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ChEMBL MCP Server

by Augmented-Nature
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ChEMBL MCP-Server-Logo

ChEMBL MCP-Server

Ein umfassender Model Context Protocol (MCP)-Server bietet erweiterten Zugriff auf die ChEMBL-Chemikaliendatenbank. Dieser Server bietet 22 spezialisierte Tools, die es KI-Assistenten und MCP-Clients ermöglichen, anspruchsvolle Arzneimittelforschung, chemisch-informatische Analysen und Bioaktivitätsuntersuchungen direkt über die REST-API von ChEMBL durchzuführen.

Entwickelt von Augmented Nature

Merkmale

Suche und Rückgewinnung von Kernchemikalien (5 Werkzeuge)

  • Verbindungssuche : Durchsuchen Sie die ChEMBL-Datenbank nach Verbindungsnamen, Synonymen oder Kennungen
  • Detaillierte Verbindungsinformationen : Abrufen umfassender Verbindungsinformationen, einschließlich Struktur, Eigenschaften und Anmerkungen
  • InChI-basierte Suche : Finden Sie Verbindungen nach InChI-Schlüssel oder InChI-Zeichenfolge
  • Strukturabruf : Erhalten Sie chemische Strukturinformationen in verschiedenen Formaten (SMILES, InChI, MOL, SDF)
  • Ähnlichkeitssuche : Finden Sie chemisch ähnliche Verbindungen mithilfe der Tanimoto-Ähnlichkeit

Zielanalyse und Arzneimittelforschung (5 Tools)

  • Zielsuche : Suche nach biologischen Zielen nach Name oder Typ
  • Detaillierte Zielinformationen : Abrufen umfassender Zielinformationen und Anmerkungen
  • Zielverbindungen : Lassen Sie Verbindungen auf bestimmte Ziele testen
  • UniProt-Integration : Finden Sie ChEMBL-Ziele anhand der UniProt-Zugangsnummern
  • Zielpfade : Zugehörige biologische Pfade und Mechanismen

Bioaktivitäts- und Testdaten (5 Tools)

  • Aktivitätssuche : Suchen Sie nach Bioaktivitätsmessungen und Testergebnissen
  • Detaillierte Testinformationen : Erhalten Sie umfassende Testprotokolle und -bedingungen
  • Suche nach Aktivitätstypen : Finden Sie Bioaktivitätsdaten nach spezifischem Aktivitätstyp und Wertebereich
  • Dosis-Wirkungs-Analyse : Erhalten Sie Dosis-Wirkungs-Daten und Aktivitätsprofile
  • Aktivitätsvergleich : Vergleichen Sie Bioaktivitätsdaten mehrerer Verbindungen oder Ziele

Arzneimittelentwicklung und klinische Daten (4 Tools)

  • Arzneimittelsuche : Suche nach zugelassenen Arzneimitteln und klinischen Kandidaten
  • Status der Arzneimittelentwicklung : Erhalten Sie Informationen zum Status der Arzneimittelentwicklung und zu klinischen Studien
  • Therapeutische Indikationen : Suche nach therapeutischen Indikationen und Krankheitsbereichen
  • Wirkmechanismus : Erhalten Sie Daten zum Wirkmechanismus und zur Zielinteraktion

Analyse chemischer Eigenschaften (4 Werkzeuge)

  • ADMET-Analyse : Analysieren Sie die ADMET-Eigenschaften (Absorption, Verteilung, Stoffwechsel, Ausscheidung, Toxizität)
  • Molekulare Deskriptoren : Berechnen Sie molekulare Deskriptoren und physikochemischen Eigenschaften
  • Löslichkeitsvorhersage : Vorhersage der Wasserlöslichkeit und der Permeabilitätseigenschaften
  • Beurteilung der Arzneimittelähnlichkeit : Bewerten Sie die Arzneimittelähnlichkeit mithilfe der Lipinski-Fünf-Regel und anderer Messgrößen

Erweiterte Suche und Querverweise (4 Tools)

