BioMCP：基于代理的生物医学研发

概述

BioMCP 是一个模型上下文协议(MCP)服务器，旨在增强大型语言模型的蛋白质结构分析能力。它通过与现有的蛋白质数据库对接，提供分析蛋白质活性位点和搜索疾病相关蛋白质的工具。

未来的工作将围绕使代理商能够利用 BioMCP 展开。

特征

• 活性位点分析：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基
• 疾病蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构
• 集成数据访问：与 RCSB 蛋白质数据库(PDB)无缝连接

技术细节

BioMCP 实现了模型上下文协议 (MCP)，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而无需将这些信息作为训练数据的一部分。该服务器负责处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构洞察。

API 端点

BioMCP 提供两种主要工具：

1. analyze-active-site ：使用 PDB ID 提供有关蛋白质结合位点的详细信息
2. search-disease-proteins ：返回与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质

入门

通过 Smithery 安装

要通过Smithery自动为 Claude Desktop 安装 BioMCP：

手动安装

设置说明

运行 MCP 检查器

1. 启动 BioMCP 服务器：
   npm start
2. 在单独的终端中，全局安装 MCP Inspector（如果尚未安装）：
   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
3. 启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器：
   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
4. 使用检查器界面测试工具并查看响应。

与 Claude Desktop 一起使用

1. 构建 BioMCP 服务器：
   npm run build
2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：a. 找到你的 Claude Desktop config.json 文件（通常在你的用户目录中）b. 编辑 config.json 文件，添加 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：
   { "globalShortcut": "", "mcpServers": { "bio-mcp": { "command": "node", "args": [ "/path/to/your/build/index.js" ] } } }
   c. 将/path/to/your/build替换为项目目录的实际路径。
3. 重新启动 Claude Desktop 以使更改生效。
4. 您现在可以向 Claude 询问使用 BioMCP 工具的问题：
   • “PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？”
   • “寻找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”

示例用法

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 支持以下查询：

• “PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？”
• “寻找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”

要求

• Node.js 20.0.0 或更高版本
• TypeScript 5.0+
• 兼容 MCP 客户端实现

测试

BioMCP 包括一个全面的测试套件，其中包含单元、集成和端到端测试。

运行测试

运行所有测试：

运行特定的测试套件：

代码检查

检查代码质量：

自动修复 linting 问题：

路线图

• 扩展活动站点描述的详细程度
• 利用三维坐标
• 与文献交互的工具
• 与计算生物学模型接口的工具：
  • 射频扩散
  • 蛋白质MPNN
  • ColabFold
  • 额外的蛋白质设计和结构预测工具
• 基于代理的研究流程
• 向客户介绍蛋白质可视化工具