ChEMBL MCP 서버

ChEMBL 화학 데이터베이스에 대한 고급 액세스를 제공하는 포괄적인 모델 컨텍스트 프로토콜(MCP) 서버입니다. 이 서버는 AI 어시스턴트와 MCP 클라이언트가 ChEMBL의 REST API를 통해 정교한 약물 발견 연구, 화학 정보 분석 및 생물 활성 조사를 직접 수행할 수 있도록 지원하는 22가지 전문 도구를 제공합니다.

Augmented Nature

특징

핵심 화학 물질 검색 및 검색(5개 도구)

• 화합물 검색 : 화합물 이름, 동의어 또는 식별자로 ChEMBL 데이터베이스를 검색합니다.

• 자세한 화합물 정보 : 구조, 속성 및 주석을 포함한 포괄적인 화합물 정보를 검색합니다.

• InChI 기반 검색 : InChI 키 또는 InChI 문자열로 화합물 찾기

• 구조 검색 : 다양한 형식(SMILES, InChI, MOL, SDF)으로 화학 구조 정보를 얻습니다.

• 유사성 검색 : 타니모토 유사성을 사용하여 화학적으로 유사한 화합물을 찾습니다.

타겟 분석 및 약물 발견(5가지 도구)

• 타겟 검색 : 이름이나 유형으로 생물학적 타겟을 검색합니다.

• 자세한 대상 정보 : 포괄적인 대상 정보 및 주석을 검색합니다.

• 대상 화합물 : 특정 대상에 대해 화합물을 테스트합니다.

• UniProt 통합 : UniProt 접근 번호로 ChEMBL 타겟 찾기

• 목표 경로 : 관련 생물학적 경로 및 메커니즘

생물학적 활성 및 분석 데이터(5개 도구)

• 활동 검색 : 생물 활성 측정 및 분석 결과 검색

• 자세한 분석 정보 : 포괄적인 분석 프로토콜 및 조건을 얻으세요

• 활동 유형 검색 : 특정 활동 유형 및 값 범위별로 생물학적 활동 데이터를 찾습니다.

• 용량-반응 분석 : 용량-반응 데이터 및 활동 프로필을 얻으세요

• 활동 비교 : 여러 화합물 또는 표적에 대한 생물학적 활동 데이터를 비교합니다.

약물 개발 및 임상 데이터(4개 도구)

• 약물 검색 : 승인된 약물 및 임상 후보 물질 검색

• 약물 개발 현황 : 약물 개발 현황 및 임상 시험 정보를 얻으세요

• 치료 지표 : 치료 지표 및 질병 영역 검색

• 작용 기전 : 작용 기전 및 표적 상호작용 데이터 확보

화학적 특성 분석(4가지 도구)

• ADMET 분석 : ADMET 특성(흡수, 분포, 대사, 배설, 독성) 분석

• 분자 설명자 : 분자 설명자 및 물리화학적 특성 계산

• 용해도 예측 : 수용해도 및 투과도 특성 예측

• 약물 유사성 평가 : 리핀스키 5법칙 및 기타 지표를 사용하여 약물 유사성을 평가합니다.

고급 검색 및 교차 참조(4개 도구)

• 하부 구조 검색 : 특정 하부 구조를 포함하는 화합물 찾기

• 일괄 처리 : 여러 ChEMBL ID를 효율적으로 처리

• 외부 참조 : 외부 데이터베이스(PubChem, DrugBank, PDB 등)에 대한 링크를 가져옵니다.

• 고급 검색 : 여러 화학 및 생물학적 필터가 포함된 복잡한 쿼리

리소스 템플릿

• 원활한 통합을 위한 URI 템플릿을 통한 ChEMBL 데이터에 직접 액세스

설치

필수 조건

• Node.js(v16 이상)

• npm 또는 yarn

설정

1. 저장소를 복제합니다.

지엑스피1

2. 종속성 설치:

3. 프로젝트를 빌드하세요:

도커

Docker 이미지 빌드

Docker 이미지를 빌드합니다.

Docker로 실행

컨테이너를 실행합니다.

MCP 클라이언트 통합의 경우 컨테이너를 직접 사용할 수 있습니다.

용법

MCP 서버로서

서버는 stdio를 통해 통신하는 MCP 서버로 실행되도록 설계되었습니다.

MCP 클라이언트 구성에 추가

MCP 클라이언트 구성에 서버를 추가합니다(예: Claude Desktop):

사용 가능한 도구

1. 검색_화합물

이름, 동의어 또는 식별자를 기준으로 ChEMBL 데이터베이스에서 화합물을 검색합니다.

