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ChEMBL MCP Server

by Augmented-Nature
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ChEMBL MCP 서버 로고

ChEMBL MCP 서버

ChEMBL 화학 데이터베이스에 대한 고급 액세스를 제공하는 포괄적인 모델 컨텍스트 프로토콜(MCP) 서버입니다. 이 서버는 AI 어시스턴트와 MCP 클라이언트가 ChEMBL의 REST API를 통해 정교한 약물 발견 연구, 화학 정보 분석 및 생물 활성 조사를 직접 수행할 수 있도록 지원하는 22가지 전문 도구를 제공합니다.

Augmented Nature 에서 개발

특징

핵심 화학 물질 검색 및 검색(5개 도구)

  • 화합물 검색 : 화합물 이름, 동의어 또는 식별자로 ChEMBL 데이터베이스를 검색합니다.
  • 자세한 화합물 정보 : 구조, 속성 및 주석을 포함한 포괄적인 화합물 정보를 검색합니다.
  • InChI 기반 검색 : InChI 키 또는 InChI 문자열로 화합물 찾기
  • 구조 검색 : 다양한 형식(SMILES, InChI, MOL, SDF)으로 화학 구조 정보를 얻습니다.
  • 유사성 검색 : 타니모토 유사성을 사용하여 화학적으로 유사한 화합물을 찾습니다.

타겟 분석 및 약물 발견(5가지 도구)

  • 타겟 검색 : 이름이나 유형으로 생물학적 타겟을 검색합니다.
  • 자세한 대상 정보 : 포괄적인 대상 정보 및 주석을 검색합니다.
  • 대상 화합물 : 특정 대상에 대해 화합물을 테스트합니다.
  • UniProt 통합 : UniProt 접근 번호로 ChEMBL 타겟 찾기
  • 목표 경로 : 관련 생물학적 경로 및 메커니즘

생물학적 활성 및 분석 데이터(5개 도구)

  • 활동 검색 : 생물 활성 측정 및 분석 결과 검색
  • 자세한 분석 정보 : 포괄적인 분석 프로토콜 및 조건을 얻으세요
  • 활동 유형 검색 : 특정 활동 유형 및 값 범위별로 생물학적 활동 데이터를 찾습니다.
  • 용량-반응 분석 : 용량-반응 데이터 및 활동 프로필을 얻으세요
  • 활동 비교 : 여러 화합물 또는 표적에 대한 생물학적 활동 데이터를 비교합니다.

약물 개발 및 임상 데이터(4개 도구)

  • 약물 검색 : 승인된 약물 및 임상 후보 물질 검색
  • 약물 개발 현황 : 약물 개발 현황 및 임상 시험 정보를 얻으세요
  • 치료 지표 : 치료 지표 및 질병 영역 검색
  • 작용 기전 : 작용 기전 및 표적 상호작용 데이터 확보

화학적 특성 분석(4가지 도구)

  • ADMET 분석 : ADMET 특성(흡수, 분포, 대사, 배설, 독성) 분석
  • 분자 설명자 : 분자 설명자 및 물리화학적 특성 계산
  • 용해도 예측 : 수용해도 및 투과도 특성 예측
  • 약물 유사성 평가 : 리핀스키 5법칙 및 기타 지표를 사용하여 약물 유사성을 평가합니다.

고급 검색 및 교차 참조(4개 도구)

  • 하부 구조 검색 : 특정 하부 구조를 포함하는 화합물 찾기
  • 일괄 처리 : 여러 ChEMBL ID를 효율적으로 처리
  • 외부 참조 : 외부 데이터베이스(PubChem, DrugBank, PDB 등)에 대한 링크를 가져옵니다.
  • 고급 검색 : 여러 화학 및 생물학적 필터가 포함된 복잡한 쿼리

리소스 템플릿

  • 원활한 통합을 위한 URI 템플릿을 통한 ChEMBL 데이터에 직접 액세스

설치

필수 조건

  • Node.js(v16 이상)
  • npm 또는 yarn

설정

  1. 저장소를 복제합니다.

지엑스피1

  1. 종속성 설치:
npm install
  1. 프로젝트를 빌드하세요:
npm run build

도커

Docker 이미지 빌드

Docker 이미지를 빌드합니다.

docker build -t chembl-mcp-server .

Docker로 실행

컨테이너를 실행합니다.

docker run -i chembl-mcp-server

MCP 클라이언트 통합의 경우 컨테이너를 직접 사용할 수 있습니다.

