Сервер ChEMBL MCP

Комплексный сервер Model Context Protocol (MCP), обеспечивающий расширенный доступ к химической базе данных ChEMBL. Этот сервер предлагает 22 специализированных инструмента, позволяющих помощникам ИИ и клиентам MCP выполнять сложные исследования по открытию лекарств, анализ химической информатики и исследования биологической активности непосредственно через REST API ChEMBL.

Разработано компанией Augmented Nature

Функции

Поиск и извлечение основных химических веществ (5 инструментов)

Поиск соединений : поиск в базе данных ChEMBL по названию соединения, синониму или идентификатору.
Подробная информация о соединении : получение полной информации о соединении, включая структуру, свойства и аннотации.
Поиск на основе InChI : поиск соединений по ключу InChI или строке InChI
Поиск структуры : получение информации о химической структуре в различных форматах (SMILES, InChI, MOL, SDF)
Поиск по сходству : найдите химически схожие соединения, используя сходство Танимото.

Анализ целей и обнаружение лекарств (5 инструментов)

Поиск цели : поиск биологических целей по названию или типу.
Подробная информация о цели : получение полной информации о цели и аннотаций.
Целевые соединения : получите протестированные соединения по отношению к определенным целям
Интеграция UniProt : поиск целей ChEMBL по номерам доступа UniProt
Целевые пути : Связанные биологические пути и механизмы

Данные биологической активности и анализа (5 инструментов)

Поиск активности : Поиск измерений биологической активности и результатов анализов
Подробная информация об анализе : получите исчерпывающие протоколы и условия анализа.
Поиск типа активности : поиск данных о биологической активности по определенному типу активности и диапазону значений.
Анализ «доза-реакция» : получение данных о дозе-реакции и профилей активности
Сравнение активности : сравнение данных о биологической активности нескольких соединений или целевых объектов.

Разработка лекарств и клинические данные (4 инструмента)

Поиск лекарств : поиск одобренных лекарств и клинических кандидатов
Статус разработки препарата : получите информацию о статусе разработки препарата и клинических испытаниях.
Терапевтические показания : Поиск терапевтических показаний и областей заболевания
Механизм действия : получение данных о механизме действия и целевом взаимодействии.

Анализ химических свойств (4 инструмента)

Анализ ADMET : анализ свойств ADMET (поглощение, распределение, метаболизм, выведение, токсичность)
Молекулярные дескрипторы : расчет молекулярных дескрипторов и физико-химических свойств.
Прогнозирование растворимости : прогнозирование свойств растворимости в воде и проницаемости.
Оценка сходства с наркотиками : оценка сходства с наркотиками с использованием правила пяти Липинского и других показателей.

Расширенный поиск и перекрестные ссылки (4 инструмента)

Поиск подструктур : поиск соединений, содержащих определенные подструктуры.
Пакетная обработка : эффективная обработка нескольких идентификаторов ChEMBL
Внешние ссылки : получите ссылки на внешние базы данных (PubChem, DrugBank, PDB и т. д.)
Расширенный поиск : сложные запросы с несколькими химическими и биологическими фильтрами

Шаблоны ресурсов

Прямой доступ к данным ChEMBL через шаблоны URI для бесшовной интеграции

Установка

Предпосылки

Node.js (v16 или выше)
нпм или пряжа

Настраивать

Клонируйте репозиторий:

git clone <repository-url>
cd chembl-server

Установить зависимости:

npm install

Создайте проект:

npm run build

Докер

Создание образа Docker

Создайте образ Docker:

docker build -t chembl-mcp-server .

Работа с Docker

Запустите контейнер:

docker run -i chembl-mcp-server

Для интеграции клиента MCP вы можете использовать контейнер напрямую:

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "chembl-mcp-server"],
      "env": {}
    }
  }
}

Использование

Как сервер MCP

Сервер предназначен для работы в качестве сервера MCP, который взаимодействует через stdio:

npm start

Добавление в конфигурацию клиента MCP

Добавьте сервер в конфигурацию вашего клиента MCP (например, Claude Desktop):

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/chembl-server/build/index.js"],
      "env": {}
    }
  }
}

Доступные инструменты

1. поиск_соединений

Поиск соединений в базе данных ChEMBL по названию, синониму или идентификатору.

Параметры:

query (обязательно): Поисковый запрос (имя соединения, синоним или идентификатор)
limit (необязательно): количество возвращаемых результатов (1-1000, по умолчанию: 25)
offset (необязательно): количество результатов, которые нужно пропустить (по умолчанию: 0)

Пример:

{
  "query": "aspirin",
  "limit": 10
}

2. получить_информацию_о_соединении

Получите подробную информацию о конкретном соединении по идентификатору ChEMBL.