  • Substruktursuche : Finden Sie Verbindungen, die bestimmte Substrukturen enthalten
  • Stapelverarbeitung : Mehrere ChEMBL-IDs effizient verarbeiten
  • Externe Referenzen : Erhalten Sie Links zu externen Datenbanken (PubChem, DrugBank, PDB usw.)
  • Erweiterte Suche : Komplexe Abfragen mit mehreren chemischen und biologischen Filtern

Ressourcenvorlagen

  • Direkter Zugriff auf ChEMBL-Daten über URI-Vorlagen für eine nahtlose Integration

Installation

Voraussetzungen

  • Node.js (v16 oder höher)
  • npm oder yarn

Aufstellen

  1. Klonen Sie das Repository:
git clone <repository-url> cd chembl-server
  1. Installieren Sie Abhängigkeiten:
npm install
  1. Erstellen Sie das Projekt:
npm run build

Docker

Erstellen des Docker-Images

Erstellen Sie das Docker-Image:

docker build -t chembl-mcp-server .

Ausführen mit Docker

Führen Sie den Container aus:

docker run -i chembl-mcp-server

Für die MCP-Client-Integration können Sie den Container direkt verwenden:

{ "mcpServers": { "chembl": { "command": "docker", "args": ["run", "-i", "chembl-mcp-server"], "env": {} } } }

Verwendung

Als MCP-Server

Der Server ist so konzipiert, dass er als MCP-Server ausgeführt wird, der über stdio kommuniziert:

npm start

Hinzufügen zur MCP-Clientkonfiguration

Fügen Sie den Server zu Ihrer MCP-Clientkonfiguration hinzu (z. B. Claude Desktop):

{ "mcpServers": { "chembl": { "command": "node", "args": ["/path/to/chembl-server/build/index.js"], "env": {} } } }

Verfügbare Tools

1. Suchverbindungen

Durchsuchen Sie die ChEMBL-Datenbank nach Verbindungen anhand des Namens, Synonyms oder der Kennung.

Parameter:

  • query (erforderlich): Suchanfrage (zusammengesetzter Name, Synonym oder Kennung)
  • limit (optional): Anzahl der zurückzugebenden Ergebnisse (1-1000, Standard: 25)
  • offset (optional): Anzahl der zu überspringenden Ergebnisse (Standard: 0)

Beispiel:

{ "query": "aspirin", "limit": 10 }

2. get_compound_info

Erhalten Sie anhand der ChEMBL-ID detaillierte Informationen zu einer bestimmten Verbindung.

Parameter:

  • chembl_id (erforderlich): ChEMBL-Verbindungs-ID (z. B. CHEMBL25)

Beispiel:

{ "chembl_id": "CHEMBL25" }

3. Suchziele

Suchen Sie nach biologischen Zielen nach Name oder Typ.

Parameter:

  • query (erforderlich): Zielname oder Suchanfrage
  • target_type (optional): Zieltypfilter (z. B. EINZELNES PROTEIN, PROTEINKOMPLEX)
  • organism (optional): Organismusfilter
  • limit (optional): Anzahl der zurückzugebenden Ergebnisse (1-1000, Standard: 25)

Beispiel:

{ "query": "dopamine receptor", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5 }

4. Suchaktivitäten

Suchen Sie nach Bioaktivitätsmessungen und Testergebnissen.

Parameter:

  • target_chembl_id (optional): ChEMBL-Ziel-ID-Filter
  • assay_chembl_id (optional): ChEMBL-Assay-ID-Filter
  • molecule_chembl_id (optional): ChEMBL-Verbindungs-ID-Filter
  • activity_type (optional): Aktivitätstyp (z. B. IC50, Ki, EC50)
  • limit (optional): Anzahl der zurückzugebenden Ergebnisse (1-1000, Standard: 25)

Beispiel:

{ "target_chembl_id": "CHEMBL2095173", "activity_type": "IC50", "limit": 50 }

5. batch_compound_lookup

Verarbeiten Sie mehrere ChEMBL-IDs effizient.

