BioMCP: 에이전트 기반 생물의학 R&D 활성화

개요

BioMCP는 단백질 구조 분석 기능을 통해 대규모 언어 모델을 강화하도록 설계된 모델 컨텍스트 프로토콜 (MCP) 서버입니다. 기존 단백질 데이터베이스와의 연동을 통해 단백질 활성 부위를 분석하고 질병 관련 단백질을 검색하는 도구를 제공합니다.

향후 작업은 에이전트가 BioMCP를 활용할 수 있도록 하는 데 중점을 둘 것입니다.

특징

• 활성 부위 분석 : PDB ID를 사용하여 단백질의 결합 부위와 기능적 잔류물을 조사합니다.
• 질병-단백질 검색 : 특정 질병이나 건강 상태와 관련된 단백질 구조를 찾습니다.
• 통합 데이터 액세스 : RCSB 단백질 데이터 뱅크 (PDB) 와 원활하게 연결

기술적 세부 사항

BioMCP는 모델 컨텍스트 프로토콜(Model Context Protocol)을 구현하여 언어 모델이 특정 단백질 구조 지식에 접근할 수 있도록 합니다. 이 정보는 학습 데이터에 포함되지 않아도 됩니다. 서버는 API 연결, 데이터 형식 지정 및 오류 처리를 통해 신뢰할 수 있는 단백질 구조 정보를 제공합니다.

API 엔드포인트

BioMCP는 두 가지 주요 도구를 제공합니다.

1. analyze-active-site : PDB ID를 사용하여 단백질 결합 부위에 대한 자세한 정보를 제공합니다.
2. search-disease-proteins : 지정된 질병이나 건강 상태와 관련된 단백질을 반환합니다.

시작하기

Smithery를 통해 설치

Smithery를 통해 Claude Desktop용 BioMCP를 자동으로 설치하는 방법:

지엑스피1

수동 설치

설치 지침

MCP 검사기 실행

1. BioMCP 서버를 시작합니다.
   npm start
2. 별도의 터미널에서 MCP Inspector를 전역적으로 설치합니다(아직 설치되지 않은 경우):
   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
3. MCP Inspector를 실행하고 로컬 BioMCP 서버에 연결합니다.
   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
4. 검사기 인터페이스를 사용하여 도구를 테스트하고 응답을 확인하세요.

Claude Desktop과 함께 사용

1. BioMCP 서버를 빌드하세요:
   npm run build
2. MCP 서버를 시작하도록 Claude Desktop을 구성하세요.a. Claude Desktop config.json 파일을 찾습니다(일반적으로 사용자 디렉토리에 있음)b. BioMCP 서버 빌드 경로를 포함하도록 config.json 파일을 편집합니다. 구성 예시:
   { "globalShortcut": "", "mcpServers": { "bio-mcp": { "command": "node", "args": [ "/path/to/your/build/index.js" ] } } }
   c. /path/to/your/build 프로젝트 디렉터리의 실제 경로로 바꾸세요.
3. 변경 사항을 적용하려면 Claude Desktop을 다시 시작하세요.
4. 이제 BioMCP 도구를 활용하여 Claude에게 질문할 수 있습니다.
   • "PDB 구조 6LU7의 활성 부위에 있는 주요 잔류물은 무엇입니까?"
   • "알츠하이머병과 관련된 단백질을 찾아라"

사용 예

호환 언어 모델과 통합되면 Bio-MCP는 다음과 같은 쿼리를 지원합니다.

• "PDB 구조 6LU7의 활성 부위에 있는 주요 잔류물은 무엇입니까?"
• "알츠하이머병과 관련된 단백질을 찾아라"

요구 사항

• Node.js 20.0.0 이상
• 타입스크립트 5.0+
• 호환되는 MCP 클라이언트 구현

테스트

BioMCP에는 단위 테스트, 통합 테스트, 종단 간 테스트가 포함된 포괄적인 테스트 모음이 포함되어 있습니다.

테스트 실행

모든 테스트를 실행합니다.

특정 테스트 모음을 실행합니다.

린팅

코드 품질 확인:

린팅 문제를 자동으로 해결합니다.

로드맵

• 활성 사이트 설명에 대한 세부 정보 수준 확장
• 3D 좌표 활용
• 문학과의 인터페이싱을 위한 도구
• 계산생물학 모델과의 인터페이싱을 위한 도구:
  • RF 확산
  • 단백질MPNN
  • 콜랩폴드
  • 추가 단백질 설계 및 구조 예측 도구
• 에이전트 기반 연구 파이프라인
• 단백질 시각화 도구를 사용하여 클라이언트 소개