{ "mcpServers": { "chembl": { "command": "docker", "args": ["run", "-i", "chembl-mcp-server"], "env": {} } } }

용법

MCP 서버로서

서버는 stdio를 통해 통신하는 MCP 서버로 실행되도록 설계되었습니다.

npm start

MCP 클라이언트 구성에 추가

MCP 클라이언트 구성에 서버를 추가합니다(예: Claude Desktop):

{ "mcpServers": { "chembl": { "command": "node", "args": ["/path/to/chembl-server/build/index.js"], "env": {} } } }

사용 가능한 도구

1. 검색_화합물

이름, 동의어 또는 식별자를 기준으로 ChEMBL 데이터베이스에서 화합물을 검색합니다.

매개변수:

  • query (필수): 검색 쿼리(화합물 이름, 동의어 또는 식별자)
  • limit (선택 사항): 반환할 결과 수(1-1000, 기본값: 25)
  • offset (선택 사항): 건너뛸 결과 수(기본값: 0)

예:

{ "query": "aspirin", "limit": 10 }

2. get_compound_info

ChEMBL ID로 특정 화합물에 대한 자세한 정보를 얻으세요.

매개변수:

  • chembl_id (필수): ChEMBL 화합물 ID(예: CHEMBL25)

예:

{ "chembl_id": "CHEMBL25" }

3. 검색 대상

이름이나 유형으로 생물학적 표적을 검색하세요.

매개변수:

  • query (필수): 대상 이름 또는 검색어
  • target_type (선택 사항): 대상 유형 필터(예: 단일 단백질, 단백질 복합체)
  • organism (선택 사항): 생물체 필터
  • limit (선택 사항): 반환할 결과 수(1-1000, 기본값: 25)

예:

{ "query": "dopamine receptor", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5 }

4. 검색 활동

생물학적 활성 측정 및 분석 결과를 검색합니다.

매개변수:

  • target_chembl_id (선택 사항): ChEMBL 대상 ID 필터
  • assay_chembl_id (선택 사항): ChEMBL 분석 ID 필터
  • molecule_chembl_id (선택 사항): ChEMBL 화합물 ID 필터
  • activity_type (선택 사항): 활동 유형(예: IC50, Ki, EC50)
  • limit (선택 사항): 반환할 결과 수(1-1000, 기본값: 25)

예:

{ "target_chembl_id": "CHEMBL2095173", "activity_type": "IC50", "limit": 50 }

5. 배치_화합물_조회

여러 개의 ChEMBL ID를 효율적으로 처리합니다.

매개변수:

  • chembl_ids (필수): ChEMBL 화합물 ID 배열(1-50)

예:

{ "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642"] }

리소스 템플릿

서버는 URI 템플릿을 통해 ChEMBL 데이터에 직접 액세스할 수 있도록 합니다.

1. 복합 정보

  • URI : chembl://compound/{chembl_id}
  • 설명 : ChEMBL ID에 대한 완전한 화합물 정보
  • 예 : chembl://compound/CHEMBL25

2. 대상 정보

  • URI : chembl://target/{chembl_id}
  • 설명 : ChEMBL 타겟 ID에 대한 완전한 타겟 정보
  • 예 : chembl://target/CHEMBL2095173

3. 분석 정보

  • URI : chembl://assay/{chembl_id}
  • 설명 : ChEMBL 분석 ID에 대한 완전한 분석 정보
  • 예 : chembl://assay/CHEMBL1217643

4. 활동 정보

  • URI : chembl://activity/{activity_id}
  • 설명 : 활동 ID에 대한 생물학적 활동 측정 데이터
  • 예 : chembl://activity/12345678

5. 검색 결과

  • URI : chembl://search/{query}
  • 설명 : 쿼리와 일치하는 화합물에 대한 검색 결과
  • 예 : chembl://search/aspirin

예시

기본 화합물 검색

아스피린 관련 화합물 검색:

// Tool call { "tool": "search_compounds", "arguments": { "query": "aspirin", "limit": 5 } }

자세한 화합물 정보 얻기

아스피린에 대한 포괄적인 정보를 검색하세요:

// Tool call { "tool": "get_compound_info", "arguments": { "chembl_id": "CHEMBL25" } }

타겟 기반 검색

도파민 수용체에 대해 테스트된 화합물을 찾아보세요:

// Tool call { "tool": "search_targets", "arguments": { "query": "dopamine receptor D2", "organism": "Homo sapiens" } }

생물학적 활성 분석

특정 대상에 대한 IC50 데이터 검색:

// Tool call { "tool": "search_activities", "arguments": { "target_chembl_id": "CHEMBL2095173", "activity_type": "IC50", "limit": 100 } }

일괄 처리

다양한 화합물을 효율적으로 처리합니다.