Параметры:

chembl_id (обязательно): идентификатор соединения ChEMBL (например, CHEMBL25)

Пример:

{
  "chembl_id": "CHEMBL25"
}

3. цели_поиска

Поиск биологических целей по названию или типу.

Параметры:

query (обязательно): Имя цели или поисковый запрос
target_type (необязательно): Фильтр типа цели (например, ОТДЕЛЬНЫЙ БЕЛОК, КОМПЛЕКС БЕЛКОВ)
organism (необязательно): Фильтр организмов
limit (необязательно): количество возвращаемых результатов (1-1000, по умолчанию: 25)

Пример:

{
  "query": "dopamine receptor",
  "organism": "Homo sapiens",
  "limit": 5
}

4. поиск_активности

Поиск результатов измерений биологической активности и анализов.

Параметры:

target_chembl_id (необязательно): фильтр идентификатора цели ChEMBL
assay_chembl_id (необязательно): фильтр идентификатора анализа ChEMBL
molecule_chembl_id (необязательно): фильтр идентификаторов соединений ChEMBL
activity_type (необязательно): Тип активности (например, IC50, Ki, EC50)
limit (необязательно): количество возвращаемых результатов (1-1000, по умолчанию: 25)

Пример:

{
  "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
  "activity_type": "IC50",
  "limit": 50
}

5. пакетный_составной_поиск

Эффективная обработка нескольких идентификаторов ChEMBL.

Параметры:

chembl_ids (обязательно): Массив идентификаторов соединений ChEMBL (1-50)

Пример:

{
  "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642"]
}

Шаблоны ресурсов

Сервер обеспечивает прямой доступ к данным ChEMBL через шаблоны URI:

1. Составная информация

URI : chembl://compound/{chembl_id}
Описание : Полная информация о соединении для идентификатора ChEMBL
Пример : chembl://compound/CHEMBL25

2. Целевая информация

URI : chembl://target/{chembl_id}
Описание : Полная информация о цели для идентификатора цели ChEMBL
Пример : chembl://target/CHEMBL2095173

3. Информация об анализе

URI : chembl://assay/{chembl_id}
Описание : Полная информация об анализе для идентификатора анализа ChEMBL.
Пример : chembl://assay/CHEMBL1217643

4. Информация о деятельности

URI : chembl://activity/{activity_id}
Описание : Данные измерения биоактивности для идентификатора активности
Пример : chembl://activity/12345678

5. Результаты поиска

URI : chembl://search/{query}
Описание : Результаты поиска соединений, соответствующих запросу
Пример : chembl://search/aspirin

Примеры

Базовый поиск соединений

Поиск соединений, связанных с аспирином:

// Tool call
{
  "tool": "search_compounds",
  "arguments": {
    "query": "aspirin",
    "limit": 5
  }
}

Получите подробную информацию о соединении

Получите исчерпывающую информацию об аспирине:

// Tool call
{
  "tool": "get_compound_info",
  "arguments": {
    "chembl_id": "CHEMBL25"
  }
}

Поиск на основе цели

Найдите соединения, протестированные против дофаминовых рецепторов:

// Tool call
{
  "tool": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "dopamine receptor D2",
    "organism": "Homo sapiens"
  }
}

Анализ биоактивности

Поиск данных IC50 по определенной цели:

// Tool call
{
  "tool": "search_activities",
  "arguments": {
    "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
    "activity_type": "IC50",
    "limit": 100
  }
}

Пакетная обработка

Эффективная обработка нескольких соединений:

// Tool call
{
  "tool": "batch_compound_lookup",
  "arguments": {
    "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642", "CHEMBL1201585"]
  }
}

API-интеграция

Этот сервер интегрируется с ChEMBL REST API для программного доступа к химическим данным. Для получения дополнительной информации о ChEMBL:

Веб-сайт ChEMBL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/
Документация API : https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
Руководство по REST API : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs

Все запросы API включают в себя:

Пользовательский агент : ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
Тайм-аут : 30 секунд
Базовый URL : https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

Обработка ошибок

Сервер включает в себя комплексную обработку ошибок:

Проверка входных данных : все параметры проверяются с использованием защиты типов.
Ошибки API : ошибки сети и API обнаруживаются и возвращаются с описательными сообщениями.
Обработка тайм-аута : запрашивает тайм-аут через 30 секунд
Постепенная деградация : частичные отказы обрабатываются соответствующим образом.

