BioMCP: エージェントベースのバイオメディカル研究開発を実現

概要

BioMCPは、大規模言語モデルにタンパク質構造解析機能を追加するために設計されたモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。既存のタンパク質データベースとのインターフェースを通じて、タンパク質活性部位の解析や疾患関連タンパク質の検索のためのツールを提供します。

今後の作業は、エージェントが BioMCP を利用できるようにすることを中心に行われます。

Related MCP server: PubMed MCP Server

特徴

• 活性部位解析：PDB IDを使用してタンパク質の結合部位と機能残基を調べる

• 疾患タンパク質検索：特定の疾患や病状に関連するタンパク質構造を検索します

• 統合データアクセス：RCSBタンパク質データバンク（PDB）とシームレスに接続

技術的な詳細

BioMCPはモデルコンテキストプロトコルを実装しており、言語モデルが専門的なタンパク質構造知識にアクセスする際に、この情報をトレーニングデータに組み込む必要はありません。サーバーはAPI接続、データフォーマット、エラー処理を行い、信頼性の高いタンパク質構造情報を提供します。

APIエンドポイント

BioMCP は 2 つの主要なツールを公開します。

1. analyze-active-site : PDB IDを使用してタンパク質結合部位の詳細情報を提供します

2. search-disease-proteins : 指定された疾患または病状に関連するタンパク質を返します

はじめる

Smithery経由でインストール

Smithery経由で Claude Desktop 用の BioMCP を自動的にインストールするには:

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手動インストール

# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start

セットアップ手順

MCPインスペクターの実行

1. BioMCP サーバーを起動します。

   npm start

2. 別のターミナルで、MCP Inspector をグローバルにインストールします (まだインストールされていない場合)。

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector

3. MCP Inspector を起動し、ローカルの BioMCP サーバーに接続します。

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js

4. インスペクター インターフェースを使用してツールをテストし、応答を表示します。

Claude Desktopでの使用

1. BioMCP サーバーを構築します。

   npm run build

2. MCP サーバーを起動するように Claude Desktop を構成します。

   a. Claude Desktop の config.json ファイルを見つけます (通常はユーザー ディレクトリにあります)

   b. config.json を編集して、BioMCP サーバーのビルドパスを追加します。設定例:

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }

   c. /path/to/your/buildプロジェクト ディレクトリへの実際のパスに置き換えます。

3. 変更を有効にするには、Claude Desktop を再起動してください。

4. BioMCP ツールを活用した質問を Claude に尋ねることができるようになりました。

   • 「PDB 構造 6LU7 の活性部位の重要な残基は何ですか?」

   • 「アルツハイマー病に関連するタンパク質を見つける」

使用例

互換性のある言語モデルと統合すると、Bio-MCP では次のようなクエリが可能になります。

• 「PDB 構造 6LU7 の活性部位の重要な残基は何ですか?」

• 「アルツハイマー病に関連するタンパク質を見つける」

要件

• Node.js 20.0.0以上

• TypeScript 5.0以上

• 互換性のあるMCPクライアント実装

テスト

BioMCP には、ユニット テスト、統合テスト、エンドツーエンド テストを含む包括的なテスト スイートが含まれています。

テストの実行

すべてのテストを実行します。

npm test

特定のテスト スイートを実行します。

# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e

リンティング

コードの品質を確認する:

npm run lint

リンティングの問題を自動的に修正します。

npm run lint:fix

ロードマップ

• アクティブサイトの説明の詳細レベルを拡張する

• 3D座標を活用する

• 文学とのインターフェースツール

• 計算生物学モデルとのインターフェースツール:

  • RF拡散

  • タンパク質MPNN

  • コラブフォールド

  • 追加のタンパク質設計および構造予測ツール

• エージェントベースの研究パイプライン

• タンパク質可視化ツールをクライアントに紹介する