Servidor MCP de ChEMBL
Un servidor integral de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) que proporciona acceso avanzado a la base de datos química de ChEMBL. Este servidor ofrece 22 herramientas especializadas que permiten a los asistentes de IA y clientes MCP realizar investigaciones sofisticadas de descubrimiento de fármacos, análisis químico-informáticos e investigaciones de bioactividad directamente a través de la API REST de ChEMBL.
Desarrollado por
Características
Búsqueda y recuperación de sustancias químicas básicas (5 herramientas)
Búsqueda de compuestos : busque en la base de datos ChEMBL por nombre de compuesto, sinónimo o identificador
Información detallada del compuesto : recupere información completa del compuesto, incluida la estructura, las propiedades y las anotaciones
Búsqueda basada en InChI : encuentre compuestos por clave InChI o cadena InChI
Recuperación de estructuras : obtenga información sobre la estructura química en varios formatos (SMILES, InChI, MOL, SDF)
Búsqueda de similitud : encuentre compuestos químicamente similares utilizando la similitud de Tanimoto
Análisis de objetivos y descubrimiento de fármacos (5 herramientas)
Búsqueda de objetivos : busque objetivos biológicos por nombre o tipo
Información detallada del objetivo : recupera información completa del objetivo y anotaciones
Compuestos objetivo : Pruebe compuestos contra objetivos específicos
Integración con UniProt : Encuentre objetivos de ChEMBL por números de acceso de UniProt
Vías diana : vías y mecanismos biológicos asociados
Datos de bioactividad y ensayos (5 herramientas)
Búsqueda de actividades : busque mediciones de bioactividad y resultados de ensayos
Información detallada del ensayo : obtenga protocolos y condiciones de ensayo completos
Búsqueda por tipo de actividad : encuentre datos de bioactividad por tipo de actividad específico y rango de valores
Análisis dosis-respuesta : obtenga datos de dosis-respuesta y perfiles de actividad
Comparación de actividades : compare datos de bioactividad en múltiples compuestos o objetivos
Desarrollo de fármacos y datos clínicos (4 herramientas)
Búsqueda de medicamentos : busque medicamentos aprobados y candidatos clínicos
Estado del desarrollo del fármaco : obtenga información sobre el estado del desarrollo del fármaco y los ensayos clínicos
Indicaciones terapéuticas : Búsqueda de indicaciones terapéuticas y áreas de enfermedad
Mecanismo de acción : Obtenga datos sobre el mecanismo de acción y la interacción con el objetivo.
Análisis de propiedades químicas (4 herramientas)
Análisis ADMET : Analice las propiedades de ADMET (absorción, distribución, metabolismo, excreción, toxicidad)
Descriptores moleculares : Calcule descriptores moleculares y propiedades fisicoquímicas
Predicción de solubilidad : Predecir las propiedades de solubilidad y permeabilidad acuosas
Evaluación de similitud con fármacos : evalúe la similitud con fármacos utilizando la regla de cinco de Lipinski y otras métricas
Búsqueda avanzada y referencias cruzadas (4 herramientas)
Búsqueda de subestructuras : encuentre compuestos que contengan subestructuras específicas
Procesamiento por lotes : procese múltiples identificaciones de ChEMBL de manera eficiente
Referencias externas : obtenga enlaces a bases de datos externas (PubChem, DrugBank, PDB, etc.)
Búsqueda avanzada : consultas complejas con múltiples filtros químicos y biológicos
Plantillas de recursos
Acceso directo a los datos de ChEMBL a través de plantillas URI para una integración perfecta
Instalación
Prerrequisitos
Node.js (v16 o superior)
npm o hilo
Configuración
Clonar el repositorio:
Instalar dependencias:
Construir el proyecto:
Estibador
Construyendo la imagen de Docker
Construya la imagen de Docker:
Ejecutando con Docker
Ejecute el contenedor:
Para la integración del cliente MCP, puede utilizar el contenedor directamente:
Uso
Como servidor MCP
El servidor está diseñado para ejecutarse como un servidor MCP que se comunica a través de stdio:
Agregar a la configuración del cliente MCP
Agregue el servidor a su configuración de cliente MCP (por ejemplo, Claude Desktop):
Herramientas disponibles
1. búsqueda_compuestos
Busque en la base de datos ChEMBL compuestos por nombre, sinónimo o identificador.
Parámetros:
query
(obligatoria): Consulta de búsqueda (nombre compuesto, sinónimo o identificador)limit
(opcional): Número de resultados a devolver (1-1000, predeterminado: 25)offset
(opcional): Número de resultados a omitir (predeterminado: 0)
Ejemplo:
2. obtener_información_compuesta
Obtenga información detallada de un compuesto específico mediante el ID de ChEMBL.
