BioMCP: протокол контекста биомедицинской модели

BioMCP — это набор инструментов с открытым исходным кодом (лицензия MIT), который предоставляет помощникам и агентам ИИ специализированные биомедицинские знания. Созданный в соответствии с Model Context Protocol (MCP), он соединяет системы ИИ с авторитетными источниками биомедицинских данных, позволяя им отвечать на вопросы о клинических испытаниях, научной литературе и геномных вариантах с точностью и глубиной.

Почему БиоМЦП?

Хотя у Large Language Models есть широкие общие знания, им часто не хватает специализированной информации по конкретной области или доступа к актуальным ресурсам. BioMCP устраняет этот пробел для биомедицины:

• Предоставление структурированного доступа к клиническим испытаниям, биомедицинской литературе и геномным вариантам

• Возможность отправлять запросы на естественном языке в специализированные базы данных без необходимости знания их специфического синтаксиса

• Поддержка рабочих процессов биомедицинских исследований с помощью единого интерфейса

• Функционирование в качестве MCP-сервера для помощников и агентов на основе искусственного интеллекта

Источники биомедицинских данных

BioMCP интегрируется с тремя ключевыми источниками биомедицинских данных:

• PubTator3/PubMed — Биомедицинская литература с аннотациями сущностей

• ClinicalTrials.gov — Реестр клинических испытаний и база данных результатов

• MyVariant.info — Консолидированная аннотация генетических вариантов из нескольких баз данных

Доступные инструменты MCP

PubMed и PubTator3

• article_searcher : Поиск статей по генам, заболеваниям, вариантам или ключевым словам

• article_details : Получите подробную информацию о статье, включая аннотации и полный текст

ClinicalTrials.gov

• trial_searcher : Расширенный поиск испытаний с фильтрацией по состоянию, вмешательству, фазе и т. д.

• trial_protocol : Подробная информация о протоколе испытания

• trial_locations : Местонахождение испытательных площадок и контактная информация

• trial_outcomes : Результаты и показатели результатов

• trial_references : Связанные публикации

MyVariant.info

• variant_searcher : Поиск генетических вариантов с помощью сложной фильтрации

• variant_details : Подробные аннотации из нескольких источников (CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP и т. д.)

Быстрый старт

Для пользователей Claude Desktop

1. Установите если у вас его нет (рекомендуется):

   # MacOS brew install uv # Windows/Linux pip install uv

2. Настройте рабочий стол Claude :

   • Откройте настройки Claude Desktop

   • Перейдите в раздел «Разработчик»

   • Нажмите «Изменить конфигурацию» и добавьте: GXP2

   • Перезапустите Claude Desktop и начните общаться на биомедицинские темы!

Установка пакета Python

Интерфейс командной строки

BioMCP предоставляет комплексный интерфейс командной строки для прямого взаимодействия с базой данных:

Тестирование и проверка

Проверьте настройку BioMCP с помощью MCP Inspector:

Откроется веб-интерфейс, где вы сможете изучить и протестировать все доступные инструменты.

Корпоративная версия: OncoMCP

OncoMCP расширяет возможности BioMCP с помощью корпоративной платформы GenomOncology для прецизионной онкологии (POP), которая обеспечивает:

• Развертывание, соответствующее HIPAA : безопасные локальные варианты

• Сопоставление испытаний в реальном времени : актуальный статус и сопоставление на уровне рук

• Интеграция в здравоохранении : бесперебойное подключение к электронным медицинским картам и хранилищам данных

• Проверенная база знаний : более 15 000 испытаний и одобрений FDA

• Сложный подбор пациентов : использование интегрированных клинических и молекулярных профилей

• Расширенный NLP : структурированное извлечение из неструктурированного текста

• Комплексная обработка биомаркеров : обработка мутаций и правил

Узнайте больше: ГеномОнкология

Реестры MCP

Документация

Подробную документацию можно найти на сайте https://biomcp.org

Примеры BioMCP Репозиторий

Хотите увидеть BioMCP в действии?

Ознакомьтесь с сопутствующим репозиторием: 👉 biomcp-examples

Он содержит реальные подсказки, сгенерированные ИИ исследовательские брифинги и оценочные прогоны по разным моделям. Используйте его для изучения возможностей, сравнения результатов или бенчмаркинга собственной настройки.

У вас есть собственный крутой пример? Мы будем рады, если вы поучаствуете! Просто сделайте форк репозитория и отправьте PR с вашим экспериментом.

Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT.