Servidores MCP de Bio-Modelado

Este paquete proporciona tres servidores Model Context Protocol con estado para el modelado mecanicista y de biología de sistemas:

Los tres servidores usan MCP sobre stdio y se distribuyen juntos como mcp-biomodelling-servers.

Publicación

Para más detalles, consulte el artículo relacionado:

"Orquestación inteligente de herramientas para la creación rápida de prototipos de modelos mecanicistas: servidores MCP como interfaces de IA-biología" Marco Ruscone, Miguel Vazquez y Alfonso Valencia, npj Systems Biology and Applications (2026) https://doi.org/10.1038/s41540-026-00767-3

Related MCP server: STRING-db MCP Server

Requisitos

• Python 3.10–3.14.

• MCP Python SDK 2.x, instalado automáticamente con este paquete.

• Las dependencias de paquetes de modelado declaradas en pyproject.toml, instaladas automáticamente por pip o uvx.

• El runtime del sistema Graphviz para los diagramas de historial de NeKo. El paquete de Python graphviz no sustituye al renderizador externo dot.

Compruebe si Graphviz está disponible con:

dot -V

Si este comando no está disponible, instale Graphviz usando el gestor de paquetes de su sistema operativo o entorno. Consulte la guía de instalación de Graphviz para obtener instrucciones específicas de la plataforma.

Instalación

Instalar con pip

python -m pip install mcp-biomodelling-servers

La instalación proporciona tres puntos de entrada de consola:

mcp-neko-server
mcp-maboss-server
mcp-physicell-server

Ejecutar en un entorno aislado con uvx

uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-maboss-server
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-physicell-server

Conda es opcional. Sigue siendo útil cuando se desea un entorno gestionado explícitamente para el desarrollo local o software científico nativo adicional, pero no es necesario para los puntos de entrada empaquetados.

Configurar un cliente MCP

El siguiente ejemplo usa uvx y funciona con clientes que aceptan la configuración común de stdio mcp.json:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-neko-server"
      ]
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-maboss-server"
      ]
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "mcp-biomodelling-servers",
        "mcp-physicell-server"
      ]
    }
  }
}

Si el paquete ya está instalado en el entorno del cliente, cada entrada puede usar directamente su script de consola:

{
  "servers": {
    "neko": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-neko-server"
    },
    "maboss": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-maboss-server"
    },
    "physicell": {
      "type": "stdio",
      "command": "mcp-physicell-server"
    }
  }
}

Consulte la documentación de su cliente MCP para conocer la ubicación de su archivo de configuración y el procedimiento de recarga. Para Visual Studio Code, consulte Usar servidores MCP en VS Code.

Sesiones, artefactos y errores

Cada servidor puede mantener múltiples sesiones de modelado aisladas. Las herramientas que crean o cargan un modelo devuelven un identificador de sesión; pase ese identificador a operaciones posteriores cuando haya más de una sesión activa.

Los modelos generados, archivos de configuración, gráficos y otras salidas se guardan en directorios de artefactos con ámbito de sesión. Las herramientas de listado de artefactos devuelven las rutas necesarias para inspeccionar o entregar archivos a otro servidor de modelado.

Bajo MCP SDK 2.x, los fallos al ejecutar una herramienta se devuelven como errores de herramienta para que el cliente y el modelo puedan distinguirlos de resultados científicos exitosos. Las herramientas de validación pueden devolver un resultado exitoso que describa un modelo o configuración no válidos cuando la validez en sí es el resultado solicitado.

Ejecutar desde el código fuente

Clone el repositorio e instálelo con sus dependencias de desarrollo:

git clone https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.git
cd mcp-biomodelling-servers
python -m pip install ".[dev]"

A continuación, puede ejecutar los mismos puntos de entrada de consola o invocar un módulo de servidor directamente con el intérprete de Python seleccionado:

python MaBoSS/server.py
python NeKo/server.py
python PhysiCell/server.py

Estructura del repositorio

MaBoSS/                     MaBoSS server, manual, and Registry manifest
NeKo/                       NeKo server, manual, and Registry manifest
PhysiCell/                  PhysiCell server, manual, and Registry manifest
mcp_biomodelling_servers/   Installed package namespace and entry points
tests/                      Protocol, runtime, concurrency, and package tests

Los README específicos de cada servidor describen los flujos de trabajo de modelado y las familias de herramientas expuestas con más detalle.

Compatibilidad con MCP SDK y protocolo

El paquete usa la API estable MCP Python SDK 2.x. El SDK negocia la revisión de protocolo MCP adecuada con el cliente conectado; la revisión del protocolo es independiente del esquema de MCP Registry utilizado por cada server.json.

Licencia

Los metadatos del paquete declaran el proyecto bajo la licencia MIT. Los paquetes de modelado incluidos conservan sus propias licencias; consulte sus proyectos upstream para obtener más detalles.