Parámetros:
chembl_id
(obligatorio): ID del compuesto ChEMBL (p. ej., CHEMBL25)
Ejemplo:
3. objetivos_de_búsqueda
Busque objetivos biológicos por nombre o tipo.
Parámetros:
query
(obligatoria): Nombre del objetivo o consulta de búsquedatarget_type
(opcional): filtro de tipo de objetivo (p. ej., PROTEÍNA ÚNICA, COMPLEJO DE PROTEÍNAS)organism
(opcional): Filtro de organismoslimit
(opcional): Número de resultados a devolver (1-1000, predeterminado: 25)
Ejemplo:
4. actividades_de_búsqueda
Busque mediciones de bioactividad y resultados de ensayos.
Parámetros:
target_chembl_id
(opcional): filtro de ID de objetivo de ChEMBLassay_chembl_id
(opcional): filtro de ID de ensayo de ChEMBLmolecule_chembl_id
(opcional): filtro de ID de compuesto de ChEMBLactivity_type
(opcional): Tipo de actividad (por ejemplo, IC50, Ki, EC50)limit
(opcional): Número de resultados a devolver (1-1000, predeterminado: 25)
Ejemplo:
5. búsqueda_compuesto_por_lote
Procese múltiples identificaciones de ChEMBL de manera eficiente.
Parámetros:
chembl_ids
(obligatorio): Matriz de identificadores de compuestos de ChEMBL (1-50)
Ejemplo:
Plantillas de recursos
El servidor proporciona acceso directo a los datos de ChEMBL a través de plantillas URI:
1. Información compuesta
URI :
chembl://compound/{chembl_id}
Descripción : Información completa del compuesto para una identificación de ChEMBL
Ejemplo :
chembl://compound/CHEMBL25
2. Información del objetivo
URI :
chembl://target/{chembl_id}
Descripción : Información completa del objetivo para un ID de objetivo de ChEMBL
Ejemplo :
chembl://target/CHEMBL2095173
3. Información del ensayo
URI :
chembl://assay/{chembl_id}
Descripción : Información completa del ensayo para un ID de ensayo de ChEMBL
Ejemplo :
chembl://assay/CHEMBL1217643
4. Información de la actividad
URI :
chembl://activity/{activity_id}
Descripción : Datos de medición de bioactividad para un ID de actividad
Ejemplo :
chembl://activity/12345678
5. Resultados de la búsqueda
URI :
chembl://search/{query}
Descripción : Resultados de búsqueda de compuestos que coinciden con la consulta
Ejemplo :
chembl://search/aspirin
Ejemplos
Búsqueda básica de compuestos
Búsqueda de compuestos relacionados con la aspirina:
Obtenga información detallada sobre los compuestos
Obtenga información completa sobre la aspirina:
Búsqueda basada en objetivos
Encuentre compuestos probados contra los receptores de dopamina:
Análisis de bioactividad
Búsqueda de datos IC50 contra un objetivo específico:
Procesamiento por lotes
Procesar múltiples compuestos de manera eficiente:
Integración de API
Este servidor se integra con la API REST de ChEMBL para el acceso programático a datos químicos. Para más información sobre ChEMBL:
Sitio web de ChEMBL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/
Documentación de la API : https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
Guía de la API REST : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs
Todas las solicitudes de API incluyen:
Agente de usuario :
ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
Tiempo de espera : 30 segundos
URL base :
https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data
Manejo de errores
El servidor incluye un manejo integral de errores:
Validación de entrada : todos los parámetros se validan mediante protectores de tipo
Errores de API : los errores de red y API se detectan y se devuelven con mensajes descriptivos.
Manejo de tiempo de espera : las solicitudes se agotan después de 30 segundos
Degradación elegante : las fallas parciales se manejan adecuadamente
Desarrollo
Construir el proyecto
Modo de desarrollo
Ejecute el compilador de TypeScript en modo de observación:
Estructura del proyecto
Dependencias
@modelcontextprotocol/sdk : SDK principal de MCP para la implementación del servidor
axios : cliente HTTP para solicitudes de API de ChEMBL
typescript : compilador de TypeScript para desarrollo
Licencia
Licencia MIT
Contribuyendo
Bifurcar el repositorio
Crear una rama de características
Realiza tus cambios
Agregue pruebas si corresponde
Enviar una solicitud de extracción
Apoyo
Para problemas y preguntas:
Consulte la documentación de la API de ChEMBL
Revise la especificación del Protocolo de Contexto del Modelo
Abrir un problema en el repositorio
Acerca de la naturaleza aumentada
Este completo servidor ChEMBL MCP fue desarrollado por Augmented Nature , empresa líder en innovación en soluciones de bioinformática y química computacional basadas en IA. Augmented Nature se especializa en la creación de herramientas avanzadas que conectan la inteligencia artificial con la investigación química, permitiendo a los investigadores obtener información más profunda a partir de datos químicos y biológicos.
