cdxml-toolkit

Plattformunterstützung: Portable CDXML- und RDKit-Workflows laufen unter Windows, macOS und Linux. ChemDraw-COM-Rendering, ChemScript und bearbeitbare ChemDraw-Objekte in Word oder PowerPoint erfordern einen Windows-Host mit einer lizenzierten Desktop-ChemDraw-Installation.

Ein echtes editierbares Schema

Das Repository erzeugt native Chemie-Artefakte, nicht nur Screenshot-Ausgaben. Die folgende Reaktion wurde direkt aus dem editierbaren CDXML über ChemDraw COM exportiert; ihre YAML-Beschreibung und PNG-Darstellung sind neben der Quelle erhalten:

YAML-Quelle · Editierbares CDXML · Natives PNG · Weitere Schema-Beispiele

Related MCP server: CovAiLent

Was es bietet

Schnellstart

Erforderlich: 64-Bit-Python 3.10–3.13. Portable CDXML- und RDKit-Operationen laufen ohne ChemDraw. Natives Rendering, ChemScript und bearbeitbare Office-Objekte erfordern Windows plus eine lizenzierte Desktop-ChemDraw-Installation. Python 3.14 wird noch nicht unterstützt.

conda create -n cdxml python=3.12 pip -y
conda activate cdxml

git clone https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git
Set-Location .\cdxml-toolkit-community

# Both distributions expose the cdxml_toolkit import package.
pip uninstall -y cdxml-toolkit
pip install -e ".[all]"

# Read-only environment and capability report.
cdxml-doctor --no-tests

Die Standardinstallation enthält die portable CDXML-, RDKit- und MCP-Laufzeit. Optionale Gruppen sind windows, office, chemscript, analysis, image, decimer, opsin, http, all und dev.

Installieren Sie den aktuellen Community-Quellcode direkt, wenn ein Checkout nicht erforderlich ist:

pip install "cdxml-toolkit-community[all] @ git+https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git@main"

cdxml-doctor --no-tests ändert den Rechner nicht. Um ChemDraw zu erkennen und eine kompatible ChemScript-Umgebung interaktiv vorzubereiten, führen Sie aus:

cdxml-doctor --no-tests --configure-chemscript
cdxml-doctor --json

ChemScript ist optional. OPSIN bietet Offline-IUPAC-Namensauflösung, wenn Java verfügbar ist. Das Wheel bündelt keine JRE; die Laufzeit prüft zuerst JAVA_HOME und java auf PATH. Ein vorab genehmigtes lokales Archiv kann mit expliziten Integritätsmetadaten installiert werden:

$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_ZIP = "C:\installers\temurin-jre.zip"
$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_SHA256 = "approved sha256"
cdxml-doctor --no-tests

Archivgröße, extrahierte Größe, Pfade, Links und optionale SHA-256 werden vor der Installation geprüft.

Agent verbinden

Das codex-Profil stellt alle 35 Tools bereit. Starten Sie einen lokalen stdio-Server direkt:

cdxml-mcp --profile codex

Für Codex fügen Sie den Server zu %USERPROFILE%\.codex\config.toml hinzu und ersetzen den Python-Pfad durch den Interpreter aus der cdxml-Umgebung:

[mcp_servers.chemdraw]
command = "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe"
args = ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
startup_timeout_sec = 120
tool_timeout_sec = 600

Starten Sie den Agenten neu und versuchen Sie dann:

Resolve aspirin, draw it as CDXML, and render a PNG preview.

Fügen Sie den Server unter mcpServers in %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json hinzu:

{
  "mcpServers": {
    "cdxml-toolkit": {
      "command": "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe",
      "args": ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
    }
  }
}

Die gleiche prozessbasierte Konfiguration funktioniert mit anderen MCP-kompatiblen Agenten.

Kopieren Sie CLAUDE.md in einen Agent-Arbeitsbereich, wenn der Client Projektanweisungen unterstützt. Es weist den Agenten an, molekulare Strukturen aus Tools zu beziehen, OCSR für Bilder zu verwenden, chemische Semantik zu bewahren und Transformationen zu verifizieren, anstatt Strukturstrings zu erfinden.

So funktioniert die Laufzeit

Wichtige Laufzeiteigenschaften:

• Tool-Aufrufe laufen in Subprozess-Workern mit konfigurierbaren harten Timeouts und strukturierten Fehlern.

• ChemDraw-, Word- und PowerPoint-Automatisierung teilen sich eine serialisierte Koordination nativer Ressourcen.

• Ausgabeproduzierende Tools validieren Artefakte und vermeiden das versehentliche Ersetzen vorhandener Dateien.

• Metriken erfassen Anzahlen, Dauer, Timeouts, Worker-Fehler und Warteschlangenlänge ohne Tool-Argumente oder molekularen Inhalt.

• get_toolkit_capabilities meldet die verfügbaren lokalen Funktionen, bevor ein Agent einen Workflow wählt.

Tool-Profile

Wählen Sie das kleinste sinnvolle Profil, um Tool-Auswahlrauschen zu reduzieren:

Die generierte MCP-Tool-Referenz und das JSON-Schema enthalten die exakten Live-Signaturen. CI prüft beide Dateien auf Abweichungen.

Streamable HTTP

Stdio bleibt der lokale Standard. Eine aktivierte Windows-Workstation kann nach Installation des http-Extras einen vertrauenswürdigen Remote-Computer bedienen:

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

Remote-Bindung erfordert einen Bearer-Schlüssel und eine explizite Hostliste. /health enthält keine Moleküldaten; /metrics erfordert Authentifizierung, wenn der Server remote erreichbar ist.

DECIMER-Bild-Upload ist standardmäßig deaktiviert. Remote-Erkennung erfordert confirm_upload=true, validiert, dass die Nutzlast als Bild dekodiert, und erzwingt Anfrage- und Antwortlimits.

Befehlszeile

Der Schema-Renderer akzeptiert YAML, Reaktions-JSON und eine kompakte Textsyntax, die im Showcase-Katalog beschrieben ist.

Entwicklung

python -m pip install -e ".[dev,windows,office,analysis,image]"
python -m pytest -m "not network" -q
python -m build
python -m twine check dist/*

Gehostete CI prüft Python 3.10–3.13, MCP SDK 1.x und 2.x, generierte Referenzen, portable Tests und Distributionen. Native ChemDraw-, ChemScript-, Word- und PowerPoint-Prüfungen laufen auf einer lizenzierten Windows-Workstation.

Lesen Sie den Beitragsleitfaden, die Sicherheitsrichtlinie und den Wartungsleitfaden, bevor Sie Änderungen vorschlagen oder veröffentlichen.

Community-Verantwortung

Dieses Repository führt leehiufung911/cdxml-toolkit fort. Die Distribution ist cdxml-toolkit-community; der kompatible Python-Import bleibt cdxml_toolkit.

• Community-Maintainer: ZiChenWang114514

• Originalautor: Hiu Fung Kevin Lee (@leehiufung911)

• Hinweise zu Drittanbieterdaten und -komponenten: NOTICE.md

• Lizenz: MIT

Das ursprüngliche Projekt wurde von Hiu Fung Kevin Lee, einem promovierten organischen Chemiker, geleitet und als mit Claude Code (Opus 4.6) erstellt und getestet dokumentiert.