PyMOL-MCP: Claude AI와 PyMOL 통합

PyMOL-MCP는 모델 컨텍스트 프로토콜(MCP)을 통해 PyMOL을 Claude AI에 연결하여 Claude가 PyMOL과 직접 상호 작용하고 제어할 수 있도록 합니다. 이 강력한 통합을 통해 대화형 구조 생물학, 분자 시각화 및 자연어 분석을 수행할 수 있습니다.

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특징

• 양방향 통신 : 소켓 기반 서버를 통해 Claude AI를 PyMOL에 연결합니다.

• 지능형 명령 구문 분석 : PyMOL 명령에 대한 자연어 처리

• 분자 시각화 제어 : 표현, 색상 및 뷰 조작

• 구조 분석 : 측정, 정렬 및 기타 분석을 수행합니다.

• 코드 실행 : Claude의 PyMOL에서 임의의 Python 코드 실행

Related MCP server: RhinoMCP

설치 가이드

필수 조건

• 시스템에 PyMOL이 설치되었습니다

• 데스크톱용 클로드

• Python 3.10 이상

• 깃

1단계: UV 패키지 관리자 설치

macOS에서:

지엑스피1

Windows의 경우:

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

다른 플랫폼의 경우 UV 설치 가이드를 방문하세요.

2단계: 저장소 복제

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

3단계: 환경 설정

Python 가상 환경을 만들고 활성화하세요.

python -m venv venv

macOS/Linux의 경우:

source venv/bin/activate

Windows의 경우:

venv\Scripts\activate

4단계: 종속성 설치

가상 환경이 활성화된 경우:

pip install mcp

5단계: Claude Desktop 구성

1. 클로드 데스크톱 열기

2. Claude > 설정 > 개발자 > 구성 편집으로 이동하세요.

3. 이렇게 하면 claude_desktop_config.json 파일이 열립니다.

4. MCP 서버 구성을 추가합니다.

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

예를 들어:

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

참고: 시스템의 실제 전체 경로를 사용하세요. Windows에서는 백슬래시 대신 슬래시(/)를 사용하세요.

6단계: PyMOL 플러그인 설치

1. PyMOL 열기

2. 플러그인 → 플러그인 관리자로 이동

3. "새 플러그인 설치" 탭을 클릭하세요

4. "파일 선택..."을 선택하고 복제된 저장소로 이동합니다.

5. pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py 파일을 선택하세요

6. "열기"를 클릭하고 프롬프트에 따라 플러그인을 설치하세요.

용법

연결 시작

1. PyMOL에서:

   • 플러그인으로 이동 → PyMOL MCP 소켓 플러그인

   • "듣기 시작"을 클릭하세요

   • 상태가 "포트 9876에서 수신 중"으로 변경되어야 합니다.

2. Claude Desktop에서:

   • 채팅 시 도구 섹션에 망치 아이콘이 표시됩니다.

   • PyMOL 도구에 액세스하려면 클릭하세요.

예제 명령

클로드에게 요청할 수 있는 작업의 몇 가지 예는 다음과 같습니다.

• "PDB 1UBQ를 로드하고 만화로 표시합니다"

• "2차 구조에 따라 단백질을 색칠하세요"

• "막대기 표현으로 활성 부위 잔류물 강조"

• "두 개의 구조를 정렬하고 차이점을 보여주세요"

• "이 두 잔류물 사이의 거리를 계산하세요"

• "이 보기를 고해상도 이미지로 저장"

문제 해결

• 연결 문제 : Claude에서 연결을 시도하기 전에 PyMOL 플러그인이 수신 중인지 확인하세요.

• 명령 오류 : PyMOL 출력 창에서 오류 메시지를 확인하세요.

• 플러그인이 나타나지 않음 : PyMOL을 다시 시작하고 플러그인이 올바르게 설치되었는지 확인하세요.

• Claude가 연결되지 않음 : Claude 구성 파일의 경로가 올바른지 확인하세요.

제한 사항 및 참고 사항

• 소켓 연결을 위해서는 PyMOL과 Claude가 모두 동일한 머신에서 실행되어야 합니다.

• 일부 복잡한 작업은 더 간단한 단계로 나누어야 할 수도 있습니다.

• 실험적 기능을 사용하기 전에 항상 작업을 저장하세요.

• Bio-MCP 커뮤니티에 가입하여 Bio-MCPS 문제를 해결하고, 피드백을 제공하고, 개선해 보세요! https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared\_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

기여하다

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특허

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