Referencia completa de herramientas
Herramientas básicas de búsqueda y recuperación de sustancias químicas
search_compounds
- Busque en la base de datos ChEMBL por nombre, sinónimo o identificadorget_compound_info
- Obtenga información detallada del compuesto por ID de ChEMBLsearch_by_inchi
- Buscar compuestos por clave InChI o cadena InChIget_compound_structure
- Recupera estructuras químicas en varios formatossearch_similar_compounds
- Encuentra compuestos químicamente similares usando la similitud de Tanimoto
Herramientas de análisis de objetivos y descubrimiento de fármacos
search_targets
- Busca objetivos biológicos por nombre o tipoget_target_info
- Obtenga información detallada del objetivo por ID de objetivo de ChEMBLget_target_compounds
: permite probar compuestos contra objetivos específicossearch_by_uniprot
- Encuentra objetivos de ChEMBL por acceso a UniProtget_target_pathways
- Obtener vías biológicas asociadas con los objetivos
Herramientas de datos de bioactividad y análisis
search_activities
- Buscar mediciones de bioactividad y resultados de ensayosget_assay_info
: Obtenga información detallada del ensayo por ID de ensayo de ChEMBLsearch_by_activity_type
- Encuentre datos de bioactividad por tipo de actividad y rango de valoresget_dose_response
- Obtener datos de dosis-respuesta y perfiles de actividadcompare_activities
: compara datos de bioactividad entre múltiples compuestos
Herramientas para el desarrollo de fármacos y datos clínicos
search_drugs
- Búsqueda de medicamentos aprobados y candidatos clínicosget_drug_info
- Obtenga información sobre el estado del desarrollo de medicamentos y ensayos clínicossearch_drug_indications
- Búsqueda de indicaciones terapéuticas y áreas de enfermedadget_mechanism_of_action
- Obtener el mecanismo de acción y los datos de interacción del objetivo
Herramientas de análisis de propiedades químicas
analyze_admet_properties
: Analizar propiedades ADMETcalculate_descriptors
- Calcula descriptores moleculares y propiedades fisicoquímicaspredict_solubility
- Predice las propiedades de solubilidad y permeabilidad acuosasassess_drug_likeness
: evalúa la similitud con un fármaco utilizando la regla de cinco de Lipinski
Herramientas de búsqueda avanzada y referencias cruzadas
substructure_search
- Encuentra compuestos que contengan subestructuras específicasbatch_compound_lookup
- Procesar múltiples identificaciones de ChEMBL de manera eficienteget_external_references
- Obtener enlaces a bases de datos externasadvanced_search
- Consultas complejas con múltiples filtros químicos y biológicos
Registro de cambios
v1.0.0 - Versión inicial
Inteligencia química integral : 27 herramientas especializadas para el descubrimiento de fármacos
Funcionalidad principal : Búsqueda de compuestos, análisis de objetivos, datos de bioactividad
Funciones avanzadas : búsqueda de similitud, procesamiento por lotes, referencias cruzadas
Plantillas de recursos : acceso directo basado en URI a los datos de ChEMBL
Compatibilidad con Docker : Implementación en contenedores con las mejores prácticas de seguridad
Documentación profesional : referencia completa de herramientas y ejemplos
Desarrollado por Augmented Nature : Plataforma profesional de informática química
remote-capable server
The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.
Tools
Servidor MCP de ChEMBL
- Características
- Búsqueda y recuperación de sustancias químicas básicas (5 herramientas)
- Análisis de objetivos y descubrimiento de fármacos (5 herramientas)
- Datos de bioactividad y ensayos (5 herramientas)
- Desarrollo de fármacos y datos clínicos (4 herramientas)
- Análisis de propiedades químicas (4 herramientas)
- Búsqueda avanzada y referencias cruzadas (4 herramientas)
- Plantillas de recursos
- Instalación
- Estibador
- Uso
- Herramientas disponibles
- Plantillas de recursos
- Ejemplos
- Integración de API
- Manejo de errores
- Desarrollo
- Dependencias
- Licencia
- Contribuyendo
- Apoyo
- Acerca de la naturaleza aumentada
- Referencia completa de herramientas
- Herramientas básicas de búsqueda y recuperación de sustancias químicas
- Herramientas de análisis de objetivos y descubrimiento de fármacos
- Herramientas de datos de bioactividad y análisis
- Herramientas para el desarrollo de fármacos y datos clínicos
- Herramientas de análisis de propiedades químicas
- Herramientas de búsqueda avanzada y referencias cruzadas
- Registro de cambios
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