Сервер ChEMBL MCP
Комплексный сервер Model Context Protocol (MCP), обеспечивающий расширенный доступ к химической базе данных ChEMBL. Этот сервер предлагает 22 специализированных инструмента, позволяющих помощникам ИИ и клиентам MCP выполнять сложные исследования по открытию лекарств, анализ химической информатики и исследования биологической активности непосредственно через REST API ChEMBL.
Разработано компанией
Функции
Поиск и извлечение основных химических веществ (5 инструментов)
Поиск соединений : поиск в базе данных ChEMBL по названию соединения, синониму или идентификатору.
Подробная информация о соединении : получение полной информации о соединении, включая структуру, свойства и аннотации.
Поиск на основе InChI : поиск соединений по ключу InChI или строке InChI
Поиск структуры : получение информации о химической структуре в различных форматах (SMILES, InChI, MOL, SDF)
Поиск по сходству : найдите химически схожие соединения, используя сходство Танимото.
Анализ целей и обнаружение лекарств (5 инструментов)
Поиск цели : поиск биологических целей по названию или типу.
Подробная информация о цели : получение полной информации о цели и аннотаций.
Целевые соединения : получите протестированные соединения по отношению к определенным целям
Интеграция UniProt : поиск целей ChEMBL по номерам доступа UniProt
Целевые пути : Связанные биологические пути и механизмы
Данные биологической активности и анализа (5 инструментов)
Поиск активности : Поиск измерений биологической активности и результатов анализов
Подробная информация об анализе : получите исчерпывающие протоколы и условия анализа.
Поиск типа активности : поиск данных о биологической активности по определенному типу активности и диапазону значений.
Анализ «доза-реакция» : получение данных о дозе-реакции и профилей активности
Сравнение активности : сравнение данных о биологической активности нескольких соединений или целевых объектов.
Разработка лекарств и клинические данные (4 инструмента)
Поиск лекарств : поиск одобренных лекарств и клинических кандидатов
Статус разработки препарата : получите информацию о статусе разработки препарата и клинических испытаниях.
Терапевтические показания : Поиск терапевтических показаний и областей заболевания
Механизм действия : получение данных о механизме действия и целевом взаимодействии.
Анализ химических свойств (4 инструмента)
Анализ ADMET : анализ свойств ADMET (поглощение, распределение, метаболизм, выведение, токсичность)
Молекулярные дескрипторы : расчет молекулярных дескрипторов и физико-химических свойств.
Прогнозирование растворимости : прогнозирование свойств растворимости в воде и проницаемости.
Оценка сходства с наркотиками : оценка сходства с наркотиками с использованием правила пяти Липинского и других показателей.
Расширенный поиск и перекрестные ссылки (4 инструмента)
Поиск подструктур : поиск соединений, содержащих определенные подструктуры.
Пакетная обработка : эффективная обработка нескольких идентификаторов ChEMBL
Внешние ссылки : получите ссылки на внешние базы данных (PubChem, DrugBank, PDB и т. д.)
Расширенный поиск : сложные запросы с несколькими химическими и биологическими фильтрами
Шаблоны ресурсов
Прямой доступ к данным ChEMBL через шаблоны URI для бесшовной интеграции
Установка
Предпосылки
Node.js (v16 или выше)
нпм или пряжа
Настраивать
Клонируйте репозиторий:
Установить зависимости:
Создайте проект:
Докер
Создание образа Docker
Создайте образ Docker:
Работа с Docker
Запустите контейнер:
Для интеграции клиента MCP вы можете использовать контейнер напрямую:
Использование
Как сервер MCP
Сервер предназначен для работы в качестве сервера MCP, который взаимодействует через stdio:
Добавление в конфигурацию клиента MCP
Добавьте сервер в конфигурацию вашего клиента MCP (например, Claude Desktop):
Доступные инструменты
1. поиск_соединений
Поиск соединений в базе данных ChEMBL по названию, синониму или идентификатору.
Параметры:
query
(обязательно): Поисковый запрос (имя соединения, синоним или идентификатор)limit
(необязательно): количество возвращаемых результатов (1-1000, по умолчанию: 25)offset
(необязательно): количество результатов, которые нужно пропустить (по умолчанию: 0)
Пример:
2. получить_информацию_о_соединении
Получите подробную информацию о конкретном соединении по идентификатору ChEMBL.
