MCP 생물 모델링 서버

이 패키지는 기계론적(mechanistic) 및 시스템 생물학 모델링을 위한 세 개의 상태 저장형 Model Context Protocol 서버를 제공합니다:

세 서버 모두 stdio를 통한 MCP를 사용하며, mcp-biomodelling-servers로 함께 배포됩니다.

논문

자세한 내용은 관련 논문을 확인하십시오:

"Intelligent tool orchestration for rapid mechanistic model prototyping: MCP servers as AI-biology interfaces" Marco Ruscone, Miguel Vazquez & Alfonso Valencia, npj Systems Biology and Applications (2026) https://doi.org/10.1038/s41540-026-00767-3

Related MCP server: STRING-db MCP Server

요구 사항

• Python 3.10–3.14.

• MCP Python SDK 2.x — 이 패키지와 함께 자동으로 설치됩니다.

• pyproject.toml에 선언된 모델링 패키지 의존성 — pip 또는 uvx에 의해 자동으로 설치됩니다.

• NeKo 히스토리 다이어그램을 위한 Graphviz 시스템 런타임. Python graphviz 패키지는 외부 dot 렌더러를 대체하지 않습니다.

Graphviz 사용 가능 여부는 다음 명령으로 확인할 수 있습니다:

dot -V

이 명령이 없으면 운영 체제 또는 환경 패키지 관리자를 사용하여 Graphviz를 설치하십시오. 플랫폼별 설치 지침은 Graphviz 설치 가이드를 참조하십시오.

설치

pip로 설치

python -m pip install mcp-biomodelling-servers

설치 시 세 개의 콘솔 진입점이 제공됩니다:

mcp-neko-server
mcp-maboss-server
mcp-physicell-server

uvx로 격리된 환경에서 실행

uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-maboss-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-physicell-server

Conda는 선택 사항입니다. 로컬 개발 또는 추가 네이티브 과학 소프트웨어를 위해 명시적으로 관리되는 환경을 원할 때 유용하지만, 패키지된 진입점에는 필요하지 않습니다.

MCP 클라이언트 구성

다음 예시는 uvx를 사용하며 공통 mcp.json stdio 구성을 지원하는 클라이언트에서 작동합니다:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-neko-server"
      ]
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-maboss-server"
      ]
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-physicell-server"
      ]
    }
  }
}

패키지가 클라이언트 환경에 이미 설치된 경우, 각 진입점은 콘솔 스크립트를 직접 사용할 수 있습니다:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-neko-server"
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-maboss-server"
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-physicell-server"
    }
  }
}

MCP 클라이언트의 구성 파일 위치 및 재로드 절차는 해당 클라이언트의 문서를 참조하십시오. Visual Studio Code의 경우 VS Code에서 MCP 서버 사용을 참조하십시오.

세션, 아티팩트 및 오류

각 서버는 여러 개의 격리된 모델링 세션을 유지할 수 있습니다. 모델을 생성하거나 불러오는 도구는 세션 식별자를 반환합니다. 세션이 두 개 이상 활성화된 경우 후속 작업에 해당 식별자를 전달하십시오.

생성된 모델, 구성 파일, 플롯 및 기타 출력물은 세션 범위의 아티팩트 디렉터리에 보관됩니다. 아티팩트 목록 도구는 파일을 검사하거나 다른 모델링 서버에 전달하는 데 필요한 경로를 반환합니다.

MCP SDK 2.x에서 도구 실행 실패는 도구 오류로 반환되므로 클라이언트와 모델이 이를 성공적인 과학적 결과와 구분할 수 있습니다. 검증 도구는 유효성 자체가 요청된 결과인 경우, 유효하지 않은 모델이나 구성을 설명하는 성공 결과를 여전히 반환할 수 있습니다.

소스에서 실행

저장소를 클론하고 개발 의존성과 함께 설치합니다:

git clone https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.git
cd mcp-biomodelling-servers
python -m pip install ".[dev]"

그런 다음 동일한 콘솔 진입점을 실행하거나 선택한 Python 인터프리터로 서버 모듈을 직접 호출할 수 있습니다:

python MaBoSS/server.py
python NeKo/server.py
python PhysiCell/server.py

저장소 구조

MaBoSS/                     MaBoSS server, manual, and Registry manifest
NeKo/                       NeKo server, manual, and Registry manifest
PhysiCell/                  PhysiCell server, manual, and Registry manifest
mcp_biomodelling_servers/   Installed package namespace and entry points
tests/                      Protocol, runtime, concurrency, and package tests

서버별 README는 모델링 워크플로와 노출된 도구 계열을 더 자세히 설명합니다.

MCP SDK 및 프로토콜 호환성

이 패키지는 안정적인 MCP Python SDK 2.x API를 사용합니다. SDK는 연결된 클라이언트와 적절한 MCP 프로토콜 개정판을 협상합니다. 프로토콜 개정판은 각 server.json이 사용하는 MCP Registry 스키마와 독립적입니다.

라이선스

패키지 메타데이터는 프로젝트를 MIT 라이선스로 선언합니다. 래핑된 모델링 패키지는 각자의 라이선스를 유지합니다. 자세한 내용은 해당 상위 프로젝트를 참조하십시오.