сервер может поддерживать несколько изолированных сеансов моделирования. Инструменты, создающие или загружающие модель, возвращают идентификатор сеанса; передавайте этот идентификатор в последующие операции, когда активно более одного сеанса.

Сгенерированные модели, конфигурационные файлы, графики и другие результаты хранятся в каталогах артефактов, привязанных к сеансу. Инструменты перечисления артефактов возвращают пути, необходимые для просмотра или передачи файлов другому серверу моделирования.

В MCP SDK 2.x сбои при выполнении инструмента возвращаются как ошибки инструмента, чтобы клиент и модель могли отличить их от успешных научных результатов. Инструменты проверки могут по-прежнему возвращать успешный результат, описывающий недопустимую модель или конфигурацию, если сама проверка является запрошенным результатом.

Запуск из исходного кода

Клонируйте репозиторий и установите его с зависимостями для разработки:

git clone https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.git
cd mcp-biomodelling-servers
python -m pip install ".[dev]"

Затем вы можете запустить те же консольные точки входа или вызвать модуль сервера напрямую с помощью выбранного интерпретатора Python:

python MaBoSS/server.py
python NeKo/server.py
python PhysiCell/server.py

Структура репозитория

MaBoSS/                     MaBoSS server, manual, and Registry manifest
NeKo/                       NeKo server, manual, and Registry manifest
PhysiCell/                  PhysiCell server, manual, and Registry manifest
mcp_biomodelling_servers/   Installed package namespace and entry points
tests/                      Protocol, runtime, concurrency, and package tests

Специфические для серверов README описывают рабочие процессы моделирования и семейства доступных инструментов более подробно.

Совместимость с MCP SDK и протоколом

Пакет использует стабильный API MCP Python SDK 2.x. SDK согласовывает соответствующую ревизию протокола MCP с подключённым клиентом; ревизия протокола не зависит от схемы реестра MCP, используемой каждым server.json.

Лицензия

Метаданные пакета объявляют проект под лицензией MIT. Обёрнутые пакеты моделирования сохраняют свои собственные лицензии; обратитесь к их вышестоящим проектам за подробностями.