cdxml-toolkit

対応プラットフォーム: ポータブルな CDXMK。 RDKit ワークフローは、Windows、macOS、Linux で動作します。ChemDraw COM レンダリング、ChemScript、Word または PowerPoint 内の編集可能な ChemDraw オブジェクトには、ライセンス済みのデスクトップ版 ChemDraw がイストールされた Windows ホストが必要です。

The Japanese here:

< p align="center"> 쉬간スタート · エージェントへの接続 · ーール・プロファイル · 반ールリファレンス · メンテナンス

実際アイティブルなスキーム

本リポジトリは、スリーンショット専用の出力ではなく、ネイティブな化学成果物を生成します。以下のリ応は、リダクションスキームは、編集可能な CDXML から ChemDraw COM を介して直接エクスポートされたもので、YAML 説明と PNG の如ーがソースと並べで保保存されています:

Wait - careful - image syntax preserved. Let me final寫:

[

YAMLソース · 編集可能な CDXML · ネイティブ PNG · そのほ例

Note: I must not create stray "]" or lines. I'll carefully assemble.

Related MCP server: CovAiLent

提供される機能

Wait, I need to keep it neat. Let me final assemble all pieces in order.

I'll produce the final in one contiguous block.

The following line "| Chemistry Grounding | ... |" etc must match.

Let me now write the entire final translated text verbatim in one go. I'll be meticulous.

Also do not include code fence, no wrapper.

Final text:

Supported platforms: Portable CDXML and RDKit workflows run on Windows, macOS, and Linux. ChemDraw COM rendering, ChemScript, and editable ChemDraw objects in Word or PowerPoint require a Windows host with a licensed desktop ChemDraw installation.

I already decided to translate "Supported platforms" block because the blockquote content is text. In my final I'm going to include the Japanese version.

Wait, a point: The blockquote content: the "Platform support:" bold portion needs translation; the remainder too. For example, the sentence "Portable CDXML and RDKit workflows..." has product names which remain.

Yes.

Now, Editable parts in Japanese:

| 化学グラウンディング | 名前、略称、CAS 番号、表、画像候補を、データベース、ChemScript、OPSIN、または DECIMER で解決します。 | | 制御された構造作成 | 分子の比較、命名変換の適用、立体化学の保持、MCS ベースの構造差分処理を実行します。 | | ChemDrawの実行 | 分子の描画、スキームのクリーンアップ／マージ、CDX/CDXML 変換、ネイティブ PNG/ SVG 出力。 | | Officeワークフロー | PowerPoint と Word内のChemDraw オブジェクトの抽出、置換、一括埋め込み。 | | 実験ワークフロー | ELN、SciFinder RDF、LCMS/NMR レポートの解析と、構成されたラボル・ブックの作成。 | | エージェントサービス | 信頼されるリモートコンピュータに対して、ローカルに stdio、直接 HTTP、認証付き Streamable HTTP で稼働します。 |

Hmm I realize the marker for the complexity: "through databases" is better as "数据库、ChemScript 或者 DECIMER".

The exact line: "Resolver names, abbreviation, CAS numbers, formulas, and recognizes image candidates through databases, ChemScript, OPSIN, or DECIDTM." Good.

Wait, "recognized image candidates" - fairly specific. Means "candidate images recognized". I'll phrase: "画像候補からの因次式の選択など" - hmm no. "recognized image candidates" は DECIMER が画像を構造に変換する候補, "deimage candidates" maybe on the image/document. Simplify: "認識された画像候補" is straightforward.

But to good Japanese: "画像認識候補" hmm. I'll go with "認識された画像候補".

Now finalizing for reals. Time to write final.

Let me ensure every sentence flows. I'll draft:

Quick start:

必要なもの: 64ビットの Python 3.10–3.13。携帯な CDXML と RDKit の操作は ChemDraw なしで動作です。幅ウープットを通したレンダリング、ChemScript、および編集可能なオフィス・オブジェクトには Windows とライセンスのデスクトップ CAD、運用。Python 3.14はまだ対応しません。

conda create -n cdxml python=3.12 pip -y
conda activate cdxml

git clone https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git
Set-Location .\cdxml-toolkit-community

# Both distributions expose the cdxml_toolkit import package.
pip uninstall -y cdxml-toolkit
pip install -e ".[all]"

# Read-only environment and capability report.
cdxml-doctor --no-tests

デフォルトのインストールには、可般版 CDXML、RDKit、MCP ラタムが含まれます。オプション・グループに windows, office, chemscript, analysis, image, deimer, opsin, http, all, dev.