// Tool call { "tool": "batch_compound_lookup", "arguments": { "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642", "CHEMBL1201585"] } }

API 통합

이 서버는 화학 데이터에 프로그래밍 방식으로 액세스할 수 있도록 ChEMBL REST API와 통합됩니다. ChEMBL에 대한 자세한 내용은 다음을 참조하세요.

모든 API 요청에는 다음이 포함됩니다.

  • 사용자 에이전트 : ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
  • 제한시간 : 30초
  • 기본 URL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

오류 처리

서버에는 포괄적인 오류 처리 기능이 포함되어 있습니다.

  • 입력 검증 : 모든 매개변수는 유형 가드를 사용하여 검증됩니다.
  • API 오류 : 네트워크 및 API 오류가 발견되어 설명 메시지와 함께 반환됩니다.
  • 시간 초과 처리 : 요청은 30초 후에 시간 초과됩니다.
  • 우아한 저하 : 부분적 실패가 적절하게 처리됩니다.

개발

프로젝트 빌드

npm run build

개발 모드

감시 모드에서 TypeScript 컴파일러를 실행합니다.

npm run dev

프로젝트 구조

chembl-server/ ├── src/ │ └── index.ts # Main server implementation ├── build/ # Compiled JavaScript output ├── package.json # Node.js dependencies and scripts ├── tsconfig.json # TypeScript configuration └── README.md # This file

종속성

  • @modelcontextprotocol/sdk : 서버 구현을 위한 Core MCP SDK
  • axios : ChEMBL API 요청을 위한 HTTP 클라이언트
  • typescript : 개발용 TypeScript 컴파일러

특허

MIT 라이센스

기여하다

  1. 저장소를 포크하세요
  2. 기능 브랜치 생성
  3. 변경 사항을 만드세요
  4. 해당되는 경우 테스트를 추가하세요
  5. 풀 리퀘스트 제출

지원하다

문제 및 문의사항:

  1. ChEMBL API 문서를 확인하세요
  2. 모델 컨텍스트 프로토콜 사양을 검토하세요
  3. 저장소에서 이슈를 엽니다

증강 자연에 대하여

이 포괄적인 ChEMBL MCP 서버는 AI 기반 생물정보학 및 계산화학 솔루션 분야의 선도적인 혁신 기업인 Augmented Nature 에서 개발했습니다. Augmented Nature는 인공지능과 화학 연구 간의 격차를 메우는 고급 도구 개발에 특화되어 있으며, 이를 통해 연구자들은 화학 및 생물학 데이터에서 더욱 심층적인 통찰력을 얻을 수 있습니다.

완전한 도구 참조

핵심 화학 검색 및 검색 도구

  1. search_compounds - 이름, 동의어 또는 식별자로 ChEMBL 데이터베이스 검색
  2. get_compound_info - ChEMBL ID로 자세한 화합물 정보를 가져옵니다.
  3. search_by_inchi - InChI 키 또는 InChI 문자열로 화합물 찾기
  4. get_compound_structure - 다양한 형식으로 화학 구조를 검색합니다.
  5. search_similar_compounds - Tanimoto 유사도를 사용하여 화학적으로 유사한 화합물 찾기

타겟 분석 및 약물 발견 도구

  1. search_targets - 이름이나 유형으로 생물학적 표적 검색
  2. get_target_info - ChEMBL 대상 ID로 자세한 대상 정보를 가져옵니다.
  3. get_target_compounds - 특정 타겟에 대해 테스트된 화합물 가져오기
  4. search_by_uniprot - UniProt 접근으로 ChEMBL 타겟 찾기
  5. get_target_pathways - 타겟과 관련된 생물학적 경로를 가져옵니다.

