cdxml-toolkit

Soporte de plataforma: Los flujos de trabajo portátiles de CDXML y RDKit se ejecutan en Windows, macOS y Linux. El renderizado COM de ChemDraw, ChemScript y los objetos editables de ChemDraw en Word o PowerPoint requieren un host Windows con una instalación de escritorio de ChemDraw con licencia.

Un esquema editable real

El repositorio produce artefactos químicos nativos, no solo salida de capturas de pantalla. La reacción siguiente se exportó directamente desde el CDXML editable a través de ChemDraw COM; su descripción YAML y su render PNG se conservan junto a la fuente:

Fuente YAML · CDXML editable · PNG nativo · Más ejemplos de esquemas

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Qué proporciona

Inicio rápido

Requisito: Python 3.10–3.13 de 64 bits. Las operaciones portátiles de CDXML y RDKit se ejecutan sin ChemDraw. El renderizado nativo, ChemScript y los objetos de Office editables requieren Windows y una instalación de escritorio de ChemDraw con licencia. Python 3.14 aún no es compatible.

conda create -n cdxml python=3.12 pip -y
conda activate cdxml

git clone https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git
Set-Location .\cdxml-toolkit-community

# Both distributions expose the cdxml_toolkit import package.
pip uninstall -y cdxml-toolkit
pip install -e ".[all]"

# Read-only environment and capability report.
cdxml-doctor --no-tests

La instalación predeterminada incluye el runtime portátil de CDXML, RDKit y MCP. Los grupos opcionales son windows, office, chemscript, analysis, image, decimer, opsin, http, all y dev.

Instale la fuente comunitaria actual directamente cuando no sea necesario un checkout:

pip install "cdxml-toolkit-community[all] @ git+https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git@main"

cdxml-doctor --no-tests no cambia la máquina. Para detectar ChemDraw y preparar un entorno ChemScript compatible de forma interactiva, ejecute:

cdxml-doctor --no-tests --configure-chemscript
cdxml-doctor --json

ChemScript es opcional. OPSIN proporciona resolución de nombres IUPAC sin conexión cuando Java está disponible. La rueda no incluye un JRE; el runtime primero comprueba JAVA_HOME y java en PATH. Un archivo local preaprobado se puede instalar con metadatos de integridad explícitos:

$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_ZIP = "C:\installers\temurin-jre.zip"
$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_SHA256 = "approved sha256"
cdxml-doctor --no-tests

El tamaño del archivo, el tamaño extraído, las rutas, los enlaces y el SHA-256 opcional se comprueban antes de la instalación.

Conectar un agente

El perfil codex expone las 35 herramientas. Inicie un servidor stdio local directamente:

cdxml-mcp --profile codex

Para Codex, agregue el servidor a %USERPROFILE%\.codex\config.toml y reemplace la ruta de Python con el intérprete del entorno cdxml:

[mcp_servers.chemdraw]
command = "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe"
args = ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
startup_timeout_sec = 120
tool_timeout_sec = 600

Reinicie el agente y luego pruebe:

Resolve aspirin, draw it as CDXML, and render a PNG preview.

Agregue el servidor bajo mcpServers en %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "cdxml-toolkit": {
      "command": "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe",
      "args": ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
    }
  }
}

La misma configuración basada en procesos funciona con otros agentes compatibles con MCP.

Copie CLAUDE.md en un espacio de trabajo de agente cuando el cliente admita instrucciones de proyecto. Le indica al agente que obtenga estructuras moleculares de las herramientas, use OCSR para imágenes, preserve la semántica química y verifique las transformaciones en lugar de inventar cadenas de estructura.

Cómo funciona el runtime

Propiedades importantes del runtime:

• Las llamadas a herramientas se ejecutan en trabajadores de subprocesos con tiempos de espera máximos configurables y errores estructurados.

• La automatización de ChemDraw, Word y PowerPoint comparte una coordinación serializada de recursos nativos.

• Las herramientas que producen salida validan los artefactos y evitan reemplazar archivos existentes sin querer.

• Las métricas registran recuentos, duración, tiempos de espera, fallos de trabajadores y longitud de la cola sin argumentos de herramientas ni contenido molecular.

• get_toolkit_capabilities informa de las características locales disponibles antes de que un agente elija un flujo de trabajo.

Perfiles de herramientas

Elija el perfil más pequeño útil para reducir el ruido de selección de herramientas:

La referencia de herramientas MCP generada y el esquema JSON contienen las firmas en vivo exactas. CI comprueba ambos archivos para detectar desviaciones.

HTTP Streamable

Stdio sigue siendo el valor predeterminado local. Una estación de trabajo Windows activada puede servir a un ordenador remoto de confianza después de instalar el extra http:

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

El enlace remoto requiere una clave de portador y una lista de hosts explícita. /health no contiene datos de moléculas; /metrics requiere autenticación cuando el servidor es accesible de forma remota.

La carga de imágenes DECIMER está deshabilitada por defecto. El reconocimiento remoto requiere confirm_upload=true, valida que la carga útil se decodifique como imagen y aplica límites de solicitud y respuesta.

Línea de comandos

El renderizador de esquemas acepta YAML, JSON de reacción y una sintaxis de texto compacta descrita en el catálogo de showcase.

Desarrollo

python -m pip install -e ".[dev,windows,office,analysis,image]"
python -m pytest -m "not network" -q
python -m build
python -m twine check dist/*

CI alojado comprueba Python 3.10–3.13, MCP SDK 1.x y 2.x, referencias generadas, pruebas portátiles y distribuciones. Las comprobaciones nativas de ChemDraw, ChemScript, Word y PowerPoint se ejecutan en una estación de trabajo Windows con licencia.

Lea la guía de contribución, la política de seguridad y la guía de mantenimiento antes de proponer o publicar cambios.

Administración comunitaria

Este repositorio continúa leehiufung911/cdxml-toolkit. La distribución es cdxml-toolkit-community; la importación de Python compatible sigue siendo cdxml_toolkit.

• Mantenedor comunitario: ZiChenWang114514

• Autor original: Hiu Fung Kevin Lee (@leehiufung911)

• Avisos de datos y componentes de terceros: NOTICE.md

• Licencia: MIT

El proyecto original fue dirigido por Hiu Fung Kevin Lee, un químico orgánico con doctorado, y documentado como construido y probado con Claude Code (Opus 4.6).