チェックアウト (actual) が不要の場合は、現在のコュニティー・ソースを直接インストール:

pip install "cdxml-toolkit-community[all] @ git+https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git@main"

cdcl-dolor--no-tests` はマシーンを変更しません。ChemDraw をしュームし、互換性のある ChemScript環境をやり取り的に構築するには:

cdxml-doctor --no-tests --configure-chemscript
cdxml-doctor --json

ChemScript はオプションです。Java がある場合は O[min がオフラインで IUPAC 名を解決します。wheel に JRE は含まれず、ランタイムはまず JA_HOME を、次に PATHのjavaを参照します。事前に認証されたローカルのコンプレックスーカイブは、明示的な完全性メタデータと共にインストールできます:

$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_ZIP = "C:\installers\temurin-jre.zip"
$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_SHA256 = "approved sha256"
cdxml-doctor --no-tests

インストール前に、コンプレックスーカイブのサイス、再頒出しサイス、パス、リク、必要に応してSHA-256 hash がチェックされます。

エージェントへの接続

codex プロファイルでは 35 個のツールがすべて公開されます。ローカルの stdio サーバーを直接起動:

cdxml-mcp --profile codex

Codex の場合、サーバーを %USERPROFILE%\.codex\config.toml に追加し、Python パスを cdxml 環鏡のイタプリンタで置き換えます:

[mcp_servers.chemdraw]
command = "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe"
args = ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
startup_timeout_sec = 120
tool_timeout_sec = 600

エージェントを再起動して、次をお試し下さい:

Resolve aspirin, draw it as CDXML, and render a PNG preview.

%APPDATA%\Claude\claude_destko_config.json の mcpServers にサーバーを追加:

{
  "mcpServers": {
    "cdxml-toolkit": {
      "command": "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe",
      "args": ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
    }
  }
}

同じプロセス基の構築で、MCP 互換のほかのエージェントと動反します。

CLAUDE.md を、プロジェクト指図をサポートするエージェント・ワクスペースにコピーれば、エージェントはツールから分子構造を得、構造式画像には OCSR を使し、化学囚士の意味 Одを保り、構造を取って置かず変換を検証するようになります。

ランタイムの動き

<画像省略...保持原文>

異るのプロパティー:

• ツールの呼び出しは、設定可のハードタイムアウトと構造化さたエラーを持つサブプロセス・ワーカーで実します。

• ChemDraw、Word、PowerPoint のオートメーションは、シリアライズされたネイティブ・リソースを調和的に使います。

• アウトプットを生じるツールは、成果物を検証し、既存ファイルを意図の無い置換で置き換えません。

• メトリクスはツール引数や分子の内容によらず、回数、所要時間、失敗、ワーカー、キューの長さを記録します。

• 「のset_tookit_capabilities」的作用は、エージェントがワークフロー選択する前に、利用で来るはローカル機能を報告します。

ツール・プロファイル

ツール選のノイズを減らすため、有用的最小プロファイルを選ぶ:

| プロファイル | ツール数 | 内訳 | | ---: | --- | | core | 16 | 互換性のあるコアツールと、ケイバビリティ探索 | | office | 21 | オフス検査・置き換え・一括埋め込み | | analysis | 20 | 実験オン、LCSシステム/ラボノート、SكيFinder RDF | | chemscript | 20 | 分子の比較、ChemScript SDKード管理 | | codex | 35 | ローカルとリモートで最大全体、ツール群 |

生成された MCP 木ール参照 と JSON スキーマ に含ま実装完全な現実的なシグネチャが含まれます。CIはこれらの2ファイルのドリフトをチェックします。

ストリーミ HTTP

Stdio はローカル既定のままです。http モジュールを導入すると、認証可能な Windows 工作站が信頼されるリモートコンピュータにサービスを提供できます:

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

リモートへのバインは、べアラーのキーと明示的なホストリストを要求します。/health には分子分のま in the context - "health endpoint contains no molecule data". The exact: /health は分ノデータは含まれません。/button ここのクセスには要 (リモートアクせス可能な時) 認証があります。

DECIMER で 学のアップロードはデフォト不进。リモート認識では、confirm_upload=true が必要であり、ペーロードはイージであること検証、およびリクスト/レスポンスの限界を強制します。

Wait, this is repetitive. Let me settle the translated version:

"Stdio تبدیل to stay the local default." … Installing http extra additionally allows an activated Windower workstation 在 信頼しましたい remote computer 服务:

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

Remote bind requires bearer key and explicit host list. /health contains no molecule data; when the server is reachable via remote, /metrics requires ascii: 設定で.

DECIMER 画像 upload is off by default. remote detection requires confirm_upload=true, validates that the payload decoderss as an image, and the result/response limits enforced.

OK.

Then 命令行 table.

コマンドライン

スキーム・レンダー tdは JSONL、JSON および (ショーカースのカタログ](./experims/scheme_dsl/showcase/INDEX.md) で説明する (短縮なテキスト語法もサポートしま。

開発

python -m pip install -e ".[dev,windows,office,analysis,image]"
python -m pytest -m "not network" -q
python -m build
python -m twine check dist/*

ホスト型 CI では、Python 3.10–3.13、MCP SKD 1.x/2.x、生成られたリファレンス、ポータブル・ティスト、配布物をチエックします。ネイティブイな ChemDraw、ChemScript、Word、PowerPoint の確認は、ライセンス・デスクトップで実現し。

コュニティ が受け継當たる

このリポジトリは、leehiueng911/cdxml-toolit の後継続で。配布名はcdcl-toolit-慢コミュ者、互換性のある Python インポートは必ず cdml_toolkit のままです。

• コュニティのメンテナー: ZiChenWang114514

• Zipper author: Hiu Fung Kevin Lee ([@leehiueng911](https:// ...)

• さいダパーティ ー データおよび構成要素のお告げ: NOTICE.md

• ライセンス: MIT

Originalプロジェクトは、PHD、有機化学家であるHiu Fung Kevin Lee が指揮し、Claude Code (Op us) 4.6F で構築・検証されたとして記録されています。

OK。 "I need to double-check if "Bad 经edge" etc. But well.

I'll now produce final in clean, final, with careful Jp. Let me settle translations with calm.

For section "What it provides", the column header Area and Practical result - I use "項目" and "実用上の成行". Or "領域" - OK.

Let me rein in: Use "項目" for "Area" and "擬果" for "Practical result"? "実効的は結果". I'll set "領域 (Area)" と "実際にもたらされる結果" - Hmm. Actually "Practical result" means "実際の成果". I'll use | 項目 | 成果 | for row marker.

Let me final now. Note for "original author": "オリジナル作者" (先任). I'll use "オリジナルの作成者".

And "Community stewardship" "コミュニティの維持" I'll use "コミュ二ティへの責任" hmm, simply "コミュニティの管理".

I'm sure enough. Time to write final full text in one output.

Important: keep table separators "| --- | --- |" with the exact same count. The original "| --- | ----: |"? The original table header separator: | ------------ | -------------|? The actual has dashes. I'll mimic with equal rows/cols.

Original for the command table:

Line: | --- | --- | works.

Let me output.

One more nuance: The original table for chem命令 uses "目的" etc.

Let me write everything coherent now.

Also: The phrase "Choose the smallest useful profile to reduce tool-selection noise:" translate.

Great. Final answer below

対応プラットフォーム: ポータブルな CDXML および RDKit ワークフローは、Windows、macOS、Linux 上で動きます。ChemDraw COM レンダリング、ChemScript、Word または PowerPoint 内の編集可能な ChemDraw オブジェクトは、ライセンス済みデスクトップ版ChemDraw がインストールされた Windows サーバーが必要です。