PyMOL-MCP: Integración de PyMOL con Claude AI

PyMOL-MCP conecta PyMOL con Claude AI mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), lo que permite a Claude interactuar directamente con PyMOL y controlarlo. Esta potente integración facilita la biología estructural conversacional, la visualización molecular y el análisis mediante lenguaje natural.

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Características

• Comunicación bidireccional : Conecte Claude AI a PyMOL a través de un servidor basado en sockets

• Análisis inteligente de comandos : procesamiento del lenguaje natural para comandos PyMOL

• Control de visualización molecular : manipule representaciones, colores y vistas

• Análisis estructural : realizar mediciones, alineaciones y otros análisis

• Ejecución de código : ejecute código Python arbitrario en PyMOL desde Claude

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Guía de instalación

Prerrequisitos

• PyMOL instalado en su sistema

• Claude para escritorio

• Python 3.10 o más reciente

• Git

Paso 1: Instalar el Administrador de paquetes UV

En macOS:

brew install uv

En Windows:

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

Para otras plataformas, visita la guía de instalación de UV .

Paso 2: Clonar el repositorio

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

Paso 3: Configurar el entorno

Crear y activar un entorno virtual de Python:

python -m venv venv

En macOS/Linux:

source venv/bin/activate

En Windows:

venv\Scripts\activate

Paso 4: Instalar dependencias

Con el entorno virtual activado:

pip install mcp

Paso 5: Configurar Claude Desktop

1. Abra Claude Desktop

2. Vaya a Claude > Configuración > Desarrollador > Editar configuración

3. Esto abrirá el archivo claude_desktop_config.json

4. Agregue la configuración del servidor MCP:

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

Por ejemplo:

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

Nota: Use las rutas completas de su sistema. En Windows, use barras diagonales (/) en lugar de barras invertidas.

Paso 6: Instalar el complemento PyMOL

1. Abrir PyMOL

2. Vaya a Plugin → Administrador de complementos

3. Haga clic en la pestaña "Instalar nuevo complemento".

4. Seleccione "Elegir archivo..." y navegue hasta el repositorio clonado

5. Seleccione el archivo pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py

6. Haga clic en "Abrir" y siga las instrucciones para instalar el complemento.

Uso

Iniciando la conexión

1. En PyMOL:

   • Vaya a Complemento → Complemento de socket MCP de PyMOL

   • Haga clic en "Comenzar a escuchar"

   • El estado debería cambiar a "Escuchando en el puerto 9876".

2. En Claude Desktop:

   • Deberías ver un icono de martillo en la sección de herramientas al chatear.

   • Haga clic en él para acceder a las herramientas de PyMOL

Comandos de ejemplo

Aquí hay algunos ejemplos de lo que puedes pedirle a Claude que haga:

• Cargar PDB 1UBQ y mostrarlo como caricatura

• "Colorea la proteína según su estructura secundaria"

• Resalte los residuos del sitio activo con la representación de barras.

• "Alinear dos estructuras y mostrar sus diferencias"

• "Calcula la distancia entre estos dos residuos"

• "Guardar esta vista como imagen de alta resolución"

Solución de problemas

• Problemas de conexión : asegúrese de que el complemento PyMOL esté escuchando antes de intentar conectarse desde Claude

• Errores de comando : Verifique la ventana de salida de PyMOL para ver si hay mensajes de error

• El complemento no aparece : reinicie PyMOL y verifique que el complemento se instaló correctamente

• Claude no se conecta : Verifique que las rutas en su archivo de configuración de Claude sean correctas

Limitaciones y notas

• La conexión del socket requiere que tanto PyMOL como Claude se ejecuten en la misma máquina

• Es posible que algunas operaciones complejas deban dividirse en pasos más simples.

• Guarde siempre su trabajo antes de utilizar funciones experimentales

• ¡Únete a nuestra comunidad Bio-MCP para solucionar problemas, brindar comentarios y mejorar Bio-MCPS! https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared\_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

Contribuyendo

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Licencia

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