UniProt MCP サーバー

言語モデルがUniProtデータベースからタンパク質情報を取得できるようにするMCP（Model Context Protocol）サーバー。このサーバーは、Claude Desktopやその他のMCP対応AIアプリケーションと統合できます。

特徴

• UniProtを検索: 名前、遺伝子、その他の基準でタンパク質を検索

• タンパク質の詳細を取得: タンパク質に関する詳細情報を取得します

• タンパク質配列を取得: アミノ酸配列を取得します

• タンパク質機能の取得: GO用語を含む機能注釈を取得します

• タンパク質構造を取得: 関連するPDB構造を検索

Related MCP server: BioMCP

インストール

1. このリポジトリをクローンします:

   git clone https://github.com/yourusername/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server

2. 仮想環境を作成します (オプションですが推奨されます)。

   python -m venv venv
   source venv/bin/activate  # On Windows: venv\Scripts\activate

3. 依存関係をインストールします:

   pip install -r requirements.txt

Claude Desktop を使用したローカルセットアップ

1. サーバー スクリプトを実行可能にします。

   chmod +x server.py

2. この MCP サーバーを使用するように Claude Desktop を構成します。

macOS/Linuxの場合:

code ~/Library/Application\ Support/Claude/claude_desktop_config.json

Windowsの場合:

code $env:AppData\Claude\claude_desktop_config.json

3. 次の構成を追加します (実際のファイルの場所に合わせてパスを更新します)。

   {
     "mcpServers": {
       "uniprot": {
         "command": "python",
         "args": [
           "/ABSOLUTE/PATH/TO/uniprot-mcp-server/server.py"
         ]
       }
     }
   }

4. Claudeデスクトップを再起動します

使用例

Claude Desktop をセットアップしたら、次のような質問をすることができます。

• 「アルツハイマー病に関連するタンパク質を見つける」

• 「タンパク質P05067（アミロイドβ前駆体タンパク質）の配列を取得する」

• 「TP53タンパク質の機能は何ですか？」

• 「BRCA1 タンパク質の 3D 構造は知られていますか?」

発達

テストのためにサーバーを直接実行するには:

python server.py

テストユーティリティ

このプロジェクトには、機能性を検証するための 2 つのテスト ユーティリティが含まれています。

1. サーバーのヘルスチェック

MCP サーバーがエラーなしで正常に起動することを確認します。

python server_health_check.py

2. UniProt APIテスト

UniProt API との接続をテストし、すべての API 呼び出しが期待どおりに機能することを確認します。

python test_server.py

サーバーを使用する前にこれらのテストを実行して、すべてが適切に構成されていることを確認してください。

ライセンス

マサチューセッツ工科大学

貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

1. リポジトリをフォークする

2. 機能ブランチを作成します（ git checkout -b feature/amazing-feature ）

3. 変更をコミットします ( git commit -m 'Add some amazing feature' )

4. ブランチにプッシュする ( git push origin feature/amazing-feature )

5. プルリクエストを開く