Parameter:

  • chembl_ids (erforderlich): Array von ChEMBL-Verbindungs-IDs (1-50)

Beispiel:

{ "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642"] }

Ressourcenvorlagen

Der Server bietet direkten Zugriff auf ChEMBL-Daten über URI-Vorlagen:

1. Informationen zu Verbindungen

  • URI : chembl://compound/{chembl_id}
  • Beschreibung : Vollständige Verbindungsinformationen für eine ChEMBL-ID
  • Beispiel : chembl://compound/CHEMBL25

2. Zielinformationen

  • URI : chembl://target/{chembl_id}
  • Beschreibung : Vollständige Zielinformationen für eine ChEMBL-Ziel-ID
  • Beispiel : chembl://target/CHEMBL2095173

3. Testinformationen

  • URI : chembl://assay/{chembl_id}
  • Beschreibung : Vollständige Testinformationen für eine ChEMBL-Test-ID
  • Beispiel : chembl://assay/CHEMBL1217643

4. Aktivitätsinformationen

  • URI : chembl://activity/{activity_id}
  • Beschreibung : Bioaktivitätsmessdaten für eine Aktivitäts-ID
  • Beispiel : chembl://activity/12345678

5. Suchergebnisse

  • URI : chembl://search/{query}
  • Beschreibung : Suchergebnisse für Verbindungen, die der Abfrage entsprechen
  • Beispiel : chembl://search/aspirin

Beispiele

Einfache Suche nach zusammengesetzten Verbindungen

Suche nach Aspirin-verwandten Verbindungen:

// Tool call { "tool": "search_compounds", "arguments": { "query": "aspirin", "limit": 5 } }

Erhalten Sie detaillierte Informationen zu Verbindungen

Umfassende Informationen zum Thema Aspirin abrufen:

// Tool call { "tool": "get_compound_info", "arguments": { "chembl_id": "CHEMBL25" } }

Zielbasierte Suche

Finden Sie Verbindungen, die gegen Dopaminrezeptoren getestet wurden:

// Tool call { "tool": "search_targets", "arguments": { "query": "dopamine receptor D2", "organism": "Homo sapiens" } }

Bioaktivitätsanalyse

Suche nach IC50-Daten für ein bestimmtes Ziel:

// Tool call { "tool": "search_activities", "arguments": { "target_chembl_id": "CHEMBL2095173", "activity_type": "IC50", "limit": 100 } }

Stapelverarbeitung

Mehrere Verbindungen effizient verarbeiten:

// Tool call { "tool": "batch_compound_lookup", "arguments": { "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642", "CHEMBL1201585"] } }

API-Integration

Dieser Server ist in die ChEMBL REST API integriert und ermöglicht den programmgesteuerten Zugriff auf chemische Daten. Weitere Informationen zu ChEMBL:

Alle API-Anfragen umfassen:

  • Benutzeragent : ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
  • Zeitüberschreitung : 30 Sekunden
  • Basis-URL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

Fehlerbehandlung

Der Server beinhaltet eine umfassende Fehlerbehandlung:

  • Eingabevalidierung : Alle Parameter werden mit Typwächtern validiert
  • API-Fehler : Netzwerk- und API-Fehler werden abgefangen und mit beschreibenden Meldungen zurückgegeben
  • Timeout-Behandlung : Anfragen werden nach 30 Sekunden abgebrochen
  • Graceful Degradation : Teilfehler werden angemessen behandelt

Entwicklung

Erstellen des Projekts

npm run build

Entwicklungsmodus

Führen Sie den TypeScript-Compiler im Überwachungsmodus aus:

npm run dev

Projektstruktur

chembl-server/ ├── src/ │ └── index.ts # Main server implementation ├── build/ # Compiled JavaScript output ├── package.json # Node.js dependencies and scripts ├── tsconfig.json # TypeScript configuration └── README.md # This file