Разработка

Построить проект

npm run build

Режим разработки

Запустите компилятор TypeScript в режиме наблюдения:

npm run dev

Структура проекта

chembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript output
├── package.json          # Node.js dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

Зависимости

@modelcontextprotocol/sdk : Core MCP SDK для реализации сервера
axios : HTTP-клиент для запросов API ChEMBL
typescript : Компилятор TypeScript для разработки

Лицензия

Лицензия Массачусетского технологического института

Внося вклад

Форк репозитория
Создать ветку функций
Внесите изменения
Добавьте тесты, если применимо
Отправить запрос на извлечение

Поддерживать

По вопросам и проблемам:

Проверьте документацию API ChEMBL
Ознакомьтесь со спецификацией протокола контекста модели.
Открыть вопрос в репозитории

О дополненной природе

Этот комплексный сервер ChEMBL MCP разработан компанией Augmented Nature , ведущим новатором в области решений для биоинформатики и вычислительной химии на основе ИИ. Augmented Nature специализируется на создании передовых инструментов, которые заполняют пробел между искусственным интеллектом и химическими исследованиями, позволяя исследователям получать более глубокие знания из химических и биологических данных.

Полный справочник инструментов

Основные инструменты поиска и извлечения химических веществ

search_compounds — Поиск в базе данных ChEMBL по имени, синониму или идентификатору
get_compound_info - Получить подробную информацию о соединении по ChEMBL ID
search_by_inchi - Поиск соединений по ключу InChI или строке InChI
get_compound_structure — получение химических структур в различных форматах
search_similar_compounds - Поиск химически схожих соединений с использованием сходства Танимото

Инструменты анализа целей и обнаружения лекарств

search_targets - Поиск биологических целей по названию или типу
get_target_info - Получить подробную информацию о цели по идентификатору цели ChEMBL
get_target_compounds — Получить соединения, протестированные на конкретных целях
search_by_uniprot - Поиск целей ChEMBL по доступу UniProt
get_target_pathways — Получить биологические пути, связанные с целями

Инструменты для анализа данных и биологической активности

search_activities - Поиск измерений биоактивности и результатов анализов
get_assay_info — получение подробной информации об анализе по идентификатору анализа ChEMBL
search_by_activity_type - Поиск данных о биологической активности по типу активности и диапазону значений
get_dose_response — получение данных о дозе-реакции и профилей активности
compare_activities — сравнение данных о биологической активности нескольких соединений

Инструменты разработки лекарственных средств и клинических данных

search_drugs - Поиск одобренных препаратов и клинических кандидатов
get_drug_info - Получить информацию о статусе разработки препарата и клинических испытаниях
search_drug_indications - Поиск терапевтических показаний и областей заболеваний
get_mechanism_of_action — Получить механизм действия и данные о целевом взаимодействии

Инструменты анализа химических свойств

analyze_admet_properties — Анализ свойств ADMET
calculate_descriptors - Рассчитать молекулярные дескрипторы и физико-химические свойства
predict_solubility - Прогнозирование свойств растворимости и проницаемости в воде
assess_drug_likeness - Оцените сходство с наркотиками, используя правило пяти Липинского

Расширенные инструменты поиска и перекрестных ссылок

substructure_search - Поиск соединений, содержащих определенные подструктуры
batch_compound_lookup — эффективная обработка нескольких идентификаторов ChEMBL
get_external_references — Получить ссылки на внешние базы данных
advanced_search - Сложные запросы с несколькими химическими и биологическими фильтрами

Журнал изменений

v1.0.0 — Первоначальный выпуск

Комплексная химическая разведка : 27 специализированных инструментов для открытия лекарств
Основная функциональность : поиск соединений, целевой анализ, данные о биологической активности
Расширенные функции : поиск по сходству, пакетная обработка, перекрестные ссылки
Шаблоны ресурсов : прямой доступ к данным ChEMBL на основе URI
Поддержка Docker : контейнерное развертывание с лучшими практиками безопасности
Профессиональная документация : полный справочник инструментов и примеры
Разработано Augmented Nature : Профессиональная платформа химической информатики

This server cannot be installed

security - not tested

license - permissive license

quality - not tested

Сервер ChEMBL MCP

Related MCP Servers

salesforce-mcp
leilaabdel
-
security
F
license
-
quality
Salesforce MCP Server
Last updated -
Python
mcp-server-docy
oborchers
-
security
A
license
-
quality
mcp-server-docy
Last updated -
2
Python
MIT License
Substrate MCP Server
ThomasMarches
-
security
A
license
-
quality
Substrate MCP Server
Last updated -
4
Rust
MIT License
litmus-mcp-server
litmusautomation
-
security
A
license
-
quality
litmus-mcp-server
Last updated -
Python
Apache 2.0

View all related MCP servers