생물학적 활성 및 분석 데이터 도구

  1. search_activities - 생물학적 활성 측정 및 분석 결과 검색
  2. get_assay_info - ChEMBL 분석 ID로 자세한 분석 정보 가져오기
  3. search_by_activity_type - 활동 유형 및 값 범위별로 생물학적 활동 데이터를 찾습니다.
  4. get_dose_response - 용량-반응 데이터 및 활동 프로필 가져오기
  5. compare_activities - 여러 화합물의 생물학적 활성 데이터를 비교합니다.

약물 개발 및 임상 데이터 도구

  1. search_drugs - 승인된 약물 및 임상 후보 물질 검색
  2. get_drug_info - 약물 개발 현황 및 임상 시험 정보 받기
  3. search_drug_indications - 치료 지표 및 질병 영역 검색
  4. get_mechanism_of_action - 작용 메커니즘 및 대상 상호작용 데이터 가져오기

화학적 특성 분석 도구

  1. analyze_admet_properties - ADMET 속성 분석
  2. calculate_descriptors - 분자 설명자 및 물리화학적 특성 계산
  3. predict_solubility - 수용성 용해도 및 투과성 특성 예측
  4. assess_drug_likeness - Lipinski Rule of Five를 사용하여 약물 유사성 평가

고급 검색 및 교차 참조 도구

  1. substructure_search - 특정 하위 구조를 포함하는 화합물 찾기
  2. batch_compound_lookup - 여러 ChEMBL ID를 효율적으로 처리합니다.
  3. get_external_references - 외부 데이터베이스에 대한 링크 가져오기
  4. advanced_search - 여러 화학 및 생물학적 필터가 포함된 복잡한 쿼리

변경 사항

v1.0.0 - 최초 릴리스

  • 종합 화학 정보 : 약물 발견을 위한 27가지 전문 도구
  • 핵심 기능 : 화합물 검색, 타겟 분석, 생물학적 활성 데이터
  • 고급 기능 : 유사 검색, 일괄 처리, 교차 참조
  • 리소스 템플릿 : ChEMBL 데이터에 대한 직접 URI 기반 액세스
  • Docker 지원 : 보안 모범 사례를 적용한 컨테이너화된 배포
  • 전문 문서 : 완전한 도구 참조 및 예시
  • Augmented Nature에서 개발 : 전문 화학 정보 플랫폼
Install Server
A
security – no known vulnerabilities
A
license - permissive license
A
quality - confirmed to work

How are these scores calculated?

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

Tools

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ChEMBL MCP 서버

  1. 특징
    1. 핵심 화학 물질 검색 및 검색(5개 도구)
    2. 타겟 분석 및 약물 발견(5가지 도구)
    3. 생물학적 활성 및 분석 데이터(5개 도구)
    4. 약물 개발 및 임상 데이터(4개 도구)
    5. 화학적 특성 분석(4가지 도구)
    6. 고급 검색 및 교차 참조(4개 도구)
    7. 리소스 템플릿
  2. 설치
    1. 필수 조건
    2. 설정
  3. 도커
    1. Docker 이미지 빌드
    2. Docker로 실행
  4. 용법
    1. MCP 서버로서
    2. MCP 클라이언트 구성에 추가
  5. 사용 가능한 도구
    1. 1. 검색\_화합물
    2. 2. get\_compound\_info
    3. 3. 검색 대상
    4. 4. 검색 활동
    5. 5. 배치\_화합물\_조회
  6. 리소스 템플릿
    1. 1. 복합 정보
    2. 2. 대상 정보
    3. 3. 분석 정보
    4. 4. 활동 정보
    5. 5. 검색 결과
  7. 예시
    1. 기본 화합물 검색
    2. 자세한 화합물 정보 얻기
    3. 타겟 기반 검색
    4. 생물학적 활성 분석
    5. 일괄 처리
  8. API 통합
    1. 오류 처리
      1. 개발
        1. 프로젝트 빌드
        2. 개발 모드
        3. 프로젝트 구조
      2. 종속성
        1. 특허
          1. 기여하다
            1. 지원하다
              1. 증강 자연에 대하여
                1. 완전한 도구 참조
                  1. 핵심 화학 검색 및 검색 도구
                  2. 타겟 분석 및 약물 발견 도구
                  3. 생물학적 활성 및 분석 데이터 도구
                  4. 약물 개발 및 임상 데이터 도구
                  5. 화학적 특성 분석 도구
                  6. 고급 검색 및 교차 참조 도구
                2. 변경 사항
                  1. v1.0.0 - 최초 릴리스

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                curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/Augmented-Nature/ChEMBL-MCP-Server'

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