Servidor MCP de ChEMBL

Un servidor integral de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) que proporciona acceso avanzado a la base de datos química de ChEMBL. Este servidor ofrece 22 herramientas especializadas que permiten a los asistentes de IA y clientes MCP realizar investigaciones sofisticadas de descubrimiento de fármacos, análisis químico-informáticos e investigaciones de bioactividad directamente a través de la API REST de ChEMBL.

Desarrollado por Augmented Nature

Características

Búsqueda y recuperación de sustancias químicas básicas (5 herramientas)

Búsqueda de compuestos : busque en la base de datos ChEMBL por nombre de compuesto, sinónimo o identificador
Información detallada del compuesto : recupere información completa del compuesto, incluida la estructura, las propiedades y las anotaciones
Búsqueda basada en InChI : encuentre compuestos por clave InChI o cadena InChI
Recuperación de estructuras : obtenga información sobre la estructura química en varios formatos (SMILES, InChI, MOL, SDF)
Búsqueda de similitud : encuentre compuestos químicamente similares utilizando la similitud de Tanimoto

Análisis de objetivos y descubrimiento de fármacos (5 herramientas)

Búsqueda de objetivos : busque objetivos biológicos por nombre o tipo
Información detallada del objetivo : recupera información completa del objetivo y anotaciones
Compuestos objetivo : Pruebe compuestos contra objetivos específicos
Integración con UniProt : Encuentre objetivos de ChEMBL por números de acceso de UniProt
Vías diana : vías y mecanismos biológicos asociados

Datos de bioactividad y ensayos (5 herramientas)

Búsqueda de actividades : busque mediciones de bioactividad y resultados de ensayos
Información detallada del ensayo : obtenga protocolos y condiciones de ensayo completos
Búsqueda por tipo de actividad : encuentre datos de bioactividad por tipo de actividad específico y rango de valores
Análisis dosis-respuesta : obtenga datos de dosis-respuesta y perfiles de actividad
Comparación de actividades : compare datos de bioactividad en múltiples compuestos o objetivos

Desarrollo de fármacos y datos clínicos (4 herramientas)

Búsqueda de medicamentos : busque medicamentos aprobados y candidatos clínicos
Estado del desarrollo del fármaco : obtenga información sobre el estado del desarrollo del fármaco y los ensayos clínicos
Indicaciones terapéuticas : Búsqueda de indicaciones terapéuticas y áreas de enfermedad
Mecanismo de acción : Obtenga datos sobre el mecanismo de acción y la interacción con el objetivo.

Análisis de propiedades químicas (4 herramientas)

Análisis ADMET : Analice las propiedades de ADMET (absorción, distribución, metabolismo, excreción, toxicidad)
Descriptores moleculares : Calcule descriptores moleculares y propiedades fisicoquímicas
Predicción de solubilidad : Predecir las propiedades de solubilidad y permeabilidad acuosas
Evaluación de similitud con fármacos : evalúe la similitud con fármacos utilizando la regla de cinco de Lipinski y otras métricas

Búsqueda avanzada y referencias cruzadas (4 herramientas)

Búsqueda de subestructuras : encuentre compuestos que contengan subestructuras específicas
Procesamiento por lotes : procese múltiples identificaciones de ChEMBL de manera eficiente
Referencias externas : obtenga enlaces a bases de datos externas (PubChem, DrugBank, PDB, etc.)
Búsqueda avanzada : consultas complejas con múltiples filtros químicos y biológicos

Plantillas de recursos

Acceso directo a los datos de ChEMBL a través de plantillas URI para una integración perfecta

Instalación

Prerrequisitos

Node.js (v16 o superior)
npm o hilo

Configuración

Clonar el repositorio:

git clone <repository-url>
cd chembl-server

Instalar dependencias:

npm install

Construir el proyecto:

npm run build

Estibador

Construyendo la imagen de Docker

Construya la imagen de Docker:

docker build -t chembl-mcp-server .

Ejecutando con Docker

Ejecute el contenedor:

docker run -i chembl-mcp-server

Para la integración del cliente MCP, puede utilizar el contenedor directamente:

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "chembl-mcp-server"],
      "env": {}
    }
  }
}

Uso

Como servidor MCP

El servidor está diseñado para ejecutarse como un servidor MCP que se comunica a través de stdio:

npm start

Agregar a la configuración del cliente MCP

Agregue el servidor a su configuración de cliente MCP (por ejemplo, Claude Desktop):

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/chembl-server/build/index.js"],
      "env": {}
    }
  }
}

Herramientas disponibles

1. búsqueda_compuestos

Busque en la base de datos ChEMBL compuestos por nombre, sinónimo o identificador.

