BioMCP: Protocolo de contexto del modelo biomédico

BioMCP es un conjunto de herramientas de código abierto (licencia MIT) que dota a los asistentes y agentes de IA de conocimiento biomédico especializado. Desarrollado según el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), conecta los sistemas de IA con fuentes de datos biomédicos fiables, lo que les permite responder preguntas sobre ensayos clínicos, literatura científica y variantes genómicas con precisión y profundidad.

¿Por qué BioMCP?

Si bien los Modelos de Lenguaje Grande poseen un amplio conocimiento general, a menudo carecen de información especializada específica del dominio o de acceso a recursos actualizados. BioMCP cubre esta brecha en la biomedicina mediante:

• Proporcionar acceso estructurado a ensayos clínicos, literatura biomédica y variantes genómicas.
• Permitir consultas en lenguaje natural a bases de datos especializadas sin necesidad de conocer su sintaxis específica
• Apoyar los flujos de trabajo de investigación biomédica a través de una interfaz consistente
• Funciona como un servidor MCP para asistentes y agentes de IA

Fuentes de datos biomédicos

BioMCP se integra con tres fuentes de datos biomédicos clave:

• PubTator3/PubMed : Literatura biomédica con anotaciones de entidades
• ClinicalTrials.gov - Registro de ensayos clínicos y base de datos de resultados
• MyVariant.info - Anotación consolidada de variantes genéticas de múltiples bases de datos

Herramientas MCP disponibles

PubMed y PubTator3

• article_searcher : busca artículos por genes, enfermedades, variantes o palabras clave
• article_details : Obtenga información detallada del artículo, incluidos resúmenes y textos completos

ClinicalTrials.gov

• trial_searcher : Búsqueda avanzada de ensayos con filtrado por condición, intervención, fase, etc.
• trial_protocol : Información detallada del protocolo del ensayo
• trial_locations : Ubicaciones de los sitios de prueba e información de contacto
• trial_outcomes : Resultados y medidas de resultados
• trial_references : Publicaciones relacionadas

MiVariante.info

• variant_searcher : busca variantes genéticas con filtrado sofisticado
• variant_details : Anotaciones completas de múltiples fuentes (CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP, etc.)

Inicio rápido

Para usuarios de Claude Desktop

1. Instalar uv si no lo tienes (recomendado):
   # MacOS brew install uv # Windows/Linux pip install uv
2. Configurar Claude Desktop :
   • Abrir la configuración de Claude Desktop
   • Vaya a la sección Desarrollador
   • Haga clic en "Editar configuración" y agregue: GXP2
   • ¡Reinicia Claude Desktop y comienza a chatear sobre temas biomédicos!

Instalación de paquetes de Python

Interfaz de línea de comandos

BioMCP proporciona una CLI integral para la interacción directa con la base de datos:

Pruebas y verificación

Pruebe su configuración BioMCP con el Inspector MCP:

Esto abre una interfaz web donde puedes explorar y probar todas las herramientas disponibles.

Versión empresarial: OncoMCP

OncoMCP amplía BioMCP con la plataforma de oncología de precisión de nivel empresarial (POP) de GenomOncology, que proporciona:

• Implementación conforme a HIPAA : opciones seguras en las instalaciones
• Coincidencia de pruebas en tiempo real : estado actualizado y coincidencia a nivel de brazo
• Integración de la atención médica : Conectividad fluida entre EHR y almacén de datos
• Base de conocimientos seleccionada : más de 15 000 ensayos y aprobaciones de la FDA
• Emparejamiento sofisticado de pacientes : uso de perfiles clínicos y moleculares integrados
• PNL avanzada : Extracción estructurada de texto no estructurado
• Procesamiento integral de biomarcadores : procesamiento de mutaciones y reglas

Más información: GenomOncology

Registros MCP

Documentación

Para obtener documentación completa, visite https://biomcp.org

Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT.