BioMCP

BioMCP：生物医学模型上下文协议

BioMCP 是一个开源（MIT 许可证）工具包，旨在为 AI 助手和代理提供专业的生物医学知识。它基于模型上下文协议 (MCP) 构建，将 AI 系统连接到权威的生物医学数据源，使其能够精准深入地回答有关临床试验、科学文献和基因组变异的问题。

为什么选择 BioMCP？

虽然大型语言模型拥有广泛的通用知识，但它们往往缺乏特定领域的专业信息或无法获取最新资源。BioMCP 通过以下方式为生物医学弥补了这一差距：

• 提供临床试验、生物医学文献和基因组变异的结构化访问
• 无需了解特定语法即可对专用数据库进行自然语言查询
• 通过一致的界面支持生物医学研究工作流程
• 充当 AI 助手和代理的MCP 服务器

生物医学数据源

BioMCP 与三个关键生物医学数据源集成：

• **PubTator3/PubMed——**带有实体注释的生物医学文献
• **ClinicalTrials.gov——**临床试验注册和结果数据库
• MyVariant.info - 来自多个数据库的整合遗传变异注释

可用的 MCP 工具

PubMed 和 PubTator3

• article_searcher ：按基因、疾病、变异或关键词搜索文章
• article_details ：获取详细的文章信息，包括摘要和全文

ClinicalTrials.gov

• trial_searcher ：高级试验搜索，可按条件、干预、阶段等进行过滤。
• trial_protocol ：详细的试验协议信息
• trial_locations ：试验地点和联系信息
• trial_outcomes ：结果和成果测量
• trial_references ：相关出版物

MyVariant.info

• variant_searcher ：通过复杂的过滤功能搜索遗传变异
• variant_details ：来自多个来源的综合注释（CIViC、ClinVar、COSMIC、dbSNP 等）

快速入门

对于 Claude 桌面用户

1. 如果没有，请安装uv （推荐）：
   # MacOS brew install uv # Windows/Linux pip install uv
2. 配置Claude桌面：
   • 打开 Claude 桌面设置
   • 导航至开发者部分
   • 点击“编辑配置”并添加：GXP2
   • 重新启动 Claude Desktop 并开始讨论生物医学话题！

Python 包安装

命令行界面

BioMCP 提供了用于直接数据库交互的综合 CLI：

测试与验证

使用 MCP Inspector 测试您的 BioMCP 设置：

这将打开一个 Web 界面，您可以在其中探索和测试所有可用的工具。

企业版：OncoMCP

OncoMCP 通过 GenomOncology 的企业级精准肿瘤学平台 (POP) 扩展了 BioMCP，提供：

• 符合 HIPAA 标准的部署：安全的内部部署选项
• 实时试验匹配：最新状态和臂级匹配
• 医疗保健整合：无缝 EHR 和数据仓库连接
• 精选知识库：15,000 多项试验和 FDA 批准
• 精准的患者匹配：使用综合的临床和分子特征
• 高级 NLP ：从非结构化文本中进行结构化提取
• 全面的生物标志物处理：突变和规则处理

了解更多： GenomOncology

MCP 注册中心

文档

如需完整文档，请访问https://biomcp.org

BioMCP 示例库

想要看看 BioMCP 的实际作用吗？

查看配套存储库：👉 biomcp-examples

它包含真实提示、AI 生成的研究摘要以及跨不同模型的评估运行。使用它来探索功能、比较输出结果或对您自己的设置进行基准测试。

你自己有一个很棒的示例吗？**我们期待你的贡献！**只需 fork 代码库并提交包含你的实验的 PR 即可。

执照

该项目已获得 MIT 许可。