cdxml-toolkit

Поддержка платформ: Переносимые рабочие процессы CDXML и RDKit работают на Windows, macOS и Linux. Рендеринг ChemDraw COM, ChemScript и редактируемые объекты ChemDraw в Word или PowerPoint требуют Windows-хоста с лицензированной настольной установкой ChemDraw.

Реальная редактируемая схема

Репозиторий создает нативные химические артефакты, а не только скриншоты. Реакция ниже была экспортирована напрямую из редактируемого CDXML через ChemDraw COM; ее YAML-описание и PNG-рендер сохранены рядом с исходником:

Исходный YAML · Редактируемый CDXML · Нативный PNG · Больше примеров схем

Related MCP server: CovAiLent

Что он предоставляет

Быстрый старт

Требуется: 64-битный Python 3.10–3.13. Переносимые операции CDXML и RDKit работают без ChemDraw. Нативный рендеринг, ChemScript и редактируемые объекты Office требуют Windows и лицензированной настольной установки ChemDraw. Python 3.14 пока не поддерживается.

conda create -n cdxml python=3.12 pip -y
conda activate cdxml

git clone https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git
Set-Location .\cdxml-toolkit-community

# Both distributions expose the cdxml_toolkit import package.
pip uninstall -y cdxml-toolkit
pip install -e ".[all]"

# Read-only environment and capability report.
cdxml-doctor --no-tests

Стандартная установка включает переносимый CDXML, RDKit и среду выполнения MCP. Дополнительные группы: windows, office, chemscript, analysis, image, decimer, opsin, http, all и dev.

pip install "cdxml-toolkit-community[all] @ git+https://github.com/ZiChenWang114514/cdxml-toolkit-community.git@main"

cdxml-doctor --no-tests не изменяет машину. Чтобы обнаружить ChemDraw и подготовить совместимую среду ChemScript в интерактивном режиме, выполните:

cdxml-doctor --no-tests --configure-chemscript
cdxml-doctor --json

ChemScript необязателен. OPSIN обеспечивает офлайн-разрешение названий IUPAC, если доступна Java. Колесо не включает JRE; среда выполнения сначала проверяет JAVA_HOME и java в PATH. Предварительно одобренный локальный архив можно установить с явными метаданными целостности:

$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_ZIP = "C:\installers\temurin-jre.zip"
$env:CDXML_TOOLKIT_JRE_SHA256 = "approved sha256"
cdxml-doctor --no-tests

Размер архива, размер после извлечения, пути, ссылки и необязательный SHA-256 проверяются перед установкой.

Подключение агента

Профиль codex предоставляет все 35 инструментов. Запустите локальный сервер stdio напрямую:

cdxml-mcp --profile codex

Для Codex добавьте сервер в %USERPROFILE%\.codex\config.toml и замените путь Python на интерпретатор из окружения cdxml:

[mcp_servers.chemdraw]
command = "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe"
args = ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
startup_timeout_sec = 120
tool_timeout_sec = 600

Перезапустите агента, затем попробуйте:

Resolve aspirin, draw it as CDXML, and render a PNG preview.

Добавьте сервер в раздел mcpServers в %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "cdxml-toolkit": {
      "command": "C:\\Users\\YOU\\miniconda3\\envs\\cdxml\\python.exe",
      "args": ["-m", "cdxml_toolkit.mcp_runtime", "--profile", "codex"]
    }
  }
}

Та же конфигурация на основе процессов работает с другими агентами, совместимыми с MCP.

Скопируйте CLAUDE.md в рабочее пространство агента, если клиент поддерживает инструкции проекта. Он сообщает агенту получать молекулярные структуры из инструментов, использовать OCSR для изображений, сохранять химическую семантику и проверять преобразования вместо того, чтобы выдумывать строки структур.

Как работает среда выполнения

Важные свойства среды выполнения:

• Вызовы инструментов выполняются в рабочих процессах подпроцессов с настраиваемыми жесткими тайм-аутами и структурированными ошибками.

• Автоматизация ChemDraw, Word и PowerPoint использует сериализованную координацию нативных ресурсов.

• Инструменты, создающие выходные данные, проверяют артефакты и избегают непреднамеренной замены существующих файлов.

• Метрики записывают количество, продолжительность, тайм-ауты, сбои рабочих процессов и длину очереди без аргументов инструментов или молекулярного содержимого.

• get_toolkit_capabilities сообщает о доступных локальных функциях до того, как агент выберет рабочий процесс.

Профили инструментов

Выберите наименьший полезный профиль, чтобы уменьшить шум выбора инструментов:

Сгенерированные справочник инструментов MCP и JSON-схема содержат точные живые сигнатуры. CI проверяет оба файла на расхождения.

Streamable HTTP

Stdio остается локальным по умолчанию. Активированная рабочая станция Windows может обслуживать доверенный удаленный компьютер после установки дополнительного пакета http:

$env:CHEMDRAW_MCP_HTTP_API_KEY = "generate-a-long-random-value"
cdxml-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8029 `
  --allowed-host chemdraw-host.example:8029 `
  --allowed-origin https://trusted-client.example

Удаленная привязка требует ключа носителя и явного списка хостов. /health не содержит данных о молекулах; /metrics требует аутентификации, когда сервер доступен удаленно.

Загрузка изображений DECIMER отключена по умолчанию. Удаленное распознавание требует confirm_upload=true, проверяет, что полезная нагрузка декодируется как изображение, и применяет ограничения на запросы и ответы.

Командная строка

Рендерер схем принимает YAML, JSON реакций и компактный текстовый синтаксис, описанный в каталоге примеров.

Разработка

python -m pip install -e ".[dev,windows,office,analysis,image]"
python -m pytest -m "not network" -q
python -m build
python -m twine check dist/*

Размещенный CI проверяет Python 3.10–3.13, MCP SDK 1.x и 2.x, сгенерированные ссылки, переносимые тесты и дистрибутивы. Нативные проверки ChemDraw, ChemScript, Word и PowerPoint выполняются на лицензированной рабочей станции Windows.

Прочтите руководство по внесению вклада, политику безопасности и руководство по обслуживанию перед предложением или выпуском изменений.

Управление сообществом

Этот репозиторий продолжает leehiufung911/cdxml-toolkit. Дистрибутив называется cdxml-toolkit-community; совместимый импорт Python остается cdxml_toolkit.

• Сопровождающий сообщества: ZiChenWang114514

• Автор оригинала: Hiu Fung Kevin Lee (@leehiufung911)

• Уведомления о сторонних данных и компонентах: NOTICE.md

• Лицензия: MIT

Оригинальный проект был направлен Хью Фунгом Кевином Ли, доктором философии по органической химии, и задокументирован как созданный и протестированный с помощью Claude Code (Opus 4.6).