Abhängigkeiten

  • @modelcontextprotocol/sdk : Core MCP SDK für die Serverimplementierung
  • axios : HTTP-Client für ChEMBL-API-Anfragen
  • typescript : TypeScript-Compiler für die Entwicklung

Lizenz

MIT-Lizenz

Beitragen

  1. Forken Sie das Repository
  2. Erstellen eines Feature-Zweigs
  3. Nehmen Sie Ihre Änderungen vor
  4. Fügen Sie gegebenenfalls Tests hinzu
  5. Senden einer Pull-Anfrage

Unterstützung

Bei Problemen und Fragen:

  1. Überprüfen Sie die ChEMBL-API-Dokumentation
  2. Überprüfen Sie die Model Context Protocol-Spezifikation
  3. Öffnen Sie ein Problem im Repository

Über Augmented Nature

Dieser umfassende ChEMBL MCP-Server wurde von Augmented Nature entwickelt, einem führenden Innovator für KI-gestützte Bioinformatik und computergestützte Chemielösungen. Augmented Nature ist auf die Entwicklung fortschrittlicher Tools spezialisiert, die die Lücke zwischen künstlicher Intelligenz und chemischer Forschung schließen und es Forschern ermöglichen, tiefere Erkenntnisse aus chemischen und biologischen Daten zu gewinnen.

Vollständige Werkzeugreferenz

Grundlegende Werkzeuge zur Suche und Wiedergewinnung von Chemikalien

  1. search_compounds – Suche in der ChEMBL-Datenbank nach Name, Synonym oder Kennung
  2. get_compound_info - Erhalten Sie detaillierte Verbindungsinformationen anhand der ChEMBL-ID
  3. search_by_inchi – Verbindungen nach InChI-Schlüssel oder InChI-Zeichenfolge finden
  4. get_compound_structure - Chemische Strukturen in verschiedenen Formaten abrufen
  5. search_similar_compounds - Finden Sie chemisch ähnliche Verbindungen mithilfe der Tanimoto-Ähnlichkeit

Tools zur Zielanalyse und Arzneimittelentdeckung

  1. search_targets - Suche nach biologischen Zielen nach Name oder Typ
  2. get_target_info - Erhalten Sie detaillierte Zielinformationen anhand der ChEMBL-Ziel-ID
  3. get_target_compounds - Erhalten Sie Verbindungen, die gegen bestimmte Ziele getestet wurden
  4. search_by_uniprot - Finden Sie ChEMBL-Ziele nach UniProt-Zugang
  5. get_target_pathways – Mit Zielen verknüpfte biologische Pfade abrufen

Tools für Bioaktivitäts- und Testdaten

  1. search_activities – Suche nach Bioaktivitätsmessungen und Testergebnissen
  2. get_assay_info – Erhalten Sie detaillierte Testinformationen anhand der ChEMBL-Test-ID
  3. search_by_activity_type - Bioaktivitätsdaten nach Aktivitätstyp und Wertebereich finden
  4. get_dose_response - Dosis-Wirkungs-Daten und Aktivitätsprofile abrufen
  5. compare_activities - Vergleichen Sie Bioaktivitätsdaten mehrerer Verbindungen

Tools für Arzneimittelentwicklung und klinische Daten

  1. search_drugs - Suche nach zugelassenen Medikamenten und klinischen Kandidaten
  2. get_drug_info - Informationen zum Status der Arzneimittelentwicklung und zu klinischen Studien abrufen
  3. search_drug_indications - Suche nach therapeutischen Indikationen und Krankheitsbereichen
  4. get_mechanism_of_action - Daten zum Wirkungsmechanismus und zur Zielinteraktion abrufen

Werkzeuge zur Analyse chemischer Eigenschaften

  1. analyze_admet_properties - ADMET-Eigenschaften analysieren
  2. calculate_descriptors - Molekulare Deskriptoren und physikochemischen Eigenschaften berechnen
  3. predict_solubility - Vorhersage der Wasserlöslichkeit und Permeabilitätseigenschaften
  4. assess_drug_likeness - Bewerten Sie die Arzneimittelähnlichkeit mit der Lipinski-Fünf-Regel

