PyMOL-MCP: PyMOLとClaude AIの統合

PyMOL-MCPは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してPyMOLをClaude AIに接続し、ClaudeがPyMOLを直接操作・制御できるようにします。この強力な統合により、会話型の構造生物学、分子可視化、そして自然言語による分析が可能になります。

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特徴

• 双方向通信: ソケットベースのサーバーを介してClaude AIをPyMOLに接続する

• インテリジェントなコマンド解析: PyMOLコマンドの自然言語処理

• 分子可視化制御：表現、色、ビューを操作する

• 構造解析：測定、アライメント、その他の解析を実行します

• コード実行: ClaudeのPyMOLで任意のPythonコードを実行する

Related MCP server: RhinoMCP

インストールガイド

前提条件

• システムにPyMOLがインストールされている

• デスクトップ版クロード

• Python 3.10以降

• ギット

ステップ1: UVパッケージマネージャーをインストールする

macOSの場合:

brew install uv

Windowsの場合:

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

その他のプラットフォームについては、 UV インストール ガイドをご覧ください。

ステップ2: リポジトリのクローンを作成する

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

ステップ3: 環境を設定する

Python 仮想環境を作成してアクティブ化します。

python -m venv venv

macOS/Linuxの場合:

source venv/bin/activate

Windowsの場合:

venv\Scripts\activate

ステップ4: 依存関係をインストールする

仮想環境を有効にすると、次のようになります。

pip install mcp

ステップ5: Claudeデスクトップを構成する

1. クロードデスクトップを開く

2. Claude > 設定 > 開発者 > 設定の編集に移動します

3. claude_desktop_config.jsonファイルが開きます。

4. MCP サーバー構成を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例えば：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

**注:**システム上の実際のフルパスを使用してください。Windowsでは、バックスラッシュではなくスラッシュ (/) を使用してください。

ステップ6: PyMOLプラグインをインストールする

1. PyMOLを開く

2. プラグイン→プラグインマネージャーへ移動

3. 「新しいプラグインをインストール」タブをクリックします

4. 「ファイルを選択...」を選択し、クローンしたリポジトリに移動します

5. pymol-mcp-socket-plugin/__init__.pyファイルを選択します。

6. 「開く」をクリックし、指示に従ってプラグインをインストールします。

使用法

接続の開始

1. PyMOLの場合:

   • プラグイン → PyMOL MCP ソケットプラグインへ移動

   • 「聴き始める」をクリック

   • ステータスが「ポート9876をリッスン中」に変わります。

2. Claude Desktopの場合:

   • チャット中にツールセクションにハンマーアイコンが表示されます

   • クリックするとPyMOLツールにアクセスできます

コマンド例

クロードに依頼できる作業の例をいくつか示します。

• 「PDB 1UBQをロードして漫画として表示する」

• 「タンパク質を二次構造で色分けする」

• 「活性部位残基をスティック表示で強調表示」

• 「2つの構造を並べて違いを示す」

• 「これら2つの残基間の距離を計算してください」

• 「このビューを高解像度画像として保存する」

トラブルシューティング

• 接続の問題: Claude から接続する前に、PyMOL プラグインが listen していることを確認してください。

• コマンドエラー: PyMOL出力ウィンドウでエラーメッセージを確認してください

• プラグインが表示されない: PyMOLを再起動して、プラグインが正しくインストールされていることを確認してください

• Claude が接続できません: Claude 構成ファイル内のパスが正しいことを確認してください

制限事項と注意事項

• ソケット接続にはPyMOLとClaudeの両方が同じマシン上で実行されている必要があります。

• 複雑な操作は、より単純なステップに分割する必要があるかもしれません

• 実験的な機能を使用する前に必ず作業内容を保存してください

• Bio-MCP コミュニティに参加して、トラブルシューティング、フィードバックの提供、Bio-MCPS の改善にご協力ください。https ://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared \_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

貢献

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ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています - 詳細については LICENSE ファイルを参照してください。