매개변수:

• query (필수): 검색 쿼리(화합물 이름, 동의어 또는 식별자)

• limit (선택 사항): 반환할 결과 수(1-1000, 기본값: 25)

• offset (선택 사항): 건너뛸 결과 수(기본값: 0)

예:

2. get_compound_info

ChEMBL ID로 특정 화합물에 대한 자세한 정보를 얻으세요.

매개변수:

• chembl_id (필수): ChEMBL 화합물 ID(예: CHEMBL25)

예:

3. 검색 대상

이름이나 유형으로 생물학적 표적을 검색하세요.

매개변수:

• query (필수): 대상 이름 또는 검색어

• target_type (선택 사항): 대상 유형 필터(예: 단일 단백질, 단백질 복합체)

• organism (선택 사항): 생물체 필터

• limit (선택 사항): 반환할 결과 수(1-1000, 기본값: 25)

예:

4. 검색 활동

생물학적 활성 측정 및 분석 결과를 검색합니다.

매개변수:

• target_chembl_id (선택 사항): ChEMBL 대상 ID 필터

• assay_chembl_id (선택 사항): ChEMBL 분석 ID 필터

• molecule_chembl_id (선택 사항): ChEMBL 화합물 ID 필터

• activity_type (선택 사항): 활동 유형(예: IC50, Ki, EC50)

• limit (선택 사항): 반환할 결과 수(1-1000, 기본값: 25)

예:

5. 배치_화합물_조회

여러 개의 ChEMBL ID를 효율적으로 처리합니다.

매개변수:

• chembl_ids (필수): ChEMBL 화합물 ID 배열(1-50)

예:

리소스 템플릿

서버는 URI 템플릿을 통해 ChEMBL 데이터에 직접 액세스할 수 있도록 합니다.

1. 복합 정보

• URI : chembl://compound/{chembl_id}

• 설명 : ChEMBL ID에 대한 완전한 화합물 정보

• 예 : chembl://compound/CHEMBL25

2. 대상 정보

• URI : chembl://target/{chembl_id}

• 설명 : ChEMBL 타겟 ID에 대한 완전한 타겟 정보

• 예 : chembl://target/CHEMBL2095173

3. 분석 정보

• URI : chembl://assay/{chembl_id}

• 설명 : ChEMBL 분석 ID에 대한 완전한 분석 정보

• 예 : chembl://assay/CHEMBL1217643

4. 활동 정보

• URI : chembl://activity/{activity_id}

• 설명 : 활동 ID에 대한 생물학적 활동 측정 데이터

• 예 : chembl://activity/12345678

5. 검색 결과

• URI : chembl://search/{query}

• 설명 : 쿼리와 일치하는 화합물에 대한 검색 결과

• 예 : chembl://search/aspirin

예시

기본 화합물 검색

아스피린 관련 화합물 검색:

자세한 화합물 정보 얻기

아스피린에 대한 포괄적인 정보를 검색하세요:

타겟 기반 검색

도파민 수용체에 대해 테스트된 화합물을 찾아보세요:

생물학적 활성 분석

특정 대상에 대한 IC50 데이터 검색:

일괄 처리

다양한 화합물을 효율적으로 처리합니다.

API 통합

이 서버는 화학 데이터에 프로그래밍 방식으로 액세스할 수 있도록 ChEMBL REST API와 통합됩니다. ChEMBL에 대한 자세한 내용은 다음을 참조하세요.

• ChEMBL 웹사이트 : https://www.ebi.ac.uk/chembl/

• API 문서 : https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services

• REST API 가이드 : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs

모든 API 요청에는 다음이 포함됩니다.

• 사용자 에이전트 : ChEMBL-MCP-Server/1.0.0

• 제한시간 : 30초

• 기본 URL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

오류 처리

서버에는 포괄적인 오류 처리 기능이 포함되어 있습니다.

• 입력 검증 : 모든 매개변수는 유형 가드를 사용하여 검증됩니다.

• API 오류 : 네트워크 및 API 오류가 발견되어 설명 메시지와 함께 반환됩니다.

• 시간 초과 처리 : 요청은 30초 후에 시간 초과됩니다.

• 우아한 저하 : 부분적 실패가 적절하게 처리됩니다.

개발

프로젝트 빌드

개발 모드

감시 모드에서 TypeScript 컴파일러를 실행합니다.

