cdxml-toolkit

플랫폼 지원: 대용 CDXML 및 RKit 워크플로우는 Windows, macOS, Linux에서 실행됩니다. ChemDraw COM 렌더링, ChemScript, Word 또는 PowerPoint에서 편집 가능한 ChemDraw 개브젝트는 라이선스가 있는 데스크톱 ChemDraw 설장과 Windows 호스트가 필ॉ합니디.

실제 편집 가능한 스킴

이 저장소는 스크린샷 전용 결과가 아니라 네이티브 화학 아티팩트를 생산합니다. 아래 반응은 편집 가능한 CDX에서 ChemDraw COM을 통해 직접 내보내졌으며, 그 YAML 설명과 PNG 렌더링도 소스와 함께 보존됩니다:

YAML 소스 · 편집 가능한 CDXML · 네이티브 PNG · 더 많은 반응 스킴 예제

Related MCP server: CovAiLent

제공 기능

시작하기

요구 사항: 64-비트 Python 3.10–3.13. 대 CDXML과 RDKit 작업은 ChemDraw 없이 실행됩니다. 네이티브 렌더링, ChemScript, 편집 가능한 Office 객체는 Windows + 라이선스 데스크톱 ChemDraw 설직 필요합니다. Python 3.14는 아직 지원되지 않습니다.

conda create -n cdxml python=3.12 pip -y
conda activate cdxml

git clone https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git
Set-Location .\cdxml-toolkit-community

# Both distributions expose the cdxml_toolkit import package.
pip uninstall -y cdxml-toolkit
pip install -e ".[all]"

# Read-only environment and capability report.
cdxml-doctor --no-tests

기본 설치에는 휴대용 ChemSCXML, RDKit 및 MCP 런타임이 포함됩니다. 옵션 그룹은 windows, office, chemscript, analysis, image, decimer, opsin, http, all, dev입니다. 체크아웃이 필요 없는 경우 현재 커뮤니티 소스를 직접 설치합니다:

pip install "cdxml-toolkit-community[all] @ git+https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git@main"

cdxml-doctor --no-tests는 뮤신을 변궁하지 않습니다. ChemDraw를 감지하고 호환되는 ChemScript 환경을 인터랙티브하게 준비하려면 다음을 실행합니다:

cdxml-doctor --no-tests --configure-chemscript
cdxml-doctor --json

ChemScript는 옵션입니다. OPSIN은 Java를 사용할 수 있는 경우에 오프라인 IUPAC 이름 해석을 제공합니다. wheel에는 JRE가 번들되지 않습니다; 런타임은 나중에 JAVA_HOME 및 PATH의 java를 확인합니다. 사전 승인된 로컬 아카이브는 명시적인 무결성 정보와 함께 설치될 수 있습니다:

$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_ZIP = "C:\installers\temurin-jre.zip"
$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_SHA256 = "approved sha256"
cdxml-doctor --no-tests

설치 전에 아카이브 크기, 압축 해제 후 크기, 경로, 링크, 선택적 SHA-256 체크가 수행됩니다.

에이전트 연결하기

codex 프로필은 모든 35개 도구를 노출합니다. 로컬 stdio 서버를 직접 시작합니다:

cdxml-mcp --profile codex

Codex에 서버를 %USERPROFILE%\.codex\config.toml에 추가하고 Python 경로를 해당 cdxml 환경의 인터후리터로 바꿉니다:

[mcp_servers.chemdraw]
command = "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe"
args = ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
startup_timeout_sec = 120
tool_timeout_sec = 600

에이전트를 다시 시작한 후 다음을 시도합니다:

Resolve aspirin, draw it as CDXML, and render a PNG preview.

%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json의 mcpServers 아래에 서버를 추가합니다:

{
  "mcpServers": {
    "cdxml-toolkit": {
      "command": "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe",
      "args": ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
    }
  }
}

동일한 프로세스 기반 설정은 다른 MCP 호환 에이전트에서도 작동합니다.

클라이언트가 프로젝트 지침을 지원하면 CLAUDE.md를 에이전트 작업 공간에 붙여넣습니다. 이 파일은 에이전트가 구조 문자열을 임의로 생성하지 않고, 도구에서 분자 구조를 가져오고, 이미지에는 OCSR을 사용하며, 화학 의미를 보존하고, 변환을 검증함을 알려주게 됩니다.

런타임 작동 방식

런타임의 주요 속성:

• 도구 호출은 구성 가능한 하드 타임아웃과 구조화된 오류를 갖는 하위 프로세스 워커에서 실행됩니다.

• ChemDraw, Word, PowerPoint 자동화는 직렬화된 네이티브 리소스 조정을 공유합니다.

• 결과물을 생성하는 도구는 아티팩트를 검증하고 기존 파일을 의도치 않게 교체하지 않습니다.

• 메트릭은 도구 아규먼트나 분자 내용을 제외한 요청 수, 지속 시간, 시간 초과, 워커 오류, 대기열 길이를 기록합니다.

• get_toolkit_capabilities는 에이전트가 작업 흐름을 선택하기 전에 현재 사용 가능한 로컬 기능을 보고합니다.

도구 프로필

선택 노이즈를 줄이기 위해 가장 유용한 크기로 프로필을 선택하세요:

생성된 MCP tool reference와 JSON 스키마는 정확한 라이브 시그니처를 포함합니다. CI는 두 파일이 일치하는지 확인합니다.

Streamable HTTP

stdio는 여전히 로컬 기본값입니다. http 추가 설치 후, active Windows 워크스테이션은 신뢰하는 원격 컴퓨터에 연결할 수 있습니다:

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

리모트 바인딩은 볼러 키와 명시적인 호스트 목록이 필요합니다. /health에는 분자 구조가 없습니다; /metrics는 원격 접근이 가능하면 인증합니다.

DECIMER 이미지 업로드는 기본적으로 비활성화됩니다. 원격 인식은 confirm_upload=true로 지정해야 하며, 페이로드가 이미지로 디코딩에 실패하는지 검증하고 요청과 응답 의미를 강제합니다.

명령줄

스킴 렌더링은 YAML, 반응 JSON, 컴팩트한 텍스트와 형식(예: showcase 카탈로그 참조)을 지원합니다. 자세한 내용은 쇼케이스 카탈로그를 참조하세요.

개발

python -m pip install -e ".[dev,windows,office,analysis,image]"
python -m pytest -m "not network" -q
python -m build
python -m twine check dist/*

호스트CI: Python 3.10–3.13, MCP SDK 1.x · 2.x, 포터블 테스트, 분산 빌드를 검증합니다. 네이티브 ChemDraw, ChemScript, Word, PowerPoint 시나리오는 라이선스된 Windows 워크스테이션에서 점검합니다.

변경하거나 릴리스하기 전에 기여 가이드, 보안 정책, 그리고 유지 관리 가이드를 읽으세요.

커뮤니티 관리

이 리포지토리는 leehiufung911/cdxml-toolkit의 후속 버전입니다. 배포판 명은 cdxml-toolkit-community이며, 호환되는 Python пакеإt와는 cdxml_toolkit입니다.

• 커뮤니티 관리자: ZiChenWang114514

• 원작자: Hiu Fung Kevin Lee (@leehiufung911)

• 타사 데이터 및 구성 요소 정보: NOTICE.md

• 라이선스: MIT

이 원저 프로젝트는 유기화학 박사인 Hiu Fung Kevin Lee에 의해 지휘되었으며, Claude Code(Opus 4.6)를 사용하여 오픈소스로 빌드되고 검증된 것으로 기록되어 있습니다.