Crystallography MCP server

CIF 检查、d 间距、粉末衍射图谱以及三酰甘油多晶型指纹识别，由 pymatgen 提供支持。

于 2026 年 8 月 21 日为 Laurelate 月桂坚果脂肪项目构建，但适用于通用领域。

为什么选择它而不是 VESTA MCP

VESTA 没有脚本接口——没有文档化的命令行参数、没有批处理模式、没有宏、没有无头操作。基于它的 MCP 只能运行 open -a VESTA file.cif 并截取窗口截图。pymatgen 暴露了真正的科学计算能力，因此本服务器封装的是它。

将 VESTA 保留为人工查看器。它在这方面确实很出色。

Related MCP server: mofstructure-mcp

设置

需要 Python ≥3.10（当前 pymatgen 要求）以及独立的 venv：

python3 -m venv ~/.venvs/crystal
~/.venvs/crystal/bin/python -m pip install -r requirements.txt

在用户范围内注册到 Claude Code，以便在每个会话中加载：

claude mcp add -s user crystallography -- \
  "$HOME/.venvs/crystal/bin/python" \
  "$HOME/Documents/crystallography-mcp/server.py"

检查并移除：

claude mcp list
claude mcp remove -s user crystallography

它适用于任何 MCP 客户端，而不仅仅是 Claude Code——它是一个纯 stdio 服务器，因此将客户端指向 <venv python> server.py 即可。

工具

多数据块陷阱

一些已沉积的 CIF 包含多个结构。vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif 同时包含 CLC（a = 57.368 Å，即关键的 β′ 模板）和 MPM（a = 76.21 Å）。静默地取第 0 块正是导致分析错误结构的原因。list_datablocks 的存在就是为了让这一点可见。

多晶型指纹

诊断性子晶胞短间距，Å：

已针对两个已解析的模板进行验证，这些模板具有已知答案：

• vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif 第 0 块 → BETA_PRIME ✓

• vanlangevelde1999_PPP_beta.cif → BETA ✓

并针对由每组参考谱线构建的合成图谱进行验证 → 三种情况均得出正确判定。

已知限制

• 强度并非 Rietveld 级别。 使用列表化形式因子，省略 Debye–Waller 因子。峰位置是精确的；相对强度足以对谱线排序，但不足以精修占据率。

• 峰拾取刻意保持简单——局部极大值配合平基线显著性滤波器。对于弱或噪声扫描，请降低 min_prominence 并在信任判定前目视检查拾取列表。

• spglib 可能与 CIF 声明的空间群不一致。 它会从坐标重新推导对称性，而已发表的链状结构通常带有无序或分裂的链端位点。在得出任何结论前请放宽 symprec。

• compare_structures 在不同链长之间返回 False 是预期行为，而非 bug——C16 模板永远不会匹配 C10/C12 脂肪。

来源说明

本服务器在 R&D/modeling/baynutfat/structure.py 中发现了一个真实 bug：对于 β′-CLC，I 心平移被应用了两次（CIF 已列出全部 8 个心算子），导致 4 个碳原子重复——应有 280 个 C 却有 284 个。峰位置不受影响，结构因子略有偏差。现已由验收测试 T10 和 modeling/tests/crosscheck_pymatgen.py 加以防护。

这就是拥有第二个可用实现的意义所在。

引用

如果本服务器的结果出现在出版物中，请引用 pymatgen——它完成了真正的工作：

S.P. Ong et al., Comput. Mater. Sci. 68, 314–319 (2013).

如果你同时使用 VESTA 渲染了任何内容，VESTA 也要求被引用：

K. Momma and F. Izumi, J. Appl. Crystallogr. 44, 1272–1276 (2011).

许可证

MIT——参见 LICENSE。