결정학MCP 서버

CIF 검사, d-간격, 분말 패턴, 그리고 트라이아실글리세롤 다형 지문 분석을 제공하며, pymatgen을 기반으로 합니다.

2026년 8월 21일에 Laurelate 베이넛 지방 연구용으로 제작되었지만, 도메인 일반적으로 사용할 수 있습니다.

VESTA MCP가 아닌 이걸 선택한 이유

VESTA에는 스크립팅 인터페이스가 없습니다 — 문서화된 명령줄 인자, 배치 모드, 매크로, 헤드리스 작동이 모두 없습니다. VESTA 위에 MCP를 만들면 open -a VESTA file.cif를 실행하고 창을 스크린샷하는 것밖에 할 수 없습니다. pymatgen은 실제 과학적 기능을 제공하므로, 이 서버는 그것을 감싸는 것입니다.

VESTA는 사람이 보는 뷰어로 유지하세요. 그 용도로는 정말 훌륭합니다.

Related MCP server: mofstructure-mcp

설정

Python ≥3.10 (현재 pymatgen이 요구) 및 자체 venv가 필요합니다:

python3 -m venv ~/.venvs/crystal
~/.venvs/crystal/bin/python -m pip install -r requirements.txt

Claude Code에 사용자 범위로 등록하면 모든 세션에서 로드됩니다:

claude mcp add -s user crystallography -- \
  "$HOME/.venvs/crystal/bin/python" \
  "$HOME/Documents/crystallography-mcp/server.py"

확인 및 제거:

claude mcp list
claude mcp remove -s user crystallography

Claude Code뿐만 아니라 모든 MCP 클라이언트에서 작동합니다 — 일반 stdio 서버이므로, 클라이언트를 <venv python> server.py로 지정하면 됩니다.

도구

다중 데이터블록 함정

일부 기탁된 CIF에는 둘 이상의 구조가 들어 있습니다. vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif에는 CLC (a = 57.368 Å, 중요한 β′ 템플릿)와 MPM (a = 76.21 Å)이 모두 포함되어 있습니다. 블록 0을 조용히 선택하면 잘못된 구조를 분석하게 되는 것입니다. list_datablocks는 이를 시각적으로 확인하기 위해 존재합니다.

다형 지문

진단용 하위셀 단거리 간격, Å:

알려진 답이 있는 두 해석된 템플릿으로 검증되었습니다:

• vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif 블록 0 → BETA_PRIME ✓

• vanlangevelde1999_PPP_beta.cif → BETA ✓

또한 각 기준 선 집합으로 만든 합성 패턴에 대해서도 검증 → 세 경우 모두 올바른 판정.

알려진 한계

• 강도는 Rietveld급이 아닙니다. 표 형식의 원자 산란 인자를 사용하며 Debye–Waller는 생략되었습니다. 피크 위치는 정확하지만, 상대 강도는 선의 순위를 매기기에 충분할 뿐 점유율을 정밀화하기에는 부족합니다.

• 피크 피킹은 의도적으로 단순합니다 — 평평한 베이스라인 현저성 필터를 사용한 국소 최댓값입니다. 약하거나 노이즈가 많은 스캔에서는 min_prominence를 낮추고 판정을 신뢰하기 전에 피킹된 목록을 육안으로 확인하세요.

• spglib는 CIF에 선언된 공간군과 다를 수 있습니다. 좌표에서 대칭을 다시 유도하며, 발표된 장쇄 구조에는 종종 무질서하거나 분할된 사슬 말단 사이트가 포함됩니다. 어떤 결론을 내리기 전에 symprec를 완화하세요.

• compare_structures가 서로 다른 사슬 길이에서 False를 반환하는 것은 정상입니다 — 버그가 아닙니다. C16 템플릿은 C10/C12 지방과 결코 일치하지 않습니다.

출처 메모

이 서버는 R&D/modeling/baynutfat/structure.py에서 실제 버그를 발견했습니다: I-중심 병진이 β′-CLC에 두 번 적용되고 있었습니다 (CIF에 이미 8개의 중심 연산자가 모두 나열되어 있음), 4개의 중복 탄소가 남아 — 280개여야 할 곳에 284개의 C가 있었습니다. 피크 위치는 영향을 받지 않았고, 구조 인자는 약간 어긋났습니다. 현재는 인수 테스트 T10과 modeling/tests/crosscheck_pymatgen.py로 보호되고 있습니다.

이것이 두 번째 구현을 사용할 수 있어야 하는 이유입니다.

인용

이 서버의 결과가 논문에 사용된다면, 실제 작업을 수행한 pymatgen을 인용하세요:

S.P. Ong et al., Comput. Mater. Sci. 68, 314–319 (2013).

그리고 VESTA에서 함께 렌더링한 것이 있다면, VESTA도 인용을 요청합니다:

K. Momma and F. Izumi, J. Appl. Crystallogr. 44, 1272–1276 (2011).

라이선스

MIT — LICENSE 참조.