Erweiterte Such- und Querverweistools

  1. substructure_search - Finden Sie Verbindungen, die bestimmte Unterstrukturen enthalten
  2. batch_compound_lookup - Mehrere ChEMBL-IDs effizient verarbeiten
  3. get_external_references - Links zu externen Datenbanken abrufen
  4. advanced_search – Komplexe Abfragen mit mehreren chemischen und biologischen Filtern

Änderungsprotokoll

v1.0.0 – Erstveröffentlichung

  • Umfassende chemische Intelligenz : 27 spezialisierte Werkzeuge für die Arzneimittelforschung
  • Kernfunktionalität : Verbindungssuche, Zielanalyse, Bioaktivitätsdaten
  • Erweiterte Funktionen : Ähnlichkeitssuche, Stapelverarbeitung, Querverweise
  • Ressourcenvorlagen : Direkter URI-basierter Zugriff auf ChEMBL-Daten
  • Docker-Support : Containerisierte Bereitstellung mit bewährten Sicherheitsmethoden
  • Professionelle Dokumentation : Vollständige Tool-Referenz und Beispiele
  • Entwickelt von Augmented Nature : Professionelle Plattform für chemische Informatik
Install Server
A
security – no known vulnerabilities
A
license - permissive license
A
quality - confirmed to work

How are these scores calculated?

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

Tools

View all tools

ChEMBL MCP-Server

  1. Merkmale
    1. Suche und Rückgewinnung von Kernchemikalien (5 Werkzeuge)
    2. Zielanalyse und Arzneimittelforschung (5 Tools)
    3. Bioaktivitäts- und Testdaten (5 Tools)
    4. Arzneimittelentwicklung und klinische Daten (4 Tools)
    5. Analyse chemischer Eigenschaften (4 Werkzeuge)
    6. Erweiterte Suche und Querverweise (4 Tools)
    7. Ressourcenvorlagen
  2. Installation
    1. Voraussetzungen
    2. Aufstellen
  3. Docker
    1. Erstellen des Docker-Images
    2. Ausführen mit Docker
  4. Verwendung
    1. Als MCP-Server
    2. Hinzufügen zur MCP-Clientkonfiguration
  5. Verfügbare Tools
    1. 1. Suchverbindungen
    2. 2. get\_compound\_info
    3. 3. Suchziele
    4. 4. Suchaktivitäten
    5. 5. batch\_compound\_lookup
  6. Ressourcenvorlagen
    1. 1. Informationen zu Verbindungen
    2. 2. Zielinformationen
    3. 3. Testinformationen
    4. 4. Aktivitätsinformationen
    5. 5. Suchergebnisse
  7. Beispiele
    1. Einfache Suche nach zusammengesetzten Verbindungen
    2. Erhalten Sie detaillierte Informationen zu Verbindungen
    3. Zielbasierte Suche
    4. Bioaktivitätsanalyse
    5. Stapelverarbeitung
  8. API-Integration
    1. Fehlerbehandlung
      1. Entwicklung
        1. Erstellen des Projekts
        2. Entwicklungsmodus
        3. Projektstruktur
      2. Abhängigkeiten
        1. Lizenz
          1. Beitragen
            1. Unterstützung
              1. Über Augmented Nature
                1. Vollständige Werkzeugreferenz
                  1. Grundlegende Werkzeuge zur Suche und Wiedergewinnung von Chemikalien
                  2. Tools zur Zielanalyse und Arzneimittelentdeckung
                  3. Tools für Bioaktivitäts- und Testdaten
                  4. Tools für Arzneimittelentwicklung und klinische Daten
                  5. Werkzeuge zur Analyse chemischer Eigenschaften
                  6. Erweiterte Such- und Querverweistools
                2. Änderungsprotokoll
                  1. v1.0.0 – Erstveröffentlichung

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