BioMCP: Facilitación de la I+D biomédica basada en agentes

Descripción general

BioMCP es un servidor de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) diseñado para optimizar modelos lingüísticos extensos con capacidades de análisis de la estructura de proteínas. Proporciona herramientas para analizar los sitios activos de las proteínas y buscar proteínas relacionadas con enfermedades mediante la interacción con bases de datos de proteínas consolidadas.

El trabajo futuro se centrará en permitir que los agentes utilicen el BioMCP.

Características

• Análisis del sitio activo : examine los sitios de unión y los residuos funcionales de las proteínas utilizando identificadores PDB
• Búsqueda de proteínas y enfermedades : encuentre estructuras proteicas asociadas con enfermedades o afecciones médicas específicas.
• Acceso integrado a datos : Conéctese sin problemas con el banco de datos de proteínas RCSB (PDB)

Detalles técnicos

BioMCP implementa el Protocolo de Contexto de Modelo, lo que permite a los modelos de lenguaje acceder a información especializada sobre la estructura de las proteínas sin que esta información forme parte de sus datos de entrenamiento. El servidor gestiona las conexiones API, el formato de datos y la gestión de errores para proporcionar información fiable sobre la estructura de las proteínas.

Puntos finales de API

BioMCP expone dos herramientas principales:

1. analyze-active-site : proporciona información detallada sobre los sitios de unión de proteínas utilizando un ID de PDB
2. search-disease-proteins : Devuelve proteínas relacionadas con enfermedades o afecciones médicas específicas

Empezando

Instalación mediante herrería

Para instalar BioMCP para Claude Desktop automáticamente a través de Smithery :

Instalación manual

Instrucciones de configuración

Ejecución del inspector MCP

1. Inicie el servidor BioMCP:
   npm start
2. En una terminal separada, instale el Inspector MCP globalmente (si aún no está instalado):
   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
3. Inicie el Inspector MCP y conéctese a su servidor BioMCP local:
   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
4. Utilice la interfaz del inspector para probar herramientas y ver respuestas.

Uso con Claude Desktop

1. Construya el servidor BioMCP:
   npm run build
2. Configurar Claude Desktop para iniciar el servidor MCP:a. Localice el archivo config.json de Claude Desktop (normalmente se encuentra en su directorio de usuario).b. Edite el archivo config.json para incluir la ruta de compilación del servidor BioMCP. Ejemplo de configuración:
   { "globalShortcut": "", "mcpServers": { "bio-mcp": { "command": "node", "args": [ "/path/to/your/build/index.js" ] } } }
   c. Reemplace /path/to/your/build con su ruta real al directorio del proyecto.
3. Reinicie Claude Desktop para que los cambios surtan efecto.
4. Ahora puedes hacerle preguntas a Claude que utilizan las herramientas BioMCP:
   • "¿Cuáles son los residuos clave en el sitio activo de la estructura 6LU7 del PDB?"
   • "Encontrar proteínas relacionadas con la enfermedad de Alzheimer"

Ejemplo de uso

Cuando se integra con un modelo de lenguaje compatible, Bio-MCP permite consultas como:

• "¿Cuáles son los residuos clave en el sitio activo de la estructura 6LU7 del PDB?"
• "Encontrar proteínas relacionadas con la enfermedad de Alzheimer"

Requisitos

• Node.js 20.0.0 o superior
• TypeScript 5.0+
• Implementación de cliente MCP compatible

Pruebas

BioMCP incluye un conjunto integral de pruebas con pruebas unitarias, de integración y de extremo a extremo.

Ejecución de pruebas

Ejecutar todas las pruebas:

Ejecutar conjuntos de pruebas específicos:

Pelusa

Comprobar la calidad del código:

Soluciona problemas de pelusa automáticamente:

Hoja de ruta

• Ampliar el nivel de detalle de las descripciones de sitios activos
• Aproveche las coordenadas 3D
• Herramientas para interactuar con la literatura
• Herramientas para interactuar con modelos de biología computacional:
  • Difusión de radiofrecuencia
  • ProteínaMPNN
  • ColabFold
  • Herramientas adicionales de diseño y predicción de estructura de proteínas
• Canalizaciones de investigación basadas en agentes
• Presentar al cliente las herramientas de visualización de proteínas.