cdxml-toolkit

平台支持： 可移植的 CDXML 和 RDKit 工作流可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行。ChemDraw COM 渲染、ChemScript 以及 Word 或 PowerPoint 中的可编辑 ChemDraw 对象需要装有授权桌面版 ChemDraw 的 Windows 主机。

真正的可编辑方案

该仓库生成原生的化学产物，而非仅截图的输出。下面的反应直接从可编辑的 CDXML 通过 ChemDraw COM 导出；其 YAML 描述和 PNG 渲染保留在源文件旁边：

YAML 源文件 · 可编辑 CDXML · 原生 PNG · 更多方案示例

Related MCP server: CovAiLent

提供的功能

快速开始

要求： 64 位 Python 3.10–3.13。可移植的 CDXML 和 RDKit 操作无需 ChemDraw 即可运行。原生渲染、ChemScript 和可编辑的 Office 对象需要 Windows 以及授权的桌面版 ChemDraw 安装。尚不支持 Python 3.14。

conda create -n cdxml python=3.12 pip -y
conda activate cdxml

git clone https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git
Set-Location .\cdxml-toolkit-community

# Both distributions expose the cdxml_toolkit import package.
pip uninstall -y cdxml-toolkit
pip install -e ".[all]"

# Read-only environment and capability report.
cdxml-doctor --no-tests

默认安装包含可移植的 CDXML、RDKit 和 MCP 运行时。可选组为 windows、office、chemscript、analysis、image、decimer、opsin、http、all 和 dev。

当无需检出时，直接安装当前的社区源码：

pip install "cdxml-toolkit-community[all] @ git+https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git@main"

cdxml-doctor --no-tests 不会更改机器。要以交互方式检测 ChemDraw 并准备兼容的 ChemScript 环境，请运行：

cdxml-doctor --no-tests --configure-chemscript
cdxml-doctor --json

ChemScript 是可选的。当 Java 可用时，OPSIN 提供离线的 IUPAC 名称解析。该 wheel 不捆绑 JRE；运行时首先检查 JAVA_HOME 和 PATH 上的 java。可以使用明确的完整性元数据安装预先批准的本地归档：

$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_ZIP = "C:\installers\temurin-jre.zip"
$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_SHA256 = "approved sha256"
cdxml-doctor --no-tests

安装前会检查归档大小、解压后大小、路径、链接以及可选的 SHA-256。

连接智能体

codex 配置暴露全部 35 个工具。直接启动本地 stdio 服务器：

cdxml-mcp --profile codex

对于 Codex，将服务器添加到 %USERPROFILE%\.codex\config.toml，并将 Python 路径替换为 cdxml 环境中的解释器：

[mcp_servers.chemdraw]
command = "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe"
args = ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
startup_timeout_sec = 120
tool_timeout_sec = 600

重启智能体，然后尝试：

Resolve aspirin, draw it as CDXML, and render a PNG preview.

在 %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json 的 mcpServers 下添加服务器：

{
  "mcpServers": {
    "cdxml-toolkit": {
      "command": "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe",
      "args": ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
    }
  }
}

相同的基于进程的配置适用于其他兼容 MCP 的智能体。

当客户端支持项目指令时，将 CLAUDE.md 复制到智能体工作区。它告诉智能体从工具获取分子结构、对图像使用 OCSR、保留化学语义，并验证变换而不是编造结构字符串。

运行时的工作方式

重要的运行时属性：

• 工具调用在子进程工作器中运行，具有可配置的硬超时和结构化错误。

• ChemDraw、Word 和 PowerPoint 自动化共享序列化的原生资源协调。

• 产生输出的工具会验证产物，并避免意外替换现有文件。

• 指标记录计数、持续时间、超时、工作器失败和队列长度，不包含工具参数或分子内容。

• get_toolkit_capabilities 在智能体选择工作流之前报告可用的本地功能。

工具配置

选择最小的有用配置以减少工具选择噪音：

生成的 MCP 工具参考 和 JSON 模式 包含精确的实时签名。CI 会检查两个文件是否有漂移。

Streamable HTTP

Stdio 仍然是本地默认。激活的 Windows 工作站可以在安装 http 附加组件后为可信的远程计算机提供服务：

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

远程绑定需要 bearer 密钥和明确的主机列表。/health 不包含分子数据；当服务器可远程访问时，/metrics 需要身份验证。

DECIMER 图像上传默认禁用。远程识别需要 confirm_upload=true，验证有效负载可解码为图像，并强制执行请求和响应限制。

命令行

方案渲染器接受 YAML、反应 JSON 以及 展示目录 中描述的紧凑文本语法。

开发

python -m pip install -e ".[dev,windows,office,analysis,image]"
python -m pytest -m "not network" -q
python -m build
python -m twine check dist/*

托管 CI 检查 Python 3.10–3.13、MCP SDK 1.x 和 2.x、生成的参考、可移植测试和发行版。原生 ChemDraw、ChemScript、Word 和 PowerPoint 检查在授权的 Windows 工作站上运行。

在提议或发布更改之前，请阅读贡献指南、安全策略 和维护指南。

社区维护

此仓库延续了 leehiufung911/cdxml-toolkit。发行版为 cdxml-toolkit-community；兼容的 Python 导入仍为 cdxml_toolkit。

• 社区维护者：ZiChenWang114514

• 原作者：Hiu Fung Kevin Lee (@leehiufung911)

• 第三方数据和组件声明：NOTICE.md

• 许可证：MIT

原项目由 Hiu Fung Kevin Lee（有机化学博士）指导，并记录为使用 Claude Code (Opus 4.6) 构建和测试。