MCP-Bio-Modellierungs-Server

Dieses Paket stellt drei zustandsbehaftete Model Context Protocol-Server für mechanistische und systembiologische Modellierung bereit:

Alle drei Server verwenden MCP über stdio und werden gemeinsam als mcp-biomodelling-servers verteilt.

Veröffentlichung

Weitere Einzelheiten finden Sie im zugehörigen Artikel:

„Intelligente Werkzeugorchestrierung für schnelles mechanistisches Modell-Prototyping: MCP-Server als KI-Biologie-Schnittstellen“ Marco Ruscone, Miguel Vazquez & Alfonso Valencia, npj Systems Biology and Applications (2026) https://doi.org/10.1038/s41540-026-00767-3

Related MCP server: STRING-db MCP Server

Anforderungen

• Python 3.10–3.14.

• MCP Python SDK 2.x, das automatisch mit diesem Paket installiert wird.

• Die in pyproject.toml deklarierten Modellierungspaket-Abhängigkeiten, die automatisch von pip oder uvx installiert werden.

• Die Graphviz-Systemlaufzeit für NeKo-Verlaufsdiagramme. Das Python-Paket graphviz ist kein Ersatz für den externen dot-Renderer.

Überprüfen Sie, ob Graphviz verfügbar ist, mit:

dot -V

Wenn dieser Befehl fehlt, installieren Sie Graphviz mit Ihrem Betriebssystem- oder Umgebungspaketmanager. Siehe die Graphviz-Installationsanleitung für plattformspezifische Anweisungen.

Installation

Installation mit pip

python -m pip install mcp-biomodelling-servers

Die Installation stellt drei Konsolen-Einstiegspunkte bereit:

mcp-neko-server
mcp-maboss-server
mcp-physicell-server

In einer isolierten Umgebung mit uvx ausführen

uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-maboss-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-physicell-server

Conda ist optional. Es bleibt nützlich, wenn Sie eine explizit verwaltete Umgebung für die lokale Entwicklung oder zusätzliche native wissenschaftliche Software wünschen, ist aber für die paketierten Einstiegspunkte nicht erforderlich.

Konfigurieren eines MCP-Clients

Das folgende Beispiel verwendet uvx und funktioniert mit Clients, die die übliche mcp.json-stdio-Konfiguration akzeptieren:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-neko-server"
      ]
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-maboss-server"
      ]
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-physicell-server"
      ]
    }
  }
}

Wenn das Paket bereits in der Client-Umgebung installiert ist, kann jeder Eintrag stattdessen sein Konsolenskript direkt verwenden:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-neko-server"
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-maboss-server"
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-physicell-server"
    }
  }
}

Siehe die Dokumentation Ihres MCP-Clients für den Speicherort der Konfigurationsdatei und das Neuladeverfahren. Für Visual Studio Code siehe MCP-Server in VS Code verwenden.

Sitzungen, Artefakte und Fehler

Jeder Server kann mehrere isolierte Modellierungssitzungen verwalten. Werkzeuge, die ein Modell erstellen oder laden, geben eine Sitzungskennung zurück; übergeben Sie diese Kennung an nachfolgende Operationen, wenn mehr als eine Sitzung aktiv ist.

Generierte Modelle, Konfigurationsdateien, Diagramme und andere Ausgaben werden in sitzungsbezogenen Artefaktverzeichnissen aufbewahrt. Werkzeuge zur Artefaktauflistung geben die Pfade zurück, die zum Prüfen oder Übergeben von Dateien an einen anderen Modellierungsserver erforderlich sind.

Unter MCP SDK 2.x werden Fehler bei der Ausführung eines Werkzeugs als Werkzeugfehler zurückgegeben, sodass Client und Modell sie von erfolgreichen wissenschaftlichen Ergebnissen unterscheiden können. Validierungswerkzeuge können weiterhin ein erfolgreiches Ergebnis zurückgeben, das ein ungültiges Modell oder eine ungültige Konfiguration beschreibt, wenn die Gültigkeit selbst das angeforderte Ergebnis ist.

Aus dem Quellcode ausführen

Klonen Sie das Repository und installieren Sie es mit seinen Entwicklungsabhängigkeiten:

git clone https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.git
cd mcp-biomodelling-servers
python -m pip install ".[dev]"

Sie können dann dieselben Konsolen-Einstiegspunkte ausführen oder ein Servermodul direkt mit dem ausgewählten Python-Interpreter aufrufen:

python MaBoSS/server.py
python NeKo/server.py
python PhysiCell/server.py

Repository-Struktur

MaBoSS/                     MaBoSS server, manual, and Registry manifest
NeKo/                       NeKo server, manual, and Registry manifest
PhysiCell/                  PhysiCell server, manual, and Registry manifest
mcp_biomodelling_servers/   Installed package namespace and entry points
tests/                      Protocol, runtime, concurrency, and package tests

Die serverseitigen READMEs beschreiben die Modellierungsworkflows und die bereitgestellten Werkzeugfamilien genauer.

MCP-SDK- und Protokollkompatibilität

Das Paket verwendet die stabile MCP-Python-SDK-2.x-API. Das SDK verhandelt die geeignete MCP-Protokollrevision mit dem verbundenen Client; die Protokollrevision ist unabhängig vom MCP-Registry-Schema, das von jeder server.json verwendet wird.

Lizenz

Die Paketmetadaten deklarieren das Projekt unter der MIT-Lizenz. Die eingebundenen Modellierungspakete behalten ihre eigenen Lizenzen; Einzelheiten finden Sie in ihren Upstream-Projekten.