BioMCP

# Quick Architecture Overview ## System Architecture (Simplified) ``` ┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ Clients │ ├─────────────┬──────────────┬──────────────┬─────────────────┤ │ CLI │ Claude │ Python SDK │ Custom Client │ └──────┬──────┴──────┬───────┴──────┬───────┴─────────┬───────┘ │ │ │ │ └─────────────┴──────────────┴─────────────────┘ │ ┌───────▼────────┐ │ BioMCP Core │ │ (MCP Server) │ └───────┬────────┘ │ ┌───────────────────┼───────────────────┐ │ │ │ ┌───────▼────────┐ ┌────────▼────────┐ ┌───────▼────────┐ │ Article Handler │ │ Trial Handler │ │ Variant Handler │ └───────┬────────┘ └────────┬────────┘ └───────┬────────┘ │ │ │ ┌───────▼────────┐ ┌────────▼────────┐ ┌───────▼────────┐ │ PubMed/PubTator│ │ ClinicalTrials │ │ MyVariant.info │ │ cBioPortal │ │ NCI CTS │ │ AlphaGenome │ └────────────────┘ └─────────────────┘ └────────────────┘ ``` ## Data Flow ``` User Query → Think → Plan → Search → Enrich → Format → Response │ │ │ │ └────────────────────────┴─────────┴────────────────────┘ Cache Layer ``` ## Quick Command Flow ``` $ biomcp article search --gene BRAF │ ▼ Parse Args → Validate → Route to Handler │ ▼ Check Cache Hit? │ Miss? │ │ │ └→ Fetch from API → Store │ │ └─────────────────────────┘ │ ▼ Format & Return ```