БиоМЦП

BioMCP: протокол контекста биомедицинской модели

BioMCP — это набор инструментов с открытым исходным кодом (лицензия MIT), который предоставляет помощникам и агентам ИИ специализированные биомедицинские знания. Созданный в соответствии с Model Context Protocol (MCP), он соединяет системы ИИ с авторитетными источниками биомедицинских данных, позволяя им отвечать на вопросы о клинических испытаниях, научной литературе и геномных вариантах с точностью и глубиной.

Почему БиоМЦП?

Хотя у Large Language Models есть широкие общие знания, им часто не хватает специализированной информации по конкретной области или доступа к актуальным ресурсам. BioMCP устраняет этот пробел для биомедицины:

Предоставление структурированного доступа к клиническим испытаниям, биомедицинской литературе и геномным вариантам
Возможность отправлять запросы на естественном языке в специализированные базы данных без необходимости знания их специфического синтаксиса
Поддержка рабочих процессов биомедицинских исследований с помощью единого интерфейса
Функционирование в качестве MCP-сервера для помощников и агентов на основе искусственного интеллекта

Источники биомедицинских данных

BioMCP интегрируется с тремя ключевыми источниками биомедицинских данных:

PubTator3/PubMed — Биомедицинская литература с аннотациями сущностей
ClinicalTrials.gov — Реестр клинических испытаний и база данных результатов
MyVariant.info — Консолидированная аннотация генетических вариантов из нескольких баз данных

Доступные инструменты MCP

PubMed и PubTator3

article_searcher : Поиск статей по генам, заболеваниям, вариантам или ключевым словам
article_details : Получите подробную информацию о статье, включая аннотации и полный текст

ClinicalTrials.gov

trial_searcher : Расширенный поиск испытаний с фильтрацией по состоянию, вмешательству, фазе и т. д.
trial_protocol : Подробная информация о протоколе испытания
trial_locations : Местонахождение испытательных площадок и контактная информация
trial_outcomes : Результаты и показатели результатов
trial_references : Связанные публикации

MyVariant.info

variant_searcher : Поиск генетических вариантов с помощью сложной фильтрации
variant_details : Подробные аннотации из нескольких источников (CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP и т. д.)

Быстрый старт

Для пользователей Claude Desktop

Установите uv если у вас его нет (рекомендуется):
# MacOS brew install uv # Windows/Linux pip install uv
Настройте рабочий стол Claude :
- Откройте настройки Claude Desktop
- Перейдите в раздел «Разработчик»
- Нажмите «Изменить конфигурацию» и добавьте: GXP2
- Перезапустите Claude Desktop и начните общаться на биомедицинские темы!

Установка пакета Python

# Using pip
pip install biomcp-python

# Using uv (recommended for faster installation)
uv pip install biomcp-python

# Run directly without installation
uv run --with biomcp-python biomcp trial search --condition "lung cancer"

Интерфейс командной строки

BioMCP предоставляет комплексный интерфейс командной строки для прямого взаимодействия с базой данных:

# Get help
biomcp --help

# Run the MCP server
biomcp run

# Examples
biomcp article search --gene BRAF --disease Melanoma
biomcp article get 21717063 --full
biomcp trial search --condition "Lung Cancer" --phase PHASE3
biomcp trial get NCT04280705 Protocol
biomcp variant search --gene TP53 --significance pathogenic
biomcp variant get rs113488022

Тестирование и проверка

Проверьте настройку BioMCP с помощью MCP Inspector:

npx @modelcontextprotocol/inspector uv run --with biomcp-python biomcp run

Откроется веб-интерфейс, где вы сможете изучить и протестировать все доступные инструменты.

Корпоративная версия: OncoMCP

OncoMCP расширяет возможности BioMCP с помощью корпоративной платформы GenomOncology для прецизионной онкологии (POP), которая обеспечивает:

Развертывание, соответствующее HIPAA : безопасные локальные варианты
Сопоставление испытаний в реальном времени : актуальный статус и сопоставление на уровне рук
Интеграция в здравоохранении : бесперебойное подключение к электронным медицинским картам и хранилищам данных
Проверенная база знаний : более 15 000 испытаний и одобрений FDA
Сложный подбор пациентов : использование интегрированных клинических и молекулярных профилей
Расширенный NLP : структурированное извлечение из неструктурированного текста
Комплексная обработка биомаркеров : обработка мутаций и правил

Узнайте больше: ГеномОнкология

Реестры MCP

Документация

Подробную документацию можно найти на сайте https://biomcp.org

Примеры BioMCP Репозиторий

Хотите увидеть BioMCP в действии?

Ознакомьтесь с сопутствующим репозиторием: 👉 biomcp-examples

Он содержит реальные подсказки, сгенерированные ИИ исследовательские брифинги и оценочные прогоны по разным моделям. Используйте его для изучения возможностей, сравнения результатов или бенчмаркинга собственной настройки.

У вас есть собственный крутой пример? Мы будем рады, если вы поучаствуете! Просто сделайте форк репозитория и отправьте PR с вашим экспериментом.

Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT.

BioMCP

Integrations