SAMtools MCP (протокол управления моделью)

Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.

Функции

Просмотр и конвертация файлов SAM/BAM/CRAM
Сортировать файлы выравнивания
Индекс файлов BAM/CRAM
Генерировать статистику
Объединить несколько файлов BAM
Рассчитать глубину чтения
Индекс файлов FASTA
И многое другое...

Основные возможности

Поддержка форматов файлов : обработка файлов выравнивания SAM (текстовых), BAM (двоичных) и CRAM (сжатых)
Преобразование форматов : легкое преобразование между форматами SAM, BAM и CRAM.
Анализ конкретных областей : извлечение и анализ определенных областей генома.
Фильтрация на основе флагов : фильтрация считываний на основе флагов SAM
Оптимизация производительности : многопоточные операции сортировки и слияния
Статистический анализ : создание комплексной статистики выравнивания

Обзор инструментов

Инструмент	Описание	Основные характеристики
`view`	Просмотр и конвертация файлов выравнивания	- Преобразование форматов (SAM/BAM/CRAM)- Фильтрация регионов- Фильтрация на основе флагов- Манипулирование заголовками
`sort`	Сортировать файлы выравнивания	- Сортировка на основе координат- Сортировка на основе имен- Управление памятью на поток- Поддержка многопоточности
`index`	Индекс файлов BAM/CRAM	- Генерация индекса BAI- Поддержка индекса CSI- Создание индекса CRAM
`merge`	Объединение нескольких файлов BAM/CRAM	- Объединение нескольких файлов. - Обработка с поддержкой потоков. - Согласование заголовков.
`depth`	Рассчитать глубину чтения	- Расчет глубины для каждой базы - Анализ, специфичный для региона - Поддержка нескольких файлов
`flagstat`	Генерация статистики выравнивания	- Комплексная статистика флагов - Проверки качества - Метрики парных концов
`idxstats`	Статистика индекса BAM/CRAM	- Статистика референтной последовательности - Количество сопоставленных/несопоставленных последовательностей - Информация о длине
`faidx`	Индекс файлов FASTA	- Индексация FASTA- Извлечение регионов- Извлечение последовательностей

Related MCP server: Nmap MCP Server

Установка

Использование Docker (рекомендуется)

Самый простой способ использовать SAMtools MCP — через Docker:

# Pull the Docker image
docker pull nadhir/samtools-mcp:latest

# Run the container
docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest

# To process BAM files, mount a volume:
docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Локальная установка

Клонируйте репозиторий:

git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git
cd samtools_mcp

Установить зависимости:

pip install uv
uv pip install -r requirements.txt

Конфигурация

Конфигурация сервера MCP

Чтобы настроить сервер MCP для использования образа Docker, добавьте в файл конфигурации MCP следующее:

{
  "servers": {
    "samtools": {
      "type": "docker",
      "image": "nadhir/samtools-mcp:latest",
      "volumes": [
        {
          "source": "/path/to/your/data",
          "target": "/data"
        }
      ]
    }
  }
}

Локальная конфигурация MCP

Чтобы настроить MCP для работы с использованием uv , добавьте следующее в ваш ~/.cursor/mcp.json :

{
  "samtools_mcp": {
    "command": "uv",
    "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"]
  }
}

Замените /path/to/samtools_mcp.py на фактический путь к вашему файлу samtools_mcp.py .

Использование

Основные команды

Просмотреть BAM-файл:

from samtools_mcp import SamtoolsMCP

mcp = SamtoolsMCP()
result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")

Сортировать BAM-файл:

result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")

Индексный BAM-файл:

result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Расширенное использование

Просмотр конкретного региона с флагами:

result = mcp.view(
    input_file="/data/example.bam",
    region="chr1:1000-2000",
    flags_required="0x2",
    output_format="SAM"
)

Сортировать по названию прочитанного:

result = mcp.sort(
    input_file="/data/example.bam",
    output_file="/data/namesorted.bam",
    sort_by_name=True
)

Рассчитать глубину с несколькими входными файлами:

result = mcp.depth(
    input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"],
    region="chr1:1-1000000"
)

Внося вклад

Вклады приветствуются! Пожалуйста, не стесняйтесь отправлять запрос на включение.

Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT — подробности см. в файле LICENSE.

samtools_mcp