SAMtools MCP (Protocolo de control de modelos)

Una implementación del Protocolo de Control de Modelos para SAMtools, que proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos SAM/BAM/CRAM.

Características

• Ver y convertir archivos SAM/BAM/CRAM

• Ordenar archivos de alineación

• Índice de archivos BAM/CRAM

• Generar estadísticas

• Fusionar varios archivos BAM

• Calcular la profundidad de lectura

• Índice de archivos FASTA

• Y más...

Capacidades principales

• Compatibilidad con formatos de archivo : maneja archivos de alineación SAM (texto), BAM (binario) y CRAM (comprimidos)

• Conversión de formato : Convierte entre formatos SAM, BAM y CRAM sin problemas

• Análisis específico de la región : extraiga y analice regiones genómicas específicas

• Filtrado basado en indicadores : filtra las lecturas según los indicadores SAM

• Optimización del rendimiento : operaciones multiproceso para ordenar y fusionar

• Análisis estadístico : genere estadísticas de alineación completas

Descripción general de las herramientas

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Instalación

Uso de Docker (recomendado)

La forma más sencilla de utilizar SAMtools MCP es a través de Docker:

# Pull the Docker image
docker pull nadhir/samtools-mcp:latest

# Run the container
docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest

# To process BAM files, mount a volume:
docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Instalación local

1. Clonar el repositorio:

git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git
cd samtools_mcp

2. Instalar dependencias:

pip install uv
uv pip install -r requirements.txt

Configuración

Configuración del servidor MCP

Para configurar el servidor MCP para usar la imagen de Docker, agregue lo siguiente a su archivo de configuración de MCP:

{
  "servers": {
    "samtools": {
      "type": "docker",
      "image": "nadhir/samtools-mcp:latest",
      "volumes": [
        {
          "source": "/path/to/your/data",
          "target": "/data"
        }
      ]
    }
  }
}

Configuración de MCP local

Para configurar el MCP para que se ejecute usando uv , agregue lo siguiente a su ~/.cursor/mcp.json :

{
  "samtools_mcp": {
    "command": "uv",
    "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"]
  }
}

Reemplace /path/to/samtools_mcp.py con la ruta real a su archivo samtools_mcp.py .

Uso

Comandos básicos

1. Ver archivo BAM:

from samtools_mcp import SamtoolsMCP

mcp = SamtoolsMCP()
result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")

2. Ordenar archivo BAM:

result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")

3. Índice del archivo BAM:

result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Uso avanzado

1. Ver región específica con banderas:

result = mcp.view(
    input_file="/data/example.bam",
    region="chr1:1000-2000",
    flags_required="0x2",
    output_format="SAM"
)

2. Ordenar por nombre de lectura:

result = mcp.sort(
    input_file="/data/example.bam",
    output_file="/data/namesorted.bam",
    sort_by_name=True
)

3. Calcular profundidad con múltiples archivos de entrada:

result = mcp.depth(
    input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"],
    region="chr1:1-1000000"
)

Contribuyendo

¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.

Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT: consulte el archivo de LICENCIA para obtener más detalles.