MCP Bio-Modelling Servers

このパッケージは、メカニスティックおよびシステム生物学モデリングのための、ステートフルな Model Context Protocol サーバーを3つ提供します。

3つのサーバーはすべて stdio 上の MCP を使用し、mcp-biomodelling-servers として一緒に配布されます。

出版

詳細については、関連記事をご確認ください：

"Intelligent tool orchestration for rapid mechanistic model prototyping: MCP servers as AI-biology interfaces" Marco Ruscone, Miguel Vazquez & Alfonso Valencia, npj Systems Biology and Applications (2026) https://doi.org/10.1038/s41540-026-00767-3

Related MCP server: STRING-db MCP Server

要件

• Python 3.10–3.14.

• MCP Python SDK 2.x（このパッケージとともに自動的にインストールされます）。

• pyproject.toml で宣言されているモデリングパッケージの依存関係（pip または uvx によって自動的にインストールされます）。

• NeKo 履歴ダイアグラム用の Graphviz システムランタイム。Python の graphviz パッケージは、外部の dot レンダラーの代わりにはなりません。

Graphviz が利用可能かどうかは、次のコマンドで確認できます：

dot -V

このコマンドがない場合は、オペレーティングシステムまたは環境のパッケージマネージャーを使用して Graphviz をインストールしてください。プラットフォーム固有の手順については、Graphviz インストールガイド を参照してください。

インストール

pip でインストール

python -m pip install mcp-biomodelling-servers

インストールにより、3つのコンソールエントリポイントが提供されます：

mcp-neko-server
mcp-maboss-server
mcp-physicell-server

uvx で隔離環境で実行

uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-maboss-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-physicell-server

Conda はオプションです。ローカル開発や追加のネイティブ科学ソフトウェアのために明示的に管理された環境が必要な場合には依然として有用ですが、パッケージ化されたエントリポイントには必須ではありません。

MCP クライアントの設定

次の例は uvx を使用し、一般的な mcp.json stdio 設定を受け入れるクライアントで動作します：

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-neko-server"
      ]
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-maboss-server"
      ]
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-physicell-server"
      ]
    }
  }
}

パッケージがクライアント環境にすでにインストールされている場合は、各エントリは代わりにそのコンソールスクリプトを直接使用できます：

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-neko-server"
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-maboss-server"
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-physicell-server"
    }
  }
}

設定ファイルの場所と再読み込み手順については、MCP クライアントのドキュメントを参照してください。Visual Studio Code については、VS Code で MCP サーバーを使用する を参照してください。

セッション、アーティファクト、エラー

各サーバーは、複数の独立したモデリングセッションを維持できます。モデルを作成またはロードするツールはセッション識別子を返します。複数のセッションがアクティブな場合は、その識別子を後続の操作に渡してください。

生成されたモデル、設定ファイル、プロット、その他の出力は、セッションスコープのアーティファクトディレクトリに保持されます。アーティファクト一覧ツールは、ファイルを検査したり別のモデリングサーバーに渡したりするために必要なパスを返します。

MCP SDK 2.x では、ツールの実行失敗はツールエラーとして返されるため、クライアントとモデルはそれらを成功した科学的結果と区別できます。検証ツールは、有効性自体が要求された結果である場合、無効なモデルや設定を説明する成功結果を返すことがあります。

ソースから実行

リポジトリをクローンし、開発依存関係とともにインストールします：

git clone https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.git
cd mcp-biomodelling-servers
python -m pip install ".[dev]"

その後、同じコンソールエントリポイントを実行するか、選択した Python インタープリターでサーバーモジュールを直接呼び出すことができます：

python MaBoSS/server.py
python NeKo/server.py
python PhysiCell/server.py

リポジトリ構成

MaBoSS/                     MaBoSS server, manual, and Registry manifest
NeKo/                       NeKo server, manual, and Registry manifest
PhysiCell/                  PhysiCell server, manual, and Registry manifest
mcp_biomodelling_servers/   Installed package namespace and entry points
tests/                      Protocol, runtime, concurrency, and package tests

サーバー固有の README には、モデリングワークフローと公開されているツールファミリーの詳細が記載されています。

MCP SDK とプロトコルの互換性

このパッケージは、安定した MCP Python SDK 2.x API を使用します。SDK は接続されたクライアントと適切な MCP プロトコルリビジョンをネゴシエートします。プロトコルリビジョンは、各 server.json で使用される MCP レジストリスキーマとは独立しています。

ライセンス

パッケージメタデータは、プロジェクトを MIT ライセンスの下で宣言しています。ラップされたモデリングパッケージは独自のライセンスを保持します。詳細については、それぞれのアップストリームプロジェクトを参照してください。