Параметры:
chembl_id
(обязательно): идентификатор соединения ChEMBL (например, CHEMBL25)
Пример:
3. цели_поиска
Поиск биологических целей по названию или типу.
Параметры:
query
(обязательно): Имя цели или поисковый запросtarget_type
(необязательно): Фильтр типа цели (например, ОТДЕЛЬНЫЙ БЕЛОК, КОМПЛЕКС БЕЛКОВ)organism
(необязательно): Фильтр организмовlimit
(необязательно): количество возвращаемых результатов (1-1000, по умолчанию: 25)
Пример:
4. поиск_активности
Поиск результатов измерений биологической активности и анализов.
Параметры:
target_chembl_id
(необязательно): фильтр идентификатора цели ChEMBLassay_chembl_id
(необязательно): фильтр идентификатора анализа ChEMBLmolecule_chembl_id
(необязательно): фильтр идентификаторов соединений ChEMBLactivity_type
(необязательно): Тип активности (например, IC50, Ki, EC50)limit
(необязательно): количество возвращаемых результатов (1-1000, по умолчанию: 25)
Пример:
5. пакетный_составной_поиск
Эффективная обработка нескольких идентификаторов ChEMBL.
Параметры:
chembl_ids
(обязательно): Массив идентификаторов соединений ChEMBL (1-50)
Пример:
Шаблоны ресурсов
Сервер обеспечивает прямой доступ к данным ChEMBL через шаблоны URI:
1. Составная информация
URI :
chembl://compound/{chembl_id}
Описание : Полная информация о соединении для идентификатора ChEMBL
Пример :
chembl://compound/CHEMBL25
2. Целевая информация
URI :
chembl://target/{chembl_id}
Описание : Полная информация о цели для идентификатора цели ChEMBL
Пример :
chembl://target/CHEMBL2095173
3. Информация об анализе
URI :
chembl://assay/{chembl_id}
Описание : Полная информация об анализе для идентификатора анализа ChEMBL.
Пример :
chembl://assay/CHEMBL1217643
4. Информация о деятельности
URI :
chembl://activity/{activity_id}
Описание : Данные измерения биоактивности для идентификатора активности
Пример :
chembl://activity/12345678
5. Результаты поиска
URI :
chembl://search/{query}
Описание : Результаты поиска соединений, соответствующих запросу
Пример :
chembl://search/aspirin
Примеры
Базовый поиск соединений
Поиск соединений, связанных с аспирином:
Получите подробную информацию о соединении
Получите исчерпывающую информацию об аспирине:
Поиск на основе цели
Найдите соединения, протестированные против дофаминовых рецепторов:
Анализ биоактивности
Поиск данных IC50 по определенной цели:
Пакетная обработка
Эффективная обработка нескольких соединений:
API-интеграция
Этот сервер интегрируется с ChEMBL REST API для программного доступа к химическим данным. Для получения дополнительной информации о ChEMBL:
Веб-сайт ChEMBL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/
Документация API : https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
Руководство по REST API : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs
Все запросы API включают в себя:
Пользовательский агент :
ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
Тайм-аут : 30 секунд
Базовый URL :
https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data
Обработка ошибок
Сервер включает в себя комплексную обработку ошибок:
Проверка входных данных : все параметры проверяются с использованием защиты типов.
Ошибки API : ошибки сети и API обнаруживаются и возвращаются с описательными сообщениями.
Обработка тайм-аута : запрашивает тайм-аут через 30 секунд
Постепенная деградация : частичные отказы обрабатываются соответствующим образом.
Разработка
Построить проект
Режим разработки
Запустите компилятор TypeScript в режиме наблюдения:
Структура проекта
Зависимости
@modelcontextprotocol/sdk : Core MCP SDK для реализации сервера
axios : HTTP-клиент для запросов API ChEMBL
typescript : Компилятор TypeScript для разработки
Лицензия
Лицензия Массачусетского технологического института
Внося вклад
Форк репозитория
Создать ветку функций
Внесите изменения
Добавьте тесты, если применимо
Отправить запрос на извлечение
Поддерживать
По вопросам и проблемам:
Проверьте документацию API ChEMBL
Ознакомьтесь со спецификацией протокола контекста модели.
Открыть вопрос в репозитории
О дополненной природе
Этот комплексный сервер ChEMBL MCP разработан компанией Augmented Nature , ведущим новатором в области решений для биоинформатики и вычислительной химии на основе ИИ. Augmented Nature специализируется на создании передовых инструментов, которые заполняют пробел между искусственным интеллектом и химическими исследованиями, позволяя исследователям получать более глубокие знания из химических и биологических данных.
