SAMtools MCP (Modellkontrollprotokoll)

Eine Model Control Protocol-Implementierung für SAMtools, die eine standardisierte Schnittstelle für die Arbeit mit SAM/BAM/CRAM-Dateien bietet.

Merkmale

• Anzeigen und Konvertieren von SAM/BAM/CRAM-Dateien

• Alignment-Dateien sortieren

• BAM/CRAM-Dateien indizieren

• Statistiken erstellen

• Mehrere BAM-Dateien zusammenführen

• Lesetiefe berechnen

• Indexieren Sie FASTA-Dateien

• Und mehr...

Kernkompetenzen

• Dateiformatunterstützung : Verarbeitung von SAM- (Text), BAM- (Binär) und CRAM- (komprimierten) Ausrichtungsdateien

• Formatkonvertierung : Nahtlose Konvertierung zwischen den Formaten SAM, BAM und CRAM

• Regionsspezifische Analyse : Extrahieren und analysieren Sie bestimmte Genomregionen

• Flag-basiertes Filtern : Filtern Sie Lesevorgänge basierend auf SAM-Flags

• Leistungsoptimierung : Multithread-Operationen zum Sortieren und Zusammenführen

• Statistische Analyse : Erstellen Sie umfassende Ausrichtungsstatistiken

Werkzeugübersicht

Related MCP server: Maya MCP

Installation

Docker verwenden (empfohlen)

Der einfachste Weg, SAMtools MCP zu verwenden, ist über Docker:

# Pull the Docker image
docker pull nadhir/samtools-mcp:latest

# Run the container
docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest

# To process BAM files, mount a volume:
docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Lokale Installation

1. Klonen Sie das Repository:

git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git
cd samtools_mcp

2. Installieren Sie Abhängigkeiten:

pip install uv
uv pip install -r requirements.txt

Konfiguration

MCP-Serverkonfiguration

Um den MCP-Server für die Verwendung des Docker-Images zu konfigurieren, fügen Sie Ihrer MCP-Konfigurationsdatei Folgendes hinzu:

{
  "servers": {
    "samtools": {
      "type": "docker",
      "image": "nadhir/samtools-mcp:latest",
      "volumes": [
        {
          "source": "/path/to/your/data",
          "target": "/data"
        }
      ]
    }
  }
}

Lokale MCP-Konfiguration

Um MCP für die Ausführung mit uv zu konfigurieren, fügen Sie Folgendes zu Ihrer ~/.cursor/mcp.json hinzu:

{
  "samtools_mcp": {
    "command": "uv",
    "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"]
  }
}

Ersetzen Sie /path/to/samtools_mcp.py durch den tatsächlichen Pfad zu Ihrer Datei samtools_mcp.py .

Verwendung

Grundlegende Befehle

1. BAM-Datei anzeigen:

from samtools_mcp import SamtoolsMCP

mcp = SamtoolsMCP()
result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")

2. BAM-Datei sortieren:

result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")

3. BAM-Datei indizieren:

result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Erweiterte Nutzung

1. Bestimmte Regionen mit Flaggen anzeigen:

result = mcp.view(
    input_file="/data/example.bam",
    region="chr1:1000-2000",
    flags_required="0x2",
    output_format="SAM"
)

2. Nach gelesenem Namen sortieren:

result = mcp.sort(
    input_file="/data/example.bam",
    output_file="/data/namesorted.bam",
    sort_by_name=True
)

3. Berechnen Sie die Tiefe mit mehreren Eingabedateien:

result = mcp.depth(
    input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"],
    region="chr1:1-1000000"
)

Beitragen

Beiträge sind willkommen! Senden Sie gerne einen Pull Request.

Lizenz

Dieses Projekt ist unter der MIT-Lizenz lizenziert – Einzelheiten finden Sie in der Datei LICENSE.