BioMCP

BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

BioMCP ist ein Open-Source-Toolkit (MIT-Lizenz), das KI-Assistenten und -Agenten mit spezialisiertem biomedizinischem Wissen ausstattet. Es basiert auf dem Model Context Protocol (MCP) und verbindet KI-Systeme mit maßgeblichen biomedizinischen Datenquellen. So können sie Fragen zu klinischen Studien, wissenschaftlicher Literatur und Genomvarianten präzise und umfassend beantworten.

Warum BioMCP?

Große Sprachmodelle verfügen zwar über ein breites allgemeines Wissen, es fehlt ihnen jedoch oft an spezialisierten, fachspezifischen Informationen oder dem Zugriff auf aktuelle Ressourcen. BioMCP schließt diese Lücke für die Biomedizin durch:

Bereitstellung eines strukturierten Zugangs zu klinischen Studien, biomedizinischer Literatur und genomischen Varianten
Ermöglichung von Abfragen in natürlicher Sprache an spezialisierte Datenbanken, ohne dass Kenntnisse der spezifischen Syntax erforderlich sind
Unterstützung biomedizinischer Forschungsabläufe durch eine einheitliche Schnittstelle
Funktioniert als MCP-Server für KI-Assistenten und -Agenten

Biomedizinische Datenquellen

BioMCP lässt sich in drei wichtige biomedizinische Datenquellen integrieren:

PubTator3/PubMed – Biomedizinische Literatur mit Entitätsanmerkungen
ClinicalTrials.gov – Datenbank für klinische Studienregister und Ergebnisse
MyVariant.info – Konsolidierte genetische Variantenannotation aus mehreren Datenbanken

Verfügbare MCP-Tools

PubMed und PubTator3

article_searcher : Suche nach Artikeln nach Genen, Krankheiten, Varianten oder Schlüsselwörtern
article_details : Erhalten Sie detaillierte Artikelinformationen, einschließlich Abstracts und Volltext

ClinicalTrials.gov

trial_searcher : Erweiterte Studiensuche mit Filterung nach Zustand, Intervention, Phase usw.
trial_protocol : Detaillierte Informationen zum Testprotokoll
trial_locations : Standorte und Kontaktinformationen der Studienzentren
trial_outcomes : Ergebnisse und Ergebnismaße
trial_references : Verwandte Veröffentlichungen

MyVariant.info

variant_searcher : Suche nach genetischen Varianten mit ausgefeilter Filterung
variant_details : Umfassende Anmerkungen aus mehreren Quellen (CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP usw.)

Schnellstart

Für Claude Desktop-Benutzer

Installieren Sie uv , falls Sie es nicht haben (empfohlen):
# MacOS brew install uv # Windows/Linux pip install uv
Konfigurieren Sie Claude Desktop :
- Öffnen Sie die Claude Desktop-Einstellungen
- Navigieren Sie zum Abschnitt „Entwickler“
- Klicken Sie auf „Konfiguration bearbeiten“ und fügen Sie hinzu: GXP2
- Starten Sie Claude Desktop neu und beginnen Sie mit dem Chatten über biomedizinische Themen!

Installation des Python-Pakets

# Using pip
pip install biomcp-python

# Using uv (recommended for faster installation)
uv pip install biomcp-python

# Run directly without installation
uv run --with biomcp-python biomcp trial search --condition "lung cancer"

Befehlszeilenschnittstelle

BioMCP bietet eine umfassende CLI für die direkte Datenbankinteraktion:

# Get help
biomcp --help

# Run the MCP server
biomcp run

# Examples
biomcp article search --gene BRAF --disease Melanoma
biomcp article get 21717063 --full
biomcp trial search --condition "Lung Cancer" --phase PHASE3
biomcp trial get NCT04280705 Protocol
biomcp variant search --gene TP53 --significance pathogenic
biomcp variant get rs113488022

Testen und Verifizieren

Testen Sie Ihr BioMCP-Setup mit dem MCP Inspector:

npx @modelcontextprotocol/inspector uv run --with biomcp-python biomcp run

Dadurch wird eine Weboberfläche geöffnet, in der Sie alle verfügbaren Tools erkunden und testen können.

Enterprise-Version: OncoMCP

OncoMCP erweitert BioMCP mit der unternehmensweiten Präzisions-Onkologie-Plattform (POP) von GenomOncology und bietet:

HIPAA-konforme Bereitstellung : Sichere Vor-Ort-Optionen
Echtzeit-Testabgleich : Aktueller Status und Abgleich auf Armebene
Integration im Gesundheitswesen : Nahtlose EHR- und Data Warehouse-Konnektivität
Kuratierte Wissensdatenbank : Über 15.000 Studien und FDA-Zulassungen
Ausgefeiltes Patienten-Matching : Verwendung integrierter klinischer und molekularer Profile
Erweiterte NLP : Strukturierte Extraktion aus unstrukturiertem Text
Umfassende Biomarker-Verarbeitung : Mutations- und Regelverarbeitung

Mehr erfahren: GenomOncology

MCP-Register

Dokumentation

Eine umfassende Dokumentation finden Sie unter https://biomcp.org

BioMCP-Beispiele-Repo

Möchten Sie BioMCP in Aktion sehen?

Schauen Sie sich das Begleitrepository an: 👉 biomcp-examples

Es enthält reale Eingabeaufforderungen, KI-generierte Forschungsberichte und Evaluierungsläufe für verschiedene Modelle. Nutzen Sie es, um Funktionen zu erkunden, Ergebnisse zu vergleichen oder Ihr eigenes Setup zu benchmarken.

Hast du selbst ein cooles Beispiel? Wir freuen uns über deinen Beitrag! Forke einfach das Repo und sende einen PR mit deinem Experiment.

Lizenz

Dieses Projekt ist unter der MIT-Lizenz lizenziert.

BioMCP

Integrations