Полный справочник инструментов
Основные инструменты поиска и извлечения химических веществ
search_compounds
— Поиск в базе данных ChEMBL по имени, синониму или идентификаторуget_compound_info
- Получить подробную информацию о соединении по ChEMBL IDsearch_by_inchi
- Поиск соединений по ключу InChI или строке InChIget_compound_structure
— получение химических структур в различных форматахsearch_similar_compounds
- Поиск химически схожих соединений с использованием сходства Танимото
Инструменты анализа целей и обнаружения лекарств
search_targets
- Поиск биологических целей по названию или типуget_target_info
- Получить подробную информацию о цели по идентификатору цели ChEMBLget_target_compounds
— Получить соединения, протестированные на конкретных целяхsearch_by_uniprot
- Поиск целей ChEMBL по доступу UniProtget_target_pathways
— Получить биологические пути, связанные с целями
Инструменты для анализа данных и биологической активности
search_activities
- Поиск измерений биоактивности и результатов анализовget_assay_info
— получение подробной информации об анализе по идентификатору анализа ChEMBLsearch_by_activity_type
- Поиск данных о биологической активности по типу активности и диапазону значенийget_dose_response
— получение данных о дозе-реакции и профилей активностиcompare_activities
— сравнение данных о биологической активности нескольких соединений
Инструменты разработки лекарственных средств и клинических данных
search_drugs
- Поиск одобренных препаратов и клинических кандидатовget_drug_info
- Получить информацию о статусе разработки препарата и клинических испытанияхsearch_drug_indications
- Поиск терапевтических показаний и областей заболеванийget_mechanism_of_action
— Получить механизм действия и данные о целевом взаимодействии
Инструменты анализа химических свойств
analyze_admet_properties
— Анализ свойств ADMETcalculate_descriptors
- Рассчитать молекулярные дескрипторы и физико-химические свойстваpredict_solubility
- Прогнозирование свойств растворимости и проницаемости в водеassess_drug_likeness
- Оцените сходство с наркотиками, используя правило пяти Липинского
Расширенные инструменты поиска и перекрестных ссылок
substructure_search
- Поиск соединений, содержащих определенные подструктурыbatch_compound_lookup
— эффективная обработка нескольких идентификаторов ChEMBLget_external_references
— Получить ссылки на внешние базы данныхadvanced_search
- Сложные запросы с несколькими химическими и биологическими фильтрами
Журнал изменений
v1.0.0 — Первоначальный выпуск
Комплексная химическая разведка : 27 специализированных инструментов для открытия лекарств
Основная функциональность : поиск соединений, целевой анализ, данные о биологической активности
Расширенные функции : поиск по сходству, пакетная обработка, перекрестные ссылки
Шаблоны ресурсов : прямой доступ к данным ChEMBL на основе URI
Поддержка Docker : контейнерное развертывание с лучшими практиками безопасности
Профессиональная документация : полный справочник инструментов и примеры
Разработано Augmented Nature : Профессиональная платформа химической информатики
remote-capable server
The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.
Tools
Сервер ChEMBL MCP
- Функции
- Поиск и извлечение основных химических веществ (5 инструментов)
- Анализ целей и обнаружение лекарств (5 инструментов)
- Данные биологической активности и анализа (5 инструментов)
- Разработка лекарств и клинические данные (4 инструмента)
- Анализ химических свойств (4 инструмента)
- Расширенный поиск и перекрестные ссылки (4 инструмента)
- Шаблоны ресурсов
- Установка
- Докер
- Использование
- Доступные инструменты
- Шаблоны ресурсов
- Примеры
- API-интеграция
- Обработка ошибок
- Разработка
- Зависимости
- Лицензия
- Внося вклад
- Поддерживать
- О дополненной природе
- Полный справочник инструментов
- Основные инструменты поиска и извлечения химических веществ
- Инструменты анализа целей и обнаружения лекарств
- Инструменты для анализа данных и биологической активности
- Инструменты разработки лекарственных средств и клинических данных
- Инструменты анализа химических свойств
- Расширенные инструменты поиска и перекрестных ссылок
- Журнал изменений
Related Resources
Related MCP Servers
- MIT License
- AsecurityAlicenseAqualityAlchemy MCP ServerLast updated -115368MIT License
- MIT License
- MIT License