프로젝트 구조

종속성

• @modelcontextprotocol/sdk : 서버 구현을 위한 Core MCP SDK

• axios : ChEMBL API 요청을 위한 HTTP 클라이언트

• typescript : 개발용 TypeScript 컴파일러

특허

MIT 라이센스

기여하다

1. 저장소를 포크하세요

2. 기능 브랜치 생성

3. 변경 사항을 만드세요

4. 해당되는 경우 테스트를 추가하세요

5. 풀 리퀘스트 제출

지원하다

문제 및 문의사항:

1. ChEMBL API 문서를 확인하세요

2. 모델 컨텍스트 프로토콜 사양을 검토하세요

3. 저장소에서 이슈를 엽니다

증강 자연에 대하여

이 포괄적인 ChEMBL MCP 서버는 AI 기반 생물정보학 및 계산화학 솔루션 분야의 선도적인 혁신 기업인 Augmented Nature 에서 개발했습니다. Augmented Nature는 인공지능과 화학 연구 간의 격차를 메우는 고급 도구 개발에 특화되어 있으며, 이를 통해 연구자들은 화학 및 생물학 데이터에서 더욱 심층적인 통찰력을 얻을 수 있습니다.

완전한 도구 참조

핵심 화학 검색 및 검색 도구

1. search_compounds - 이름, 동의어 또는 식별자로 ChEMBL 데이터베이스 검색

2. get_compound_info - ChEMBL ID로 자세한 화합물 정보를 가져옵니다.

3. search_by_inchi - InChI 키 또는 InChI 문자열로 화합물 찾기

4. get_compound_structure - 다양한 형식으로 화학 구조를 검색합니다.

5. search_similar_compounds - Tanimoto 유사도를 사용하여 화학적으로 유사한 화합물 찾기

타겟 분석 및 약물 발견 도구

6. search_targets - 이름이나 유형으로 생물학적 표적 검색

7. get_target_info - ChEMBL 대상 ID로 자세한 대상 정보를 가져옵니다.

8. get_target_compounds - 특정 타겟에 대해 테스트된 화합물 가져오기

9. search_by_uniprot - UniProt 접근으로 ChEMBL 타겟 찾기

10. get_target_pathways - 타겟과 관련된 생물학적 경로를 가져옵니다.

생물학적 활성 및 분석 데이터 도구

11. search_activities - 생물학적 활성 측정 및 분석 결과 검색

12. get_assay_info - ChEMBL 분석 ID로 자세한 분석 정보 가져오기

13. search_by_activity_type - 활동 유형 및 값 범위별로 생물학적 활동 데이터를 찾습니다.

14. get_dose_response - 용량-반응 데이터 및 활동 프로필 가져오기

15. compare_activities - 여러 화합물의 생물학적 활성 데이터를 비교합니다.

약물 개발 및 임상 데이터 도구

16. search_drugs - 승인된 약물 및 임상 후보 물질 검색

17. get_drug_info - 약물 개발 현황 및 임상 시험 정보 받기

18. search_drug_indications - 치료 지표 및 질병 영역 검색

19. get_mechanism_of_action - 작용 메커니즘 및 대상 상호작용 데이터 가져오기

화학적 특성 분석 도구

20. analyze_admet_properties - ADMET 속성 분석

21. calculate_descriptors - 분자 설명자 및 물리화학적 특성 계산

22. predict_solubility - 수용성 용해도 및 투과성 특성 예측

23. assess_drug_likeness - Lipinski Rule of Five를 사용하여 약물 유사성 평가

고급 검색 및 교차 참조 도구

24. substructure_search - 특정 하위 구조를 포함하는 화합물 찾기

25. batch_compound_lookup - 여러 ChEMBL ID를 효율적으로 처리합니다.

26. get_external_references - 외부 데이터베이스에 대한 링크 가져오기

27. advanced_search - 여러 화학 및 생물학적 필터가 포함된 복잡한 쿼리

변경 사항

v1.0.0 - 최초 릴리스

• 종합 화학 정보 : 약물 발견을 위한 27가지 전문 도구

• 핵심 기능 : 화합물 검색, 타겟 분석, 생물학적 활성 데이터

• 고급 기능 : 유사 검색, 일괄 처리, 교차 참조

• 리소스 템플릿 : ChEMBL 데이터에 대한 직접 URI 기반 액세스

• Docker 지원 : 보안 모범 사례를 적용한 컨테이너화된 배포

• 전문 문서 : 완전한 도구 참조 및 예시

• Augmented Nature에서 개발 : 전문 화학 정보 플랫폼