Crystallography MCP server

Просмотр CIF, межплоскостные расстояния, порошковые дифрактограммы и идентификация полиморфов триацилглицеринов на основе pymatgen.

Создан 21 августа 2026 года для работы с лаурелатовым ореховым жиром, но применим в любой области.

Почему это, а не VESTA MCP

У VESTA нет скриптового интерфейса — ни документированных аргументов командной строки, ни пакетного режима, ни макросов, ни работы без графического интерфейса. MCP-обёртка над ним могла бы только запускать open -a VESTA file.cif и делать скриншоты окна. pymatgen предоставляет доступ к реальной науке, поэтому именно его оборачивает этот сервер.

Оставьте VESTA для визуального просмотра человеком. В этом он действительно хорош.

Related MCP server: mofstructure-mcp

Установка

Требуется Python ≥3.10 (текущая версия pymatgen требует именно его) и собственное виртуальное окружение:

python3 -m venv ~/.venvs/crystal
~/.venvs/crystal/bin/python -m pip install -r requirements.txt

Зарегистрируйте в Claude Code на уровне пользователя, чтобы он загружался в каждой сессии:

claude mcp add -s user crystallography -- \
  "$HOME/.venvs/crystal/bin/python" \
  "$HOME/Documents/crystallography-mcp/server.py"

Проверьте и удалите:

claude mcp list
claude mcp remove -s user crystallography

Сервер работает с любым MCP-клиентом, не только с Claude Code — это обычный stdio-сервер, поэтому укажите клиенту на <venv python> server.py.

Инструменты

Ловушка с несколькими датаблоками

Некоторые депонированные CIF-файлы содержат более одной структуры. vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif содержит обе структуры: CLC (a = 57.368 Å, шаблон β′, который важен) и MPM (a = 76.21 Å). Молча взять блок 0 — это способ проанализировать не ту структуру. list_datablocks существует именно для того, чтобы это было видно.

Полиморфные отпечатки

Диагностические короткие межплоскостные расстояния субъячейки, Å:

Проверено на обоих решённых шаблонах с известными ответами:

• vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif блок 0 → BETA_PRIME ✓

• vanlangevelde1999_PPP_beta.cif → BETA ✓

А также на синтетических дифрактерограммах, построенных из каждого набора эталонных линий → верный вердикт во всех трёх случаях.

Известные ограничения

• Интенсивности не уровня Ритвельда. Табулированные форм-факторы, фактор Дебая–Уоллера опущен. Положения пиков точны; относительные интенсивности достаточны для ранжирования линий, но не для уточнения заселённостей.

• Поиск пиков намеренно прост — локальные максимумы с фильтром значимости на плоском фоне. Для слабой или зашумлённой дифрактерограммы уменьшите min_prominence и просмотрите найденный список перед тем, как доверять вердикту.

• spglib может не совпадать с заявленной в CIF пространственной группой. Он заново выводит симметрию из координат, а в опубликованных структурах с длинными цепями часто есть разупорядоченные или расщеплённые концевые сайты. Ослабьте symprec перед выводами.

• compare_structures, возвращающий False для разных длин цепей, — это ожидаемо, а не ошибка — шаблон C16 никогда не совпадёт с жиром C10/C12.

Примечание о происхождении

Этот сервер нашёл реальную ошибку в R&D/modeling/baynutfat/structure.py: трансляция I-центрирования применялась дважды для β′-CLC (в CIF уже перечислены все 8 центрированных операторов), что оставляло 4 дублированных атома углерода — 284 C вместо 280. Положения пиков не пострадали, структурные факторы были слегка искажены. Теперь это защищено приёмочным тестом T10 и modeling/tests/crosscheck_pymatgen.py.

Это аргумент в пользу наличия второй реализации.

Цитирование

Если результат этого сервера попадёт в публикацию, цитируйте pymatgen — именно он выполняет основную работу:

S.P. Ong et al., Comput. Mater. Sci. 68, 314–319 (2013).

А если вы что-то визуализировали в VESTA рядом с ним, VESTA тоже просит цитирования:

K. Momma and F. Izumi, J. Appl. Crystallogr. 44, 1272–1276 (2011).

Лицензия

MIT — см. LICENSE.