Parámetros:

query (obligatoria): Consulta de búsqueda (nombre compuesto, sinónimo o identificador)
limit (opcional): Número de resultados a devolver (1-1000, predeterminado: 25)
offset (opcional): Número de resultados a omitir (predeterminado: 0)

Ejemplo:

{
  "query": "aspirin",
  "limit": 10
}

2. obtener_información_compuesta

Obtenga información detallada de un compuesto específico mediante el ID de ChEMBL.

Parámetros:

chembl_id (obligatorio): ID del compuesto ChEMBL (p. ej., CHEMBL25)

Ejemplo:

{
  "chembl_id": "CHEMBL25"
}

3. objetivos_de_búsqueda

Busque objetivos biológicos por nombre o tipo.

Parámetros:

query (obligatoria): Nombre del objetivo o consulta de búsqueda
target_type (opcional): filtro de tipo de objetivo (p. ej., PROTEÍNA ÚNICA, COMPLEJO DE PROTEÍNAS)
organism (opcional): Filtro de organismos
limit (opcional): Número de resultados a devolver (1-1000, predeterminado: 25)

Ejemplo:

{
  "query": "dopamine receptor",
  "organism": "Homo sapiens",
  "limit": 5
}

4. actividades_de_búsqueda

Busque mediciones de bioactividad y resultados de ensayos.

Parámetros:

target_chembl_id (opcional): filtro de ID de objetivo de ChEMBL
assay_chembl_id (opcional): filtro de ID de ensayo de ChEMBL
molecule_chembl_id (opcional): filtro de ID de compuesto de ChEMBL
activity_type (opcional): Tipo de actividad (por ejemplo, IC50, Ki, EC50)
limit (opcional): Número de resultados a devolver (1-1000, predeterminado: 25)

Ejemplo:

{
  "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
  "activity_type": "IC50",
  "limit": 50
}

5. búsqueda_compuesto_por_lote

Procese múltiples identificaciones de ChEMBL de manera eficiente.

Parámetros:

chembl_ids (obligatorio): Matriz de identificadores de compuestos de ChEMBL (1-50)

Ejemplo:

{
  "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642"]
}

Plantillas de recursos

El servidor proporciona acceso directo a los datos de ChEMBL a través de plantillas URI:

1. Información compuesta

URI : chembl://compound/{chembl_id}
Descripción : Información completa del compuesto para una identificación de ChEMBL
Ejemplo : chembl://compound/CHEMBL25

2. Información del objetivo

URI : chembl://target/{chembl_id}
Descripción : Información completa del objetivo para un ID de objetivo de ChEMBL
Ejemplo : chembl://target/CHEMBL2095173

3. Información del ensayo

URI : chembl://assay/{chembl_id}
Descripción : Información completa del ensayo para un ID de ensayo de ChEMBL
Ejemplo : chembl://assay/CHEMBL1217643

4. Información de la actividad

URI : chembl://activity/{activity_id}
Descripción : Datos de medición de bioactividad para un ID de actividad
Ejemplo : chembl://activity/12345678

5. Resultados de la búsqueda

URI : chembl://search/{query}
Descripción : Resultados de búsqueda de compuestos que coinciden con la consulta
Ejemplo : chembl://search/aspirin

Ejemplos

Búsqueda básica de compuestos

Búsqueda de compuestos relacionados con la aspirina:

// Tool call
{
  "tool": "search_compounds",
  "arguments": {
    "query": "aspirin",
    "limit": 5
  }
}

Obtenga información detallada sobre los compuestos

Obtenga información completa sobre la aspirina:

// Tool call
{
  "tool": "get_compound_info",
  "arguments": {
    "chembl_id": "CHEMBL25"
  }
}

Búsqueda basada en objetivos

Encuentre compuestos probados contra los receptores de dopamina:

// Tool call
{
  "tool": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "dopamine receptor D2",
    "organism": "Homo sapiens"
  }
}

Análisis de bioactividad

Búsqueda de datos IC50 contra un objetivo específico:

// Tool call
{
  "tool": "search_activities",
  "arguments": {
    "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
    "activity_type": "IC50",
    "limit": 100
  }
}

Procesamiento por lotes

Procesar múltiples compuestos de manera eficiente:

// Tool call
{
  "tool": "batch_compound_lookup",
  "arguments": {
    "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642", "CHEMBL1201585"]
  }
}

Integración de API

Este servidor se integra con la API REST de ChEMBL para el acceso programático a datos químicos. Para más información sobre ChEMBL:

Sitio web de ChEMBL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/
Documentación de la API : https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
Guía de la API REST : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs

Todas las solicitudes de API incluyen:

Agente de usuario : ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
Tiempo de espera : 30 segundos
URL base : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

Manejo de errores

El servidor incluye un manejo integral de errores:

Validación de entrada : todos los parámetros se validan mediante protectores de tipo
Errores de API : los errores de red y API se detectan y se devuelven con mensajes descriptivos.
Manejo de tiempo de espera : las solicitudes se agotan después de 30 segundos
Degradación elegante : las fallas parciales se manejan adecuadamente

Desarrollo

Construir el proyecto

npm run build

Modo de desarrollo

Ejecute el compilador de TypeScript en modo de observación:

npm run dev

Estructura del proyecto

chembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript output
├── package.json          # Node.js dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

Dependencias

@modelcontextprotocol/sdk : SDK principal de MCP para la implementación del servidor
axios : cliente HTTP para solicitudes de API de ChEMBL
typescript : compilador de TypeScript para desarrollo

Licencia

Licencia MIT

Contribuyendo

Bifurcar el repositorio
Crear una rama de características
Realiza tus cambios
Agregue pruebas si corresponde
Enviar una solicitud de extracción

Apoyo

Para problemas y preguntas:

Consulte la documentación de la API de ChEMBL
Revise la especificación del Protocolo de Contexto del Modelo
Abrir un problema en el repositorio

Acerca de la naturaleza aumentada

Este completo servidor ChEMBL MCP fue desarrollado por Augmented Nature , empresa líder en innovación en soluciones de bioinformática y química computacional basadas en IA. Augmented Nature se especializa en la creación de herramientas avanzadas que conectan la inteligencia artificial con la investigación química, permitiendo a los investigadores obtener información más profunda a partir de datos químicos y biológicos.

Referencia completa de herramientas

Herramientas básicas de búsqueda y recuperación de sustancias químicas

search_compounds - Busque en la base de datos ChEMBL por nombre, sinónimo o identificador
get_compound_info - Obtenga información detallada del compuesto por ID de ChEMBL
search_by_inchi - Buscar compuestos por clave InChI o cadena InChI
get_compound_structure - Recupera estructuras químicas en varios formatos
search_similar_compounds - Encuentra compuestos químicamente similares usando la similitud de Tanimoto

Herramientas de análisis de objetivos y descubrimiento de fármacos

search_targets - Busca objetivos biológicos por nombre o tipo
get_target_info - Obtenga información detallada del objetivo por ID de objetivo de ChEMBL
get_target_compounds : permite probar compuestos contra objetivos específicos
search_by_uniprot - Encuentra objetivos de ChEMBL por acceso a UniProt
get_target_pathways - Obtener vías biológicas asociadas con los objetivos

Herramientas de datos de bioactividad y análisis

search_activities - Buscar mediciones de bioactividad y resultados de ensayos
get_assay_info : Obtenga información detallada del ensayo por ID de ensayo de ChEMBL
search_by_activity_type - Encuentre datos de bioactividad por tipo de actividad y rango de valores
get_dose_response - Obtener datos de dosis-respuesta y perfiles de actividad
compare_activities : compara datos de bioactividad entre múltiples compuestos

Herramientas para el desarrollo de fármacos y datos clínicos

search_drugs - Búsqueda de medicamentos aprobados y candidatos clínicos
get_drug_info - Obtenga información sobre el estado del desarrollo de medicamentos y ensayos clínicos
search_drug_indications - Búsqueda de indicaciones terapéuticas y áreas de enfermedad
get_mechanism_of_action - Obtener el mecanismo de acción y los datos de interacción del objetivo

Herramientas de análisis de propiedades químicas

analyze_admet_properties : Analizar propiedades ADMET
calculate_descriptors - Calcula descriptores moleculares y propiedades fisicoquímicas
predict_solubility - Predice las propiedades de solubilidad y permeabilidad acuosas
assess_drug_likeness : evalúa la similitud con un fármaco utilizando la regla de cinco de Lipinski

Herramientas de búsqueda avanzada y referencias cruzadas

substructure_search - Encuentra compuestos que contengan subestructuras específicas
batch_compound_lookup - Procesar múltiples identificaciones de ChEMBL de manera eficiente
get_external_references - Obtener enlaces a bases de datos externas
advanced_search - Consultas complejas con múltiples filtros químicos y biológicos

Registro de cambios

v1.0.0 - Versión inicial

Inteligencia química integral : 27 herramientas especializadas para el descubrimiento de fármacos
Funcionalidad principal : Búsqueda de compuestos, análisis de objetivos, datos de bioactividad
Funciones avanzadas : búsqueda de similitud, procesamiento por lotes, referencias cruzadas
Plantillas de recursos : acceso directo basado en URI a los datos de ChEMBL
Compatibilidad con Docker : Implementación en contenedores con las mejores prácticas de seguridad
Documentación profesional : referencia completa de herramientas y ejemplos
Desarrollado por Augmented Nature : Plataforma profesional de informática química

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security - not tested

license - permissive license

quality - not tested

Servidor MCP de ChEMBL

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