BioMCP: 생물의학 모델 컨텍스트 프로토콜

BioMCP는 AI 어시스턴트와 에이전트에게 전문적인 생물의학 지식을 제공하는 오픈 소스(MIT 라이선스) 툴킷입니다. 모델 컨텍스트 프로토콜(MCP)에 따라 구축된 BioMCP는 AI 시스템을 권위 있는 생물의학 데이터 소스에 연결하여 임상 시험, 과학 문헌, 유전체 변이에 대한 질문에 정확하고 심도 있게 답변할 수 있도록 지원합니다.

왜 BioMCP인가?

대규모 언어 모델은 광범위한 일반 지식을 제공하지만, 전문화된 도메인별 정보나 최신 자료에 대한 접근성이 부족한 경우가 많습니다. BioMCP는 다음과 같은 방법으로 생물의학 분야에서 이러한 격차를 해소합니다.

• 임상 시험, 생물 의학 문헌 및 게놈 변이에 대한 체계적인 액세스 제공
• 특정 구문에 대한 지식이 필요 없이 전문 데이터베이스에 대한 자연어 쿼리를 활성화합니다.
• 일관된 인터페이스를 통해 생물의학 연구 워크플로 지원
• AI 어시스턴트 및 에이전트를 위한 MCP 서버 로 기능

생물의학 데이터 소스

BioMCP는 세 가지 주요 생물의학 데이터 소스와 통합됩니다.

• PubTator3/PubMed - 엔티티 주석이 포함된 생물의학 문헌
• ClinicalTrials.gov - 임상 시험 등록 및 결과 데이터베이스
• MyVariant.info - 여러 데이터베이스의 통합 유전자 변이 주석

사용 가능한 MCP 도구

PubMed 및 PubTator3

• article_searcher : 유전자, 질병, 변이 또는 키워드로 기사를 검색합니다.
• article_details : 초록과 전문을 포함한 자세한 기사 정보를 얻으세요

ClinicalTrials.gov

• trial_searcher : 조건, 개입, 단계 등을 기준으로 필터링하여 고급 임상 시험 검색을 제공합니다.
• trial_protocol : 자세한 시험 프로토콜 정보
• trial_locations : 시험장 위치 및 연락처 정보
• trial_outcomes : 결과 및 성과 측정
• trial_references : 관련 출판물

마이바리언트.인포

• variant_searcher : 정교한 필터링을 통해 유전적 변이를 검색합니다.
• variant_details : 여러 소스(CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP 등)의 포괄적인 주석

빠른 시작

Claude 데스크톱 사용자를 위한

1. uv 가 없다면 설치하세요 (권장):지엑스피1
2. Claude Desktop 구성 :
   • Claude Desktop 설정 열기
   • 개발자 섹션으로 이동
   • "구성 편집"을 클릭하고 GXP2를 추가하세요.
   • Claude Desktop을 재시작하고 생물의학 주제에 대한 대화를 시작하세요!

Python 패키지 설치

명령줄 인터페이스

BioMCP는 직접적인 데이터베이스 상호작용을 위한 포괄적인 CLI를 제공합니다.

테스트 및 검증

MCP Inspector로 BioMCP 설정을 테스트하세요.

이렇게 하면 사용 가능한 모든 도구를 탐색하고 테스트할 수 있는 웹 인터페이스가 열립니다.

엔터프라이즈 버전: OncoMCP

OncoMCP는 GenomOncology의 엔터프라이즈급 정밀 종양학 플랫폼(POP)으로 BioMCP를 확장하여 다음을 제공합니다.

• HIPAA 규정 준수 배포 : 안전한 온프레미스 옵션
• 실시간 시험 매칭 : 최신 상태 및 Arm 레벨 매칭
• 의료 통합 : 원활한 EHR 및 데이터웨어하우스 연결
• 큐레이팅된 지식 기반 : 15,000개 이상의 시험 및 FDA 승인
• 정교한 환자 매칭 : 통합된 임상 및 분자 프로필 사용
• 고급 NLP : 비정형 텍스트에서 구조화된 추출
• 종합적인 바이오마커 처리 : 돌연변이 및 규칙 처리

자세히 알아보기: GenomOncology

MCP 레지스트리

선적 서류 비치

자세한 내용은 https://biomcp.org 에서 확인하세요.

특허

이 프로젝트는 MIT 라이선스에 따라 라